[發明專利]一種用于基因多態性檢測的探針設計方法、檢測方法和試劑盒

在審

• 申請號: 202310152959.6
• 申請日: 2023-02-09
• 公開（公告）號: CN116397009A
• 公開（公告）日: 2023-07-07
• 發明（設計）人: 何崇單;申耘;田潔
• 申請（專利權）人: 深圳市朗瑞生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6811
• 分類號: C12Q1/6811;C12Q1/6858
• 代理公司: 深圳市特訊知識產權代理事務所(普通合伙) 44653
• 代理人: 吳汗

1.一種用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取具有多態性區域的靶基因序列，所述靶基因序列包括插入位點和/或缺失位點；

將所述靶基因序列中的高度保守區作為引物設計區，將具有多態性位點的區域作為擴增區，以所述多態性位點作為探針結合區，設計與所述靶基因序列對應的若干個檢測對，其中，每一個所述檢測對包括上游引物、下游引物和探針序列，所述探針序列包括分別與所述插入序列的上游區域、插入片段的重復區域和所述插入序列的下游區域結合的片段；

基于預設的篩選規則，對所述探針序列進行篩選，得到目標探針。

2.根據權利要求1所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述探針序列對應缺失序列的Tm值為缺失型Tm，所述探針序列對應插入型Tm值為插入型Tm；所述篩選規則包括：

所述缺失型Tm值與所述插入型Tm值之間的溫差大于預設的第一溫差閾值。

3.根據權利要求2所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述篩選規則還包括：所述探針序列對應所述插入序列的第一Tm值和第二Tm值之間的差值小于預設的第二溫差閾值。

4.根據權利要求3所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述篩選規則還包括所述探針序列對應所述插入產物的第一Tm值和第二Tm值相等。

5.根據權利要求1所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述探針序列與所述缺失序列不完全匹配。

6.根據權利要求1所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述篩選規則還包括：

針對每一個檢測對，對所述檢測對對應的擴增產物進行結構模擬，得到預測結構；

計算所述預測結構對該檢測對中的探針序列的結合能力值；

根據所述結合能力值，對所述探針序列進行篩選。

7.根據權利要求1～6中任意一項所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，其特征在于，所述方法還包括將所述目標探針對應的上游引物和下游引物作為目標引物。

8.一種基因多態性的檢測方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取待檢測樣本和待檢測基因；

基于如權利要求1～7中任意一項所述用于基因多態性檢測的探針設計方法，針對所述待檢測基因設計目標探針和目標引物；

采用所述目標探針和所述目標引物，對所述待檢測樣品進行擴增，并進行熔解分析，得到樣本熔解曲線；

基于預設的標準熔解曲線，對所述樣本熔解曲線進行分析，得到所述待檢測樣本對應的基因型。

9.根據權利要求8所述的基因多態性的檢測方法，其特征在于，所述擴增為非對稱擴增。

10.一種用于檢測基因多態性的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含如權利要求8所述的目標引物和目標探針，以及PCR反應成分、陰性質控品和陽性質控品。