[發(fā)明專利]一種基于探針捕獲靶向測序技術(shù)的混樣檢測方法及應(yīng)用在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 202310188452.6 | 申請日： | 2023-02-27 |
| 公開（公告）號： | CN116218974A | 公開（公告）日： | 2023-06-06 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 雷雨婷;肖金華;田冰川;唐順學(xué);曹桂元 | 申請（專利權(quán)）人： | 華智生物技術(shù)有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6869 | 分類號： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 廣州嘉權(quán)專利商標(biāo)事務(wù)所有限公司 44205 | 代理人： | 羅新 |
| 地址： | 410000 湖*** | 國省代碼： | 湖南;43 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 基于 探針 捕獲 靶向 技術(shù) 檢測 方法 應(yīng)用 | ||
本發(fā)明公開了一種基于探針捕獲靶向測序技術(shù)的混樣檢測方法及應(yīng)用，所述方法將兩種及以上不同物種的DNA及液相育種芯片混合，可實現(xiàn)僅一次文庫構(gòu)建檢出兩種及以上不同物種來源的樣本文庫，簡化了實驗操作流程，提高了建庫效率，使得單個樣本的文庫構(gòu)建及雜交捕獲的成本極大降低，若進行兩個樣本混合構(gòu)建，將節(jié)省50％的建庫成本，若進行4個樣本混合，將節(jié)省75％的建庫成本。
技術(shù)領(lǐng)域
本發(fā)明屬于基因檢測領(lǐng)域，具體涉及一種基于探針捕獲靶向測序技術(shù)的混樣檢測方法及應(yīng)用。
背景技術(shù)
近年來隨著分子檢測技術(shù)的進步，高通量測序已成為生物學(xué)領(lǐng)域的一種重要技術(shù)手段，雖然全基因組測序和全外顯子測序能提供高效便捷的數(shù)據(jù)產(chǎn)出，但其高昂的檢測成本和海量數(shù)據(jù)處理仍然面對巨大的挑戰(zhàn)；因此為了降低成本和數(shù)據(jù)量，使用相對低成本、高通量的靶向測序技術(shù)來檢測基因突變已成為一種趨勢。
液相探針雜交捕獲技術(shù)是靶向測序中定位中高通量的一個關(guān)鍵性技術(shù)，是利用不同的分子生物學(xué)方法降低基因組的復(fù)雜性，可對客戶感興趣的區(qū)域?qū)崿F(xiàn)精準(zhǔn)捕獲，目前已廣泛應(yīng)用多個物種，如豬50K芯片、大麥40K芯片、鮑40K芯片等。雖然靶向測序技術(shù)相較重測序價格已經(jīng)大幅度降低，但根據(jù)現(xiàn)有復(fù)雜的建庫手段以及試劑耗材成本，其檢測成本相對于大批量的育種群體而言，仍然是不小的挑戰(zhàn)，因此仍需創(chuàng)新的靶向測序檢測方法，以降低成本，進一步提高靶向測序檢測方法的優(yōu)勢。
發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明旨在至少解決上述現(xiàn)有技術(shù)中存在的技術(shù)問題之一。為此，本發(fā)明提出一種基于探針捕獲靶向測序技術(shù)的混樣檢測方法。
本發(fā)明還提出上述方法的應(yīng)用。
根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提出了一種基于探針捕獲靶向測序技術(shù)的混樣檢測方法，包括以下步驟：
S1、將不同物種基因組DNA混合后進行片段化，得到片段化的基因組DNA；
S2、將所述片段化的基因組DNA進行3’末端加A尾，得到末端修復(fù)產(chǎn)物；
S3、將所述末端修復(fù)產(chǎn)物連接接頭，得到連接有接頭的末端修復(fù)產(chǎn)物；
S4、以所述連接有接頭的末端修復(fù)產(chǎn)物為模板，進行PCR擴增反應(yīng)，得到DNA文庫；
S5、將用于檢測不同物種的探針進行混合，得到探針混合溶液；
S6、將步驟S4得到的DNA文庫和步驟S5的探針混合溶液進行文庫雜交反應(yīng)，捕獲目標(biāo)DNA片段；
S7、將捕獲的目標(biāo)DNA片段進行PCR擴增反應(yīng)，得到富集的文庫；
S8、對富集的文庫進行測序。
在本發(fā)明的一些實施方式中，所述不同物種基因組DNA來源于無脊椎動物和脊椎動物。
在本發(fā)明的一些實施方式中，所述脊椎動物包括圓口類、魚類、兩棲類、爬行類、鳥類和哺乳類動物。
在本發(fā)明的一些實施方式中，所述哺乳類動物包括人類、牛。
在本發(fā)明的一些實施方式中，所述魚類包括凡納濱對蝦。
在本發(fā)明的一些實施方式中，所述不同物種基因組DNA為≥2個物種的基因組DNA。
在本發(fā)明的一些實施方式中，不同物種基因組DNA進行混合的添加質(zhì)量比為按照不同物種基因組DNA的數(shù)據(jù)量的比值進行添加。
在本發(fā)明的一些實施方式中，不同物種基因組DNA的總質(zhì)量為180～220ng。
在本發(fā)明的一些實施方式中，所述片段化的方式為超聲隨機打斷、轉(zhuǎn)座酶酶切或限制性內(nèi)切酶切。
在本發(fā)明的一些實施方式中，還包括將連接有接頭的末端修復(fù)產(chǎn)物進行純化的步驟。
該專利技術(shù)資料僅供研究查看技術(shù)是否侵權(quán)等信息，商用須獲得專利權(quán)人授權(quán)。該專利全部權(quán)利屬于華智生物技術(shù)有限公司，未經(jīng)華智生物技術(shù)有限公司許可，擅自商用是侵權(quán)行為。如果您想購買此專利、獲得商業(yè)授權(quán)和技術(shù)合作，請聯(lián)系【客服】
本文鏈接：http://www.szxzyx.cn/pat/books/202310188452.6/2.html，轉(zhuǎn)載請聲明來源鉆瓜專利網(wǎng)。
