[發明專利]與谷子籽粒蛋白質含量性狀相關的SNP標記及其檢測引物和應用

在審

• 申請號: 202310276652.7
• 申請日: 2023-03-20
• 公開（公告）號: CN116334284A
• 公開（公告）日: 2023-06-27
• 發明（設計）人: 王海崗;黃蕊;穆志新;秦慧彬;陳宏運;劉心;劉歡
• 申請（專利權）人: 山西農業大學農業基因資源研究中心;深圳華大生命科學研究院;深圳華大萬物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京正華智誠專利代理事務所(普通合伙) 11870
• 代理人: 呂春艷

本發明公開了一種與谷子籽粒蛋白質含量性狀相關的SNP標記及其檢測引物和應用，SNP標記為GPC?09?404標記，位于谷子第9染色體第51549836位，其核苷酸序列如SEQ?ID?NO.1或SEQ?ID?NO.2所示。本發明提供的SNP標記，通過谷子自然群體表型鑒定，驗證開發的SNP標記表型選擇效率達到97.9％，可以快速、精準地檢測谷子籽粒蛋白質含量的高低。

技術領域

本發明涉及分子生物學技術領域，具體涉及一種與谷子籽粒蛋白質含量性狀相關的SNP標記及其檢測引物和應用。

背景技術

谷子是我國較早的栽培作物之一，具有抗旱、耐貧瘠和適應性強等特點，在亞洲和非洲國家廣泛種植。谷子富含碳水化合物、維生素、脂肪、礦物質、葉酸，以及微量元素銅、鋅、硒等。蛋白質是構成人體細胞結構的重要成分，是生命物質的基礎，也是生命活動的承擔著。人體所需的蛋白質主要來源于日常食物，在北方，谷子是人體蛋白質攝入的來源之一。不同品種的谷子蛋白質含量相差很大，有研究說谷子蛋白質平均含量是13.18％，高于小麥、水稻和高粱等糧食作物。而且谷子蛋白中的亮氨酸、色氨酸和蛋氨酸等人體必需氨基酸比例均衡，不僅可以調節睡眠，還可以降低患脂肪肝的風險。因此，高蛋白質谷子品種的篩選、鑒定和創新是谷子高品質育種的基礎，對谷子育種具有重要意義。蛋白質含量受到農藝性狀、土壤營養、生態區等各種因素的影響，更主要的是由遺傳因素造成的差異。

單核苷酸多態性(singlenucleotide?poltmorphism,SNP)是基因組水平上單個核苷酸堿基的變異引起的DNA序列多態性，其在基因組中數量多，分布廣泛，遺傳穩定性好。隨著基因測序技術的發展和成本的降低，對不同個體同一基因或者基因片段進行直接測序和序列比較，就能確定堿基是否存在變異。因此，SNP檢測有利于基因分型，適用于快速和規模化地篩查未知或已知SNP與某遺傳性狀的關系。

目前關于谷子數量性狀相關的QTL定位和SNP標記研究主要集中于SSR標記的開發利用等途經，而利用群體自交系簡并基因組測序檢測多態性的SNP分子標記的開發應用研究尚未有報道。因此，開展谷子數量性狀SNP分子標記的開發，并建立輔助選育體系，對于提高谷子品質，節約育種成本具有重要意義。

發明內容

為了解決現有技術存在的上述不足，本發明的目的是提供一種與谷子籽粒蛋白質含量性狀相關的SNP標記及其檢測引物和應用，可以對谷子籽粒蛋白含量進行良好分型，用于谷子籽粒蛋白形狀的分子標記輔助育種。

本發明的第一個目的是提供一種與谷子籽粒蛋白質含量性狀相關的SNP標記，該SNP標記為GPC-09-404標記，位于谷子第9染色體第51549836位，其核苷酸序列如下：

CAGCCGTGCCCGGCGAACCAGGACGCCGGCGCGTCG[A/C]TGCCG?ACGTGCGCCTTCTCCAAGCCCTTCGCCGACGCCTCCTTCCAGGCGTCG?TTGGGCAGCGACACGCTGCGCCTGGGCAAGGACGCCATC，該序列具體為

CAGCCGTGCCCGGCGAACCAGGACGCCGGCGCGTCGATGCCGACGTGCGCCTTCTCCAAGCCCTTCGCCGACGCCTCCTTCCAGGCGTCGTTGGGCAGCGACACGCTGCGCCTGGGCAAGGACGCCATC(SEQ?ID?NO.1)或

CAGCCGTGCCCGGCGAACCAGGACGCCGGCGCGTCGCTGCCGACGTGCGCCTTCTCCAAGCCCTTCGCCGACGCCTCCTTCCAGGCGTCGTTGGGCAGCGACACGCTGCGCCTGGGCAAGGACGCCATC(SEQ?ID?NO.2)

本發明的第二個目的是提供一種用于檢測上述SNP標記的引物組合物，該引物組合物包括兩對引物，分別如下：

第一對引物：