[發明專利]一種基于特異探針及SNP位點的牛布魯氏桿菌鑒定方法

在審

• 申請號: 202310060853.3
• 申請日: 2023-01-19
• 公開（公告）號: CN115948587A
• 公開（公告）日: 2023-04-11
• 發明（設計）人: 劉先凱;呂宇飛;王恒樑;王東澍;袁璐;朱力;潘超;郭艷
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12N15/11;C12R1/01
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢

1.鑒定或輔助鑒定牛布魯氏桿菌的方法，其特征在于：所述方法包括如下步驟：

S1)、提取待測樣品的基因組DNA；

S2)、對所述基因組DNA進行測序，得到測序結果；

S3)、將所述測序結果與鑒定牛布魯氏桿菌的特異性探針進行序列比對，根據序列比對結果確定或輔助確定待測樣品是否為牛布魯氏桿菌或是否含有牛布魯氏桿菌；

如果序列比對結果表明待測樣品的基因組DNA序列中含有所述特異性探針中任一種探針，該待測樣品為牛布魯氏桿菌或含有牛布魯氏桿菌；如果序列比對結果表明待測樣品的基因組DNA序列中不含有所述特異性探針，該待測樣品為非牛布魯氏桿菌或不含有牛布魯氏桿菌；

所述特異性探針包含名稱為探針1至探針28的28種單鏈DNA至少一種：

探針1含有SNP(單核苷酸多態性)位點1，所述SNP位點1為序列1的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針2含有SNP(單核苷酸多態性)位點2，所述SNP位點2為序列2的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針3含有SNP(單核苷酸多態性)位點3，所述SNP位點3為序列3的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針4含有SNP(單核苷酸多態性)位點4，所述SNP位點4為序列4的第100位核苷酸且該核苷酸為A；

探針5含有SNP(單核苷酸多態性)位點5，所述SNP位點5為序列5的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針6含有SNP(單核苷酸多態性)位點6，所述SNP位點6為序列6的第92位核苷酸且該核苷酸為C；

探針7含有SNP(單核苷酸多態性)位點7，所述SNP位點7為序列7的第63位核苷酸且該核苷酸為C；

探針8含有SNP(單核苷酸多態性)位點8，所述SNP位點8為序列8的第100位核苷酸且該核苷酸為C；

探針9含有SNP(單核苷酸多態性)位點9，所述SNP位點9為序列9的第68位核苷酸且該核苷酸為A；

探針10含有SNP(單核苷酸多態性)位點10，所述SNP位點10為序列10的第79位核苷酸且該核苷酸為A；

探針11含有SNP(單核苷酸多態性)位點11，所述SNP位點11為序列11的第74位核苷酸且該核苷酸為C；

探針12含有SNP(單核苷酸多態性)位點12，所述SNP位點12為序列12的第87位核苷酸且該核苷酸為T；

探針13含有SNP(單核苷酸多態性)位點13，所述SNP位點13為序列13的第63位核苷酸且該核苷酸為G，所述SNP位點14為序列13的第64位核苷酸且該核苷酸為C；

探針14含有SNP(單核苷酸多態性)位點15，所述SNP位點15為序列14的第100位核苷酸且該核苷酸為G；

探針15含有SNP(單核苷酸多態性)位點16，所述SNP位點16為序列15的第69位核苷酸且該核苷酸為A；

探針16含有SNP(單核苷酸多態性)位點17，所述SNP位點17為序列16的第20位核苷酸且該核苷酸為C；所述SNP位點18為序列16的第151位核苷酸且該核苷酸為G；

探針17含有SNP(單核苷酸多態性)位點19，所述SNP位點19為序列17的第81位核苷酸且該核苷酸為T；

探針18含有SNP(單核苷酸多態性)位點20，所述SNP位點20為序列18的第90位核苷酸且該核苷酸為A；

探針19含有SNP(單核苷酸多態性)位點21，所述SNP位點21為序列19的第99位核苷酸且該核苷酸為A；

探針20含有SNP(單核苷酸多態性)位點22，所述SNP位點22為序列20的第92位核苷酸且該核苷酸為T；

探針21含有SNP(單核苷酸多態性)位點23，所述SNP位點23為序列21的第71位核苷酸且該核苷酸為A；

探針22含有SNP(單核苷酸多態性)位點24，所述SNP位點24為序列22的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針23含有SNP(單核苷酸多態性)位點25，所述SNP位點25為序列23的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針24含有SNP(單核苷酸多態性)位點26，所述SNP位點26為序列24的第58位核苷酸且該核苷酸為T；

探針25含有SNP(單核苷酸多態性)位點27，所述SNP位點27為序列25的第100位核苷酸且該核苷酸為A，所述SNP位點28為序列25的第136位核苷酸且該核苷酸為T；

探針26含有SNP(單核苷酸多態性)位點29，所述SNP位點29為序列26的第78位核苷酸且該核苷酸為T；

探針27含有SNP(單核苷酸多態性)位點30，所述SNP位點30為序列27的第100位核苷酸且該核苷酸為T；

探針28含有SNP(單核苷酸多態性)位點31，所述SNP位點31為序列28的第69位核苷酸且該核苷酸為T。