[發明專利]一種鑒別榛屬物種的DNA條形碼及其擴增引物和應用

在審

• 申請號: 202210863694.6
• 申請日: 2022-07-21
• 公開（公告）號: CN116200516A
• 公開（公告）日: 2023-06-02
• 發明（設計）人: 楊振;馬慶華;趙天田;梁麗松;王貴禧
• 申請（專利權）人: 中國林業科學研究院林業研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;C12Q1/6869
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本發明公開一種鑒別榛屬物種的DNA條形碼及其擴增引物和應用，其中DNA條形碼為由榛屬物種葉綠體基因組的以下4個高變區連接而成的序列：ndhF?rpl32、rpl32?trnL、ycf1和trnS?trnG。本發明提供的鑒別榛屬物種的DNA條形碼能夠達到與葉綠體全基因組序列鑒別榛屬物種的同等效力，可實現對榛屬物種的快速、準確鑒別。

技術領域

本發明屬于基因技術領域，具體涉及一種鑒別榛屬物種的DNA條形碼及其擴增引物和應用。

背景技術

榛(Hazelnut)為樺木科(Betulaceae)榛屬(Corylus?L.)植物的統稱，世界范圍內約有20種，在北溫帶(亞洲、歐洲和北美洲)廣泛分布。榛堅果含有豐富的油脂和蛋白質，可直接鮮食、炒/烤食，也可榨油或作為原料加工成各類食品，具有“堅果之王”的美譽。

榛屬近緣種間廣泛的自然雜交、不完全譜系分選和趨同進化機制導致不同榛種乃至同種的不同種群間在形態特征、組織結構以及堅果品質方面表現出明顯的不規律性，既存在種間差異，又具有種內變異。此外，表觀性狀還易受環境變化的影響而產生不穩定的變異。可見，憑借傳統的形態學、解剖學及理化性質判定方法不能科學、全面地評價和鑒別榛屬植物。因此，為了從物種水平上實現對榛屬種質的精準利用，需要一種更快速、有效的方法進行物種鑒定。

與傳統鑒定方法相比，DNA條形碼技術具有準確高效、重復性強、不受外界環境干擾的優勢，已廣泛應用于植物分類鑒定和系統進化研究。在榛屬植物中，雖然國際通用條形碼ITS、matK、atpB-rbcL、psbA-trnH等在屬或組水平上的鑒別率較高，但在種水平的分辨率較低，尤其對遺傳距離較近的近緣種、種與變種等缺乏有效的鑒別能力。鑒于此，為提高種質資源的開發和利用效率，開發適用于榛屬物種鑒定的特異性DNA條形碼非常必要。

發明內容

針對現有技術中存在的一個或多個問題，本發明的一個方面提供一種鑒別榛屬物種的DNA條形碼，其為由榛屬物種葉綠體基因組的以下4個高變區連接而成的序列：ndhF-rpl32、rpl32-trnL、ycf1和trnS-trnG，其中所述ndhF-rpl32表示基因ndhF和rpl32之間的非編碼區，所述rpl32-trnL表示基因rpl32和trnL之間的非編碼區，所述ycf1表示編碼區基因ycf1，所述trnS-trnG表示基因trnS和trnG之間的非編碼區。

在一些實施方式中，用于擴增ndhF-rpl32的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:3-4所示；用于擴增rpl32-trnL的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:5-6所示；用于擴增ycf1的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:7-8所示；用于擴增trnS-trnG的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:9-10所示。

本發明另一方面提供一種用于鑒別榛屬物種的引物組合，其包括：

用于擴增ndhF-rpl32的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:3-4所示；

用于擴增rpl32-trnL的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:5-6所示；

用于擴增ycf1的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:7-8所示；

用于擴增trnS-trnG的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:9-10所示。

本發明另一方面還提供一種用于鑒別榛屬物種的試劑盒，其包括上述的引物組合。

上述的DNA條形碼、引物組合、或試劑盒在鑒別榛屬物種中的應用也屬于本發明的內容。

本發明再一方面還提供一種鑒別榛屬物種的方法，其包括以下步驟：