[發明專利]一種用于擴增黑棘鯛SNP分子標記的多態性引物及其應用

有效

• 申請號: 202210895927.0
• 申請日: 2022-07-27
• 公開（公告）號: CN115820868B
• 公開（公告）日: 2023-08-29
• 發明（設計）人: 朱克誠;張殿昌;劉寶鎖;郭華陽;張楠;吳偉彬;劉波;楊靜文
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院南海水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6809;C12N15/11
• 代理公司: 廣州知友專利商標代理有限公司 44104
• 代理人: 宣國華;劉艷麗

1.一種用于擴增黑棘鯛SNP分子標記的多態性引物，所述引物為引物對1-引物對29，每對引物均包括上游引物和下游引物，所述引物對1-引物對29的堿基序列依次如SEQ?ID?NO：1～58所示。

2.根據權利要求1所述的引物，其特征是：所述引物對1-引物對29用于擴增的SNP分子標記為ASSNP1～ASSNP48，所述ASSNP1～ASSNP48的核苷酸序列依次如SEQ?ID?NO：59～106所示。

3.權利要求1所述的引物在黑棘鯛遺傳多樣性分析中的應用。

4.一種黑棘鯛SNP分子標記及其多態性引物的篩選方法，其特征是包括以下步驟：

(1)提取黑棘鯛樣品的基因組DNA，建立測序文庫；

(2)采用Illumina?HiSeq測序平臺進行簡化基因組測序，獲得黑棘鯛原始序列；

(3)將步驟(2)中獲得的原始序列去除接頭并進行質量過濾后獲得高質量序列，使用Trinity軟件對高質量序列進行從頭組裝，得到637,783,356bp黑棘鯛Clean?Base；

(4)有效測序數據通過BWA軟件比對到參考基因組，比對結果經SAMTOOLS去除重復；

(5)采用SAMTOOLS軟件對若干樣本進行群體SNP的檢測，SAMTOOLS軟件檢測公共的SNP位點，經過濾后，獲得高質量的SNP位點用于后續分析，對于所有的SNP位點，利用Primer5.0軟件設計出21562對引物；

(6)提取黑棘鯛鰭條的DNA；

(7)選取步驟(5)中的特異性引物對步驟(6)中的DNA進行PCR擴增和測序；

(8)檢測步驟(7)中PCR產物的多態性，篩選出權利要求1中的29對具有多態性位點的擴增引物，獲得權利要求2中的48個黑棘鯛SNP分子標記。