[發明專利]用于預測腫瘤進展及預后的基因標志物組合、試劑盒及系統

有效

• 申請號: 202211094688.5
• 申請日: 2022-09-03
• 公開（公告）號: CN115747329B
• 公開（公告）日: 2023-10-17
• 發明（設計）人: 吳玲祥;吳維
• 申請（專利權）人: 昂凱生命科技（蘇州）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B20/30;G16B25/10;G16B25/20;G16H10/60
• 代理公司: 杭州信與義專利代理有限公司 33450
• 代理人: 萬景旺

本發明公開了用于預測腫瘤進展及預后的基因標志物組合，屬于醫學分子生物學領域。所述基因標志物組合包括S100A10、FOSL2、SPP1、CAV1、ANXA1、VIM、CD44、SERPINH1、LGALS3、CEBPB、ATF5和LGALS1中的至少一個基因。本發明還公開了基于所述基因標志物組合的試劑盒及系統。利用本發明，可以預測多種腫瘤的進展及預后，具有非常在的臨床應用價值。

技術領域

本發明屬于醫學分子生物學領域，具體地，涉及用于預測腫瘤進展及預后的基因標志物組合、試劑盒及系統。

背景技術

膠質母細胞瘤(Glioblastoma，GBM)是成人中最常見的侵入性腦腫瘤。由于腫瘤的惡性進展，改善GBM的預后具有巨大的挑戰性。標準治療方案下，GBM患者的中位生存期約為15個月，然而，大多數患者在初次治療后會在十個月內快速復發。

當前，已有技術構建了幾種方法模型來探索GBM的發病和進展。例如，Ozawa等人分析了人類GBM數據，發現染色體改變可能是GBM的起因(Ozawa,Tatsuya,et al.Most humannon-GCIMP glioblastoma subtypes evolve from a common proneural-like precursorglioma.Cancer cell 26.2(2014):288-300.)。還有一些技術研究在縱向樣本模型上探索了GBM的時空變化。GBM的進展是從成對的原發性和復發性樣本中預測的，以上技術顯示了由治療驅動的GBM患者的基因組特征。

盡管已有技術加深了本領域對GBM進展的認知，增進了對治療失敗的理解，但其主要基于治療后的基因組變化。總體來講，目前仍缺少預測自然疾病進展過程中腫瘤細胞如何進展的合適模型和方法。

發明內容

為了解決上述技術問題中的至少一個，本發明通過獲得腫瘤組織的RNA樣本，通過全轉錄組高通量測序過得轉錄組測序，對下機數據進行預處理后，將數據對比至人類參考基因組上，進行表達定量分析，獲得表達譜信息。進一步利用表達譜數據獲得了能夠用于預測腫瘤進展和/或預后的基因標志物組合。通過對多種腫瘤樣本進行同樣的分析，意外地獲得了適用于多種腫瘤進展和/或預后的基因標志物組合，從而完成了本發明。

在本發明中，所述高通量全轉錄組測序(whole transcriptome resequencing)指一次對幾十萬到幾百萬條RNA分子進行序列測定。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

在本發明中，所述基因表達譜(gene expression profile)指構建處于某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫，通過大規模的cDNA測序，收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成，從而描繪該特定細胞或組織在特定狀態下的基因表達種類和豐度信息，這樣編制成的數據表就稱為基因表達譜。

在本發明中，高通量測序獲得的reads都是300-500bp的序列片段，無法直接進行下游。因此，需要將mRNA測序得到的reads與人類參考基因組進行比較，由此確定mRNA的序列片段來源于參考基因組上的哪個基因。

在本發明中，所述人類參考基因組是指2001年2月12日，由6國的科學家共同參與的國際人類基因組公布了人類基因組圖譜及初步分析結果。目前，參考序列可以是人類基因組hg38、hg19或其它版本的序列。在本發明的實施方案中，所述人類參考基因組是指hg19。

本發明的采用的技術方案如下：