[發(fā)明專利]一種用于基因多態(tài)性檢測的探針設(shè)計(jì)方法、檢測方法和試劑盒

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202310152959.6
• 申請日: 2023-02-09
• 公開（公告）號(hào): CN116397009A
• 公開（公告）日: 2023-07-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 何崇單;申耘;田潔
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳市朗瑞生物科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6811
• 分類號(hào): C12Q1/6811;C12Q1/6858
• 代理公司: 深圳市特訊知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 44653
• 代理人: 吳汗

本發(fā)明公開了一種用于基因多態(tài)性檢測的探針設(shè)計(jì)方法、檢測方法和試劑盒，方法包括:獲取具有多態(tài)性區(qū)域的靶基因序列，所述靶基因序列包括插入/缺失多態(tài)性位點(diǎn)；將所述靶基因序列中的高度保守區(qū)作為引物設(shè)計(jì)區(qū)，將具有多態(tài)性位點(diǎn)的區(qū)域作為擴(kuò)增區(qū)，以所述多態(tài)性位點(diǎn)作為探針結(jié)合區(qū)，設(shè)計(jì)與所述靶基因序列對應(yīng)的若干個(gè)檢測對，其中，每一個(gè)所述檢測對包括上游引物、下游引物和探針序列，所述探針序列包括分別與所述插入序列的上游區(qū)域、插入片段的重復(fù)區(qū)域和所述插入序列的下游區(qū)域結(jié)合的片段；基于預(yù)設(shè)的篩選規(guī)則，對所述探針序列進(jìn)行篩選，得到目標(biāo)探針。本發(fā)明通過單條探針實(shí)現(xiàn)對基因多態(tài)性的精確檢測，提高檢測效率。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因檢測技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及一種用于基因多態(tài)性檢測的探針設(shè)計(jì)方法、檢測方法和試劑盒。

背景技術(shù)

在一個(gè)生物群體中，經(jīng)常同時(shí)存在兩種或多種不連續(xù)的變異型或基因型(genotype)或等位基因(allele)。對于基因多態(tài)性，常用的檢測方法有PCR-直接測序法、PCR-基因芯片分型法、PCR-電泳分析法、熒光PCR法。

PCR-直接測序法也稱PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)，Polymerase?Chain?Reaction)-Sanger測序，Sanger法測序是DNA序列分析的經(jīng)典方法。由于該方法可直接讀取DNA的序列，因此被認(rèn)為是基因分型的金標(biāo)準(zhǔn)。但該方法PCR擴(kuò)增后，需要對反應(yīng)管進(jìn)行開蓋操作，容易被環(huán)境污染，且整個(gè)過程需要擴(kuò)增、純化、上機(jī)測序等步驟，耗時(shí)較長；對靶序列也有一定的限制性，當(dāng)靶序列中存在一定長度的簡單重復(fù)序列，或者樣本是包含有短片段DNA序列插入或缺失突變的雜合樣本時(shí)，容易出現(xiàn)套峰干擾，從而影響檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性；該方法對試劑和儀器也有特殊要求，因此雖然準(zhǔn)確率高，但是成本、普及率和檢測效率極低。

PCR-基因芯片分型法以特定的寡核苷酸片段作為探針，將其有規(guī)律地排列固定于支持物上，然后將樣品DNA通過PCR擴(kuò)增、熒光標(biāo)記等程序，按堿基配對原理與芯片雜交，再通過熒光檢測系統(tǒng)對芯片上的熒光信號(hào)進(jìn)行檢測和分析，從而獲得個(gè)體的基因型信息。該檢測方法的操作包括PCR核酸擴(kuò)增、雜交、芯片掃描和結(jié)果分析。此方法也需要特殊的儀器設(shè)備，操作繁瑣時(shí)間長，靈敏度低。

PCR-電泳分析法，雖然適合對DNA插入/缺失多態(tài)性基因進(jìn)行定性測定，但樣本經(jīng)PCR擴(kuò)增后另需要對反應(yīng)管進(jìn)行開蓋操作并進(jìn)行凝膠電泳，容易受到環(huán)境污染。

熒光PCR法使用熒光標(biāo)記的探針來實(shí)現(xiàn)在PCR擴(kuò)增的同時(shí)對擴(kuò)增產(chǎn)物的同步檢測，因此無需開管的PCR產(chǎn)物后處理，大大縮短檢測耗時(shí)的同時(shí)，也避免了潛在的環(huán)境污染。但傳統(tǒng)的熒光PCR法一個(gè)熒光通道只能檢測一種基因型，同時(shí)，無論是插入型基因突變還是缺失型基因突變，熒光PCR法都需要多條引物或探針才能夠檢測出來，極大地影響了檢測的效率。

因此，目前對于基因多態(tài)性的檢測方法仍然存在效率低、精確度低等問題。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明要解決的技術(shù)問題在于目前對于基因多態(tài)性的檢測方法仍然存在效率低、精確度低等，針對現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種用于基因多態(tài)性檢測的探針設(shè)計(jì)方法、檢測方法和試劑盒。

為了解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明所采用的技術(shù)方案如下：

一種用于基因多態(tài)性檢測的探針設(shè)計(jì)方法，所述方法包括：

獲取具有多態(tài)性區(qū)域的靶基因序列，所述靶基因序列包括插入/缺失多態(tài)性位點(diǎn)；

將所述靶基因序列中的高度保守區(qū)作為引物設(shè)計(jì)區(qū)，將具有多態(tài)性位點(diǎn)的區(qū)域作為擴(kuò)增區(qū)，以所述多態(tài)性位點(diǎn)作為探針結(jié)合區(qū)，設(shè)計(jì)與所述靶基因序列對應(yīng)的若干個(gè)檢測對，其中，每一個(gè)所述檢測對包括上游引物、下游引物和探針序列，所述探針序列包括分別與所述插入序列的上游區(qū)域、插入片段的重復(fù)區(qū)域和所述插入序列的下游區(qū)域結(jié)合的片段；

基于預(yù)設(shè)的篩選規(guī)則，對所述探針序列進(jìn)行篩選，得到目標(biāo)探針。