[發(fā)明專利]一種黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌病SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202310144302.5
• 申請日: 2023-02-21
• 公開（公告）號: CN116287300A
• 公開（公告）日: 2023-06-23
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張殿昌;朱克誠;陳培賢;郭華陽;劉寶鎖;張楠
• 申請（專利權(quán)）人: 中國水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;C12Q1/6858;G16B20/30
• 代理公司: 廣州知友專利商標(biāo)代理有限公司 44104
• 代理人: 宣國華;劉艷麗

本發(fā)明公開了一種黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌病SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記的序列如SEQ?ID?NO：1所示，所述SEQ?ID?NO：1所示序列自5’端開始的第201位的堿基N為T或G，還公開了一種用于擴(kuò)增所述SNP分子標(biāo)記的引物，以及上述SNP分子標(biāo)記或上述引物在鑒定抗海豚鏈球菌能力的黃鰭棘鯛中的應(yīng)用，以及在篩選具有抗海豚鏈球菌能力的黃鰭棘鯛中的應(yīng)用和在黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌優(yōu)良品種早期篩選中的應(yīng)用，本發(fā)明可以對黃鰭棘鯛育種材料進(jìn)行早期選擇，有效提高了選育具有抗海豚鏈球菌黃鰭棘鯛品種的效率和準(zhǔn)確性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌病SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

黃鰭棘鯛(Acanthopagrus?latus)隸屬于魚綱、鱸形目、鯛科、棘鯛屬，廣泛分布于紅海、阿拉伯海、印度洋、西太平洋沿岸和中國的東南沿海岸海域，是一種淺海暖水性底層魚類，我國南方重要的經(jīng)濟(jì)養(yǎng)殖海水魚類之一。

海豚鏈球菌(Streptococcus?iniae)感染魚類引起疾病爆發(fā)，導(dǎo)致魚類大批量死亡，嚴(yán)重威脅到水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)的健康發(fā)展。截至2021年，研究人員報告稱，海豚鏈球菌可以自然感染至少44種魚類，包括黃鰭棘鯛等鯛科魚類。在魚類中，海豚鏈球菌感染常見的組織病理學(xué)特征為腦膜炎和敗血癥，有急性和慢性感染，臨床癥狀不同?；技毙愿腥镜聂~類通常很快死亡，沒有典型癥狀；慢性感染的魚會慢慢失去活力，食欲下降，游動緩慢，逐漸脫離群體，并且體表發(fā)黑，脊椎畸形。瀕死的病魚會側(cè)身游動或在水面附近翻滾，并表現(xiàn)出“熱水”等癥狀。海豚鏈球菌感染黃鰭棘鯛后，會導(dǎo)致養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)巨大損失。因此，利用分子標(biāo)記輔助育種技術(shù)選育抗海豚鏈球菌的黃鰭棘鯛新品種是解決上述問題的有效途徑。

全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome-wide?association?study,GWAS)是一種在自然群體中全基因組內(nèi)分析變異與表型之間關(guān)聯(lián)的方法。基于長期重組后的保留的基因連鎖不平衡(Linkage?disequilibrium，LD)，將目標(biāo)性狀表型的多樣性與基因(或標(biāo)記位點(diǎn))的多態(tài)性相結(jié)合并進(jìn)行進(jìn)一步的分析，可以直接鑒定出與表型變異密切相關(guān)且具有特異功能的基因位點(diǎn)或標(biāo)記位點(diǎn)。GWAS技術(shù)可用于全基因組研究，并可用于一次定位多個性狀。適用于性狀相關(guān)區(qū)域定位、功能基因研究、性狀育種標(biāo)記開發(fā)等方面的研究。先前的研究集中在黃鰭棘鯛生長性狀等SNP分子標(biāo)記的開發(fā)，但對黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌狀標(biāo)記的研究未見報道。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的第一個目的在于提供一種黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌病SNP分子標(biāo)記。

本發(fā)明的目的還在于提供一種用于擴(kuò)增上述黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌病SNP分子標(biāo)記的引物。

本發(fā)明的最后一個目的在于提供上述SNP分子標(biāo)記、引物在鑒定抗海豚鏈球菌能力的黃鰭棘鯛中的應(yīng)用、在篩選具有抗海豚鏈球菌能力的黃鰭棘鯛中的應(yīng)用以及在黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌優(yōu)良品種早期篩選中的應(yīng)用。

本發(fā)明的上述第一個目的可以通過以下技術(shù)方案來實(shí)現(xiàn)：一種黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌病SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記的序列如SEQ?ID?NO：1所示，所述SEQ?ID?NO：1所示序列自5’端開始的第201位的堿基N為T或G。

本發(fā)明中所述SNP分子標(biāo)記的TT基因型個體比TG基因型個體更加抗感，即TT基因型個體的抗海豚鏈球菌病能力高于TG基因型個體。

通過GWAS篩選出一個與黃鰭棘鯛抗海豚鏈球菌性狀相關(guān)聯(lián)的SNP分子標(biāo)記，該分子標(biāo)記位于黃鰭棘鯛第16號染色體上，即SEQ?ID?NO.1所示核苷酸序列的第201個堿基。

如SEQ?ID?NO.1所示核苷酸序列如下：

ACTGAAATGAGTGATGAAACAAGTGAAACCATGTTTCCACATCATGTTTAG

GTCAAATTCATACATTTTGAGCAAAATCTAAGCTGAGAAAGCATTTTTGGCT