[發明專利]一種基于特異探針及SNP位點的牛布魯氏桿菌鑒定方法

在審

• 申請號: 202310060853.3
• 申請日: 2023-01-19
• 公開（公告）號: CN115948587A
• 公開（公告）日: 2023-04-11
• 發明（設計）人: 劉先凱;呂宇飛;王恒樑;王東澍;袁璐;朱力;潘超;郭艷
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12N15/11;C12R1/01
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢

本發明公開了一種基于特異探針及SNP位點的牛布魯氏桿菌鑒定方法。本發明涉及生物技術領域，具體涉及一種基于特異探針及SNP位點的牛布魯氏桿菌鑒定方法。本發明的鑒定或輔助鑒定牛布魯氏桿菌的方法包括如下步驟：S1)、提取待測樣品的基因組DNA(雙鏈DNA)；S2)、對基因組DNA進行測序，得到測序結果；S3)、將測序結果與鑒定牛布魯氏桿菌的特異性探針進行序列比對，根據序列比對結果確定或輔助確定待測樣品是否為牛布魯氏桿菌或是否含有牛布魯氏桿菌。本方法可以快速簡便高效地鑒定出該樣品是否含有牛布魯氏桿菌。

技術領域

本發明涉及生物技術領域，具體涉及一種基于特異探針及SNP位點的牛布魯氏桿菌鑒定方法。

背景技術

布魯氏桿菌(Brucella)是一種兼性胞內寄生的革蘭氏陰性細菌，能夠引起人獸共患的慢性傳染性疾病-布魯氏桿菌病(Brucellosis，簡稱布病)。布病會引起牛、豬、羊等家畜的流產，引起人類的高熱病，損害人、畜的生殖系統和關節，對畜牧業的發展以、人類健康和公共衛生產生了較大的危害，是世界上分布最廣的人畜共患病。人類感染布病主要是接觸了患布病的家畜或者食用了各種被病菌污染的食品或動物產品。布魯氏桿菌病在《中華人民共和國傳染病防治法》規定為乙類傳染病，布魯氏桿菌具有高度的感染性，被認為是潛在的生物武器。

根據布魯氏桿菌的生化特性、對自然宿主的選擇性和致病性，將布魯氏桿菌屬主要分為6個種，分別為羊種(Brucella?melitensis)、牛種(Brucella?abortus)、豬種(Brucella?suis)、沙林鼠種(Brucella?neotomae)、犬種(Brucella?canis)和綿羊附睪種(Brucella?ovis)。傳統的布魯氏桿菌分種方法是依據表型技術及其初始分離宿主進行區分，存在工作量大、速度慢等缺點；分子生物學方法則是利用其遺傳標志進行鑒別區分，具有簡單和快速的特點，目前單對引物尚無法區分不同種屬的布魯氏桿菌，需要采用多重PCR進行不同種屬類型的鑒定。

隨著測序技術的發展，越來越多的布魯氏桿菌獲得了全基因組序列。從比較基因組學的角度出發，在全基因組范圍內對不同種屬的布魯氏桿菌進行結構差異及相似成度分析，篩選特異性片段，為種屬鑒別提供特異性序列，從而更好地區分不同種屬的布魯氏桿菌。

發明內容

本發明所要解決的主要問題是如何鑒定或輔助鑒定牛布魯氏桿菌。

為了解決上述問題，本發明提供了一種鑒定或輔助鑒定牛布魯氏桿菌的方法。

本發明提供的鑒定或輔助鑒定牛布魯氏桿菌的方法，所述方法包括如下步驟：

S1)、提取待測樣品的基因組DNA(雙鏈DNA)；

S2)、對所述基因組DNA進行測序，得到測序結果；

S3)、將所述測序結果與鑒定牛布魯氏桿菌的特異性探針進行序列比對，根據序列比對結果確定或輔助確定待測樣品是否為牛布魯氏桿菌或是否含有牛布魯氏桿菌；

如果序列比對結果表明待測樣品的基因組DNA序列中含有所述特異性探針中任一種探針，該待測樣品為牛布魯氏桿菌或含有牛布魯氏桿菌；如果序列比對結果表明待測樣品的基因組DNA序列中不含有所述特異性探針，該待測樣品為非牛布魯氏桿菌或不含有牛布魯氏桿菌；

所述特異性探針包含名稱為探針1至探針28的28種單鏈DNA至少一種：

探針1含有SNP(單核苷酸多態性)位點1，所述SNP位點1為序列1的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針2含有SNP(單核苷酸多態性)位點2，所述SNP位點2為序列2的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針3含有SNP(單核苷酸多態性)位點3，所述SNP位點3為序列3的第100位核苷酸且該核苷酸為T；