[發明專利]一種辣椒根結線蟲抗性基因Me1緊密連鎖的KASP分子標記及應用

在審

• 申請號: 202310116368.3
• 申請日: 2023-02-09
• 公開（公告）號: CN116426669A
• 公開（公告）日: 2023-07-14
• 發明（設計）人: 王立浩;于海龍;馮錫剛;曹亞從;張正海;吳華茂;李雪橋
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院蔬菜花卉研究所;海南省農業科學院蔬菜研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 青島鼎丞智佳知識產權代理事務所(普通合伙) 37277
• 代理人: 吳春艷

本發明涉及植物分子遺傳育種技術領域，具體涉及一種辣椒根結線蟲抗性基因Me1緊密連鎖的KASP分子標記及應用。所述辣椒根結線蟲抗性基因Me基因簇位于辣椒9號染色體上28cM區域，發現KASP標記Pep?Me1?K54與BCsubgt;1/subgt;群體中單株抗感表型最吻合，該標記與Me1基因重組率為3.13％，遺傳距離為1.6cM，所述分子標記包括兩條前引物A1、A2和一條共用后引物C。本發明發現基于KASP分型技術針對辣椒根結線蟲抗性基因Me1的KASP類型分析標記，利用該分子標記可不通過辣椒根結線蟲病抗性人工接種鑒定，只在苗期對辣椒植株的DNA檢測，就可以對辣椒根結線蟲病抗性基因進行判斷，進一步地提高了根結線蟲抗病辣椒品種的鑒定效率，可廣泛應用到分子標記輔助育種。

技術領域

本發明涉及植物分子遺傳育種技術領域，特別涉及一種辣椒根結線蟲抗性基因Me1緊密連鎖的KASP分子標記及應用。

背景技術

根結線蟲是引起作物減產的主要病原物，多發生在熱帶、亞熱帶和暖溫帶地區。專性寄生于寄主的根、塊莖及球莖部位。根結線蟲是辣椒產區中極難防治的土傳性病害，根結線蟲受溫度影響尤其明顯，一般來說最適生長溫度是25～30℃，因此，根結線蟲主要在南方地區危害辣椒生產。隨著北方辣椒保護地種植面積不斷擴大，根結線蟲在北方也逐漸開始危害辣椒生產。利用線蟲抗病基因并培育抗病辣椒品種是防止根結線蟲最有效的方法。

目前在辣椒中發現的抗病基因主要有7個，分別是N，Me1，Me2，Me3，Me4，Me7和Mech1。其中Me1具有廣譜抗性，應用價值較大。Me1基因從辣椒材料PM217中發現，隨后將該基因轉育到PM217與Yolo?Wonder雜交獲得的DH(雙單倍體)群體中的材料DH330中。分子標記輔助育種基于基因型篩選種質資源，避免或降低表型選擇的誤差，能大大提高育種效率。開發根結線蟲抗病基因連鎖標記，有助于加速抗根結線蟲辣椒品種的培育。目前已開發了許多與根結線蟲抗病基因Me1連鎖的分子標記，如SCAR標記、SSR標記等。

KASP(KompetitiveAlleleSpecific?PCR，競爭性等位基因特異性PCR)分型技術是近年來開發的可對基因組中SNPs和特定位點上的InDels進行精準基因型分型，具有靈敏度高、高通量、低成本、快速等優點，但是目前還沒有發現基于KASP分型技術的專門針對辣椒根結線蟲抗性基因Me1的KASP類型分子標記。

因此，一種辣椒根結線蟲抗性基因Me1緊密連鎖的KASP分子標記及應用的技術有待進一步研究。

發明內容

本發明旨在解決上述問題，提供了一種辣椒根結線蟲抗性基因Me1緊密連鎖的KASP分子標記及其在鑒定辣椒根結線蟲抗病辣椒品種中的應用以及鑒定方法，該鑒定方法的準確率高，效率快。

一種辣椒根結線蟲抗性基因Me1緊密連鎖的KASP分子標記，所述辣椒根結線蟲抗性基因Me基因簇位于辣椒9號染色體上28cM區域，在該28cM區域根據SNP位點信息設計KASP標記，在雙親中進行多態性篩選，篩選獲得4對KASP標記，在雙親中具有明顯多態性，將4個KASP標記在BC₁群體進行基因型分型，發現KASP標記Pep-Me1-K54與BC₁群體中單株抗感表型最為吻合，該標記與Me1基因重組率為3.13％，遺傳距離為1.6cM；

該分子標記前的引物包括兩條前引物A1、A2和一條共用后引物C；

所述前引物A1的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.1所示為：

5′-CATTTAAATGCAATTTGTTTCCCAAGCTGTA-3′；

所述前引物A2的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.2所示為：

5′-CATTTAAATGCAATTTGTTTCCCAAGCTGTC-3′；

所述后引物C的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.3為：