[發(fā)明專利]一種基于探針捕獲靶向測序技術(shù)的混樣檢測方法及應(yīng)用在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 202310188452.6 | 申請日： | 2023-02-27 |
| 公開（公告）號： | CN116218974A | 公開（公告）日： | 2023-06-06 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 雷雨婷;肖金華;田冰川;唐順學(xué);曹桂元 | 申請（專利權(quán)）人： | 華智生物技術(shù)有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6869 | 分類號： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 廣州嘉權(quán)專利商標(biāo)事務(wù)所有限公司 44205 | 代理人： | 羅新 |
| 地址： | 410000 湖*** | 國省代碼： | 湖南;43 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 基于 探針 捕獲 靶向 技術(shù) 檢測 方法 應(yīng)用 | ||
1.一種基于探針捕獲靶向測序技術(shù)的混樣檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：
S1、將不同物種基因組DNA混合后進(jìn)行片段化，得到片段化的基因組DNA；
S2、將所述片段化的基因組DNA進(jìn)行3’末端加A尾，得到末端修復(fù)產(chǎn)物；
S3、將所述末端修復(fù)產(chǎn)物連接接頭，得到連接有接頭的末端修復(fù)產(chǎn)物；
S4、以所述連接有接頭的末端修復(fù)產(chǎn)物為模板，進(jìn)行PCR擴(kuò)增反應(yīng)，得到DNA文庫；
S5、將用于檢測不同物種的探針進(jìn)行混合，得到探針混合溶液；
S6、將步驟S4得到的DNA文庫和步驟S5的探針混合溶液進(jìn)行文庫雜交反應(yīng)，捕獲目標(biāo)DNA片段；
S7、將捕獲的目標(biāo)DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增反應(yīng)，得到富集的文庫；
S8、對富集的文庫進(jìn)行測序。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，所述不同物種基因組DNA來源于無脊椎動物和脊椎動物；優(yōu)選地，所述脊椎動物包括圓口類、魚類、兩棲類、爬行類、鳥類和哺乳類動物。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，不同物種基因組DNA進(jìn)行混合的添加質(zhì)量比為按照不同物種基因組DNA的數(shù)據(jù)量的比值進(jìn)行添加。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，不同物種基因組DNA的總質(zhì)量為180～220ng。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，所述片段化的方式為超聲隨機(jī)打斷、轉(zhuǎn)座酶酶切或限制性內(nèi)切酶切。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，還包括對不同物種的探針序列交叉基因組進(jìn)行比對，確定無同源序列的步驟。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，不同物種的探針的添加質(zhì)量比為(1～2)：(1～3)。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，所述探針的添加量為1～4pmol/mL。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的混樣檢測方法，其特征在于，測序得到的數(shù)據(jù)還包括質(zhì)控處理和生信分析步驟，所述質(zhì)控處理和生信分析步驟如下：原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控過濾處理，去除含有接頭污染的Reads和低質(zhì)量的Reads，應(yīng)用BWA軟件與參考基因組進(jìn)行比對，再利用GATK軟件對測序結(jié)果進(jìn)行變異位點(diǎn)分析。
10.一種如權(quán)利要求1-9任一項(xiàng)所述的方法在基因型分型檢測中的應(yīng)用。
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