[發明專利]一種用于擴增黑棘鯛SNP分子標記的多態性引物及其應用

有效

• 申請號: 202210895927.0
• 申請日: 2022-07-27
• 公開（公告）號: CN115820868B
• 公開（公告）日: 2023-08-29
• 發明（設計）人: 朱克誠;張殿昌;劉寶鎖;郭華陽;張楠;吳偉彬;劉波;楊靜文
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院南海水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6809;C12N15/11
• 代理公司: 廣州知友專利商標代理有限公司 44104
• 代理人: 宣國華;劉艷麗

本發明公開了一種用于擴增黑棘鯛SNP分子標記的多態性引物，所述引物為引物對1?引物對29，每對引物均包括上游引物和下游引物，所述引物對1?引物對29的堿基序列依次如SEQ?ID?NO：1～58所示。還公開了引物在黑棘鯛遺傳多樣性分析中的應用以及上述SNP分子標記和引物的篩選方法。本發明首次在黑棘鯛上批量建立了具有豐富多態性的48個SNP分析標記，并篩選出了29對多態性引物，為黑棘鯛的家系鑒定、種群遺傳結構、遺傳育種，增殖放流等研究提供了高效的分析技術工具；本發明提供的黑棘鯛SNP分子標記及其多態性引物的篩選方法，簡便、快捷、高效，節約了人力和成本。

技術領域

本發明屬于魚類遺傳育種領域，具體涉及一種用于擴增黑棘鯛SNP分子標記的多態性引物。

背景技術

黑棘鯛(Acanthopagrus?schlegelii)隸屬于魚綱Pisces、鱸形目Perciformes、鯛科Sparidae、棘鯛屬Acanthopagrus，廣泛分布于西太平洋區，包括中國、日本、韓國、朝鮮、俄羅斯、越南沿海。黑棘鯛為淺海底層魚類，喜棲息在沙泥底或多巖礁海區，雜食性，是一種重要的經濟魚類。近年來，由于環境污染、過度捕撈等導致黑棘鯛自然種群嚴重衰退，種質嚴重退化等；同時黑棘鯛養殖群體的近親繁殖、小規格親本人工育苗等原因，導致黑棘鯛養殖種質嚴重退化，抗病力減弱，養殖性能下降等。以上問題嚴重制約了黑棘鯛養殖業的持續健康發展。

目前在黑棘鯛遺傳育種方面開展的工作較少，梁君等人采用現場調查與理論推算相結合的方法對黑棘鯛增值放流的情況進行了詳細研究。吳仁協等人.基于SLAF-seq技術的黑棘鯛微衛星標記可以為鯛科魚類的種群遺傳學分析提供標記來源。此外，還有學者篩選了少量與黑鯛生長相關的單核苷酸多態性(Single-nucleotide?polymorphisms，SNPs)位點。目前隨著測序技術的飛速發展，大量的SNP應用到水產動物，如鯛科魚類的黃鰭棘鯛等。這些SNPs具有高多態性，分布廣泛等眾多優點，在鯛科魚類遺傳育種中具有廣泛的應用前景。目前，尚未見黑棘鯛SNP位點篩選的報道。

發明內容

本發明第一個目的在于提供一種用于擴增黑棘鯛SNP分子標記的多態性引物，該引物能用于擴增黑棘鯛SNP分子標記。

本發明目的還在于提供上述的引物在黑棘鯛遺傳多樣性分析中的應用。

為實現上述第一目的，本發明采用以下技術方案：

一種用于擴增黑棘鯛SNP分子標記的多態性引物，所述引物為引物對1-引物對29，每對引物均包括上游引物和下游引物，所述引物對1-引物對29的堿基序列依次如SEQ?IDNO：1～58所示。

所述引物對1-引物對29用于擴增的SNP分子標記為ASSNP1～ASSNP48，所述ASSNP1～ASSNP48的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO：59～106所示。

為實現上述第二目的，本發明采用以下技術方案：上述的引物在黑棘鯛遺傳多樣性分析中的應用。

遺傳多樣性分析時：選取最具多態性的29個引物對廣東陽江的黑棘鯛野生群體進行遺傳多樣性分析。根據直接測序法得到相應位置的堿基，來確定基因型，之后使用Arlequin?version3.5軟件統計各標記在野生群體的等位基因數(N_A)，觀測雜合度(H_O)，期望雜合度(H_E)，最小等位基因頻率(Minor?allele?frequency，MAF)，并進行哈迪·溫伯格平衡(HWE)檢驗；使用Fstat2.93計算各標記在各樣本的遺傳分化程度(FIS)；使用PIC_CALC0.6計算各樣本的多態信息含量(Polymorphic?informationcontent,PIC)，以此來描述黑棘鯛SNP分子標記多態性的特征。

本發明還提供了一種黑棘鯛SNP分子標記及其多態性引物的篩選方法，包括以下步驟：

(1)提取黑棘鯛樣品的基因組DNA，建立測序文庫；