[發明專利]用于基因多態性檢測的探針設計方法、檢測方法和試劑盒

在審

• 申請號: 202310232760.4
• 申請日: 2023-02-28
• 公開（公告）號: CN116536395A
• 公開（公告）日: 2023-08-04
• 發明（設計）人: 申耘;吳曉衛;田潔
• 申請（專利權）人: 深圳市朗瑞生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6811
• 分類號: C12Q1/6811;C12Q1/6858;C12Q1/6876;C12N15/11
• 代理公司: 深圳市特訊知識產權代理事務所(普通合伙) 44653
• 代理人: 吳汗

1.一種用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取具有多態性區域的靶基因序列；

將所述靶基因序列中的高度保守區作為引物結合區，將具有多態性位點的區域作為擴增區，設計與所述靶基因序列對應的若干個檢測對，其中，每一個所述檢測對包括上游引物、下游引物和探針序列，所述探針序列對應的結合區域覆蓋至少一個所述多態性位點，且所述探針序列與所述靶基因序列存在非匹配位點；

基于預設的篩選規則，對所述探針序列進行篩選，得到與所述多態性區域對應的目標探針。

2.根據權利要求1所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述篩選規則包括針對任意一條所述探針序列，該探針序列與所述靶基因序列中的主要關注序列的結合力強于與次要關注序列的結合力。

3.根據權利要求1所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述篩選規則包括針對任意一條探針序列，該探針序列對應不同基因型的靶基因序列的Tm值不完全相等。

4.根據權利要求2所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述規則包括針對每一個檢測對，根據該檢測對對應的擴增產物對所述探針序列的干擾，確定探針序列中的目標序列。

5.根據權利要求4所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述基于預設的篩選規則，對所述探針序列進行篩選，得到與所述多態性區域對應的目標探針包括：

針對每一個檢測對，對所述檢測對對應的擴增產物進行結構模擬，得到預測結構；

計算該檢測對中的探針序列與所述預測結構對的結合能力值；

根據所述結合能力值，對所述探針序列進行篩選。

6.根據權利要求1所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，每一個所述探針序列的5’端標記不同的熒光基團，所述探針序列的3’端標記與所述熒光基團對應的淬滅基團。

7.根據權利要求1～7中任意一項所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述方法還包括將所述目標探針對應的上游引物和下游引物作為目標引物。

8.一種基因多態性的檢測方法，其特征在于，所述檢測方法包括：

獲取待檢測樣本和待檢測基因；

基于如權利要求1～7中任意一項所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，針對所述待檢測基因設計目標探針和目標引物；

采用所述目標探針和所述目標引物，對所述待檢測樣品進行擴增，并進行熔解分析，得到熔解曲線；

基于預設的標準熔解曲線，對所述樣品熔解曲線進行分析，得到所述待檢測樣品對應的基因型。

9.根據權利要求8所述的基因多態性的檢測方法，其特征在于，所述擴增為非對稱擴增。

10.一種用于檢測基因多態性的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含如權利要求8所述的目標引物和目標探針，以及PCR反應成分、陰性質控品和陽性質控品。