[發明專利]一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片及應用

在審

• 申請號: 202210732592.0
• 申請日: 2022-06-24
• 公開（公告）號: CN115287367A
• 公開（公告）日: 2022-11-04
• 發明（設計）人: 王宇哲;朱迪;胡曉湘;吳寒宇;李寧
• 申請（專利權）人: 中國農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6874;G16B20/20;G16B20/30;G16B40/00
• 代理公司: 北京衛平智業專利代理事務所(普通合伙) 11392
• 代理人: 閆萍

1.一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片，其特征在于，包含36457個SNP位點。

2.一種權利要求1所述的一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟1，對豬樣本群體中的每個個體基因組DNA進行低深度重測序，測序深度為0.4×-0.8×/樣本；

步驟2，基于步驟1得到的測序數據進行基因組SNP標記檢測，鑒定上述豬樣本群體中的多態位點，并對多態位點進行基因分型，得到全基因組SNP；

步驟3，對豬群體中的個體測定豬倒數3～4肋間處的背膘厚，記錄表型，剔除離群值；

步驟4，在經步驟3剔除了離群值的豬群體中隨機選出固定數量的個體作為發現群體，基于上述發現群體對步驟3得到的剔除了離群值的豬背膘厚表型進行全基因組關聯分析，篩選與豬背膘厚相關的功能位點；

步驟5，篩選出基因組骨架位點，以用于捕獲除主效位點外其他基因組效應；

步驟6，合并步驟4得到的與豬背膘厚相關的功能位點和步驟5得到的基因組骨架位點，得到豬背膘厚性狀特異的36457個標記集合，生成最終的豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片。

3.如權利要求2所述的一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于：

步驟2中所述鑒定多態位點的位點過濾參數為：估計最小等位基因頻率EAF＞0.01，測序深度≥1.5IQR；

步驟2中所述對多態位點進行基因分型，其分型結果的過濾參數為：最小等位基因頻率MAF＞0.01，填充信息得分INFO SCORE＞0.4。

4.如權利要求2所述的一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于：

步驟4中所述篩選與豬背膘厚性狀相關的功能位點的篩選標準為P＜0.0001。

5.如權利要求2所述的一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片的制作方法，其特征在于：

步驟5中所述篩選出基因組骨架位點的具體步驟為：對步驟2中得到的全基因組SNP進行LD過濾，過濾條件為：以1000bp為窗口長度，窗口內部兩兩SNP位點的LD r²值大于0.40時刪除其中一個位點，最終得到基因組骨架位點。

6.一種權利要求1所述的一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片的應用，其特征在于，包括如下步驟：

步驟1，建立參考群體，利用所述測序分型芯片獲得參考群體中每個個體的基因型數據，同時記錄上述參考群體表型數據，通過合適的統計模型可以估計出每個SNP或不同染色體片段的效應值；

步驟2，然后對候選群體的每個個體，利用所述測序分型芯片方法進行基因分型，利用參考群體中估計得到的SNP效應值來計算候選群體中每個個體的基因組估計育種值；

步驟3，根據育種值的排名對優秀個體進行選留。