[發明專利]一種鑒別榛屬物種的DNA條形碼及其擴增引物和應用

在審

• 申請號: 202210863694.6
• 申請日: 2022-07-21
• 公開（公告）號: CN116200516A
• 公開（公告）日: 2023-06-02
• 發明（設計）人: 楊振;馬慶華;趙天田;梁麗松;王貴禧
• 申請（專利權）人: 中國林業科學研究院林業研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;C12Q1/6869
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種鑒別榛屬物種的DNA條形碼，其特征在于，所述DNA條形碼為由榛屬物種葉綠體基因組的以下4個高變區連接而成的序列：ndhF-rpl32、rpl32-trnL、ycf1和trnS-trnG，其中所述ndhF-rpl32表示基因ndhF和rpl32之間的非編碼區，所述rpl32-trnL表示基因rpl32和trnL之間的非編碼區，所述ycf1表示編碼區基因ycf1，所述trnS-trnG表示基因trnS和trnG之間的非編碼區。

2.根據權利要求1所述的DNA條形碼，其特征在于，

用于擴增ndhF-rpl32的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:3-4所示；

用于擴增rpl32-trnL的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:5-6所示；

用于擴增ycf1的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:7-8所示；

用于擴增trnS-trnG的上下游引物分別如SEQ?ID?NO:9-10所示。

3.用于鑒別榛屬物種的引物組合，其特征在于，所述引物組合包括：

用于擴增ndhF-rpl32的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:3-4所示；

用于擴增rpl32-trnL的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:5-6所示；

用于擴增ycf1的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:7-8所示；

用于擴增trnS-trnG的上下游引物，其核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO:9-10所示。

4.用于鑒別榛屬物種的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括權利要求3所述的引物組合。

5.權利要求1或2所述的DNA條形碼、權利要求3所述的引物組合、或權利要求4所述的試劑盒在鑒別榛屬物種中的應用。

6.一種鑒別榛屬物種的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：

S1)以不同待測樣本的葉綠體DNA為模板，使用權利要求3所述的引物組合分別進行PCR擴增，得到以下4個高變區的PCR擴增產物：ndhF-rpl32、rpl32-trnL、ycf1和trnS-trnG；

S2)對步驟S1)得到的4個高變區的PCR擴增產物進行測序，分別得到不同待測樣本的葉綠體DNA的4個高變區序列，并將不同待測樣本的所述4個高變區序列按相同順序拼接、校對，分別得到不同待測樣本對應的DNA條形碼；

S3)根據步驟S2)所得不同待測樣本的DNA條形碼進行聚類分析，以鑒別榛屬物種。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，步驟S1)中所述PCR擴增的反應程序為：94℃預變性5min；94℃變性45s，60-50℃梯度復性1min，72℃延伸1min，30個循環；最終72℃延伸10min。

8.根據權利要求6或7所述的方法，其特征在于，步驟S3)中所述聚類分析為使用不同待測樣本的DNA條形碼構建ML系統發育樹，若榛屬物種分布于支持率不低于75％的不同分枝，則確定為不同種。