[發明專利]一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片及應用

在審

• 申請號: 202210732592.0
• 申請日: 2022-06-24
• 公開（公告）號: CN115287367A
• 公開（公告）日: 2022-11-04
• 發明（設計）人: 王宇哲;朱迪;胡曉湘;吳寒宇;李寧
• 申請（專利權）人: 中國農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6874;G16B20/20;G16B20/30;G16B40/00
• 代理公司: 北京衛平智業專利代理事務所(普通合伙) 11392
• 代理人: 閆萍

本發明涉及一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片及應用。本發明利用大規模低深度全基因組重測序技術得到的遺傳標記特異性篩選與豬背膘厚相關的功能標記信息，極大剔除了測序數據信息中的噪音位點，同時保留與背膘厚相關的功能位點，最終形成一種應用于豬背膘厚性狀育種的35K SNP測序分型芯片，降低分型成本的同時，極大地提升了背膘厚性狀的育種準確性。

技術領域

本發明涉及基因組育種、功能基因組學和分子生物學領域，具體說是一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片及應用。

背景技術

2001年，Theo Meuwissen等人首次提出了全基因組選擇(Genomic Selection，GS)技術的創新思想，這是繼上世紀BLUP育種技術實施以來的又一項創新技術，它利用覆蓋全基因組的高密度標記進行選擇育種，通過①早期選擇縮短世代間隔，②提高育種值(Genomic Estimated Breeding Value，GEBV)估計準確性等加快遺傳進展，尤其對低遺傳力、難測定的復雜性狀具有較好的預測效果，真正將基因組技術用于了育種實踐，目前正在推動動植物育種的革命性進步，是現代種業中最重要、最前沿的共性技術之一。

單核苷酸多態性(Single nucleotide polymorphisms，SNP)作為目前主流的遺傳標記，在基因組中數量眾多，分布廣泛，遺傳穩定性好。在人類和動植物研究中被廣泛用于各類性狀遺傳機制的解析、選擇進化研究和基因組選擇等研究方向。在基因組選擇應用中，過去十余年，高通量SNP分析主要依賴于SNP芯片技術，但傳統的固相SNP芯片存在著①標記固定無法拓展、②不同群體的通用性差、③不同表型的育種效果差別大、④成本高昂等缺陷，上述問題均限制了全基因組選擇技術在育種中大規模推廣應用。近幾年來，基于測序的SNP分型方法快速發展，其中比較有代表性的是一種所謂“液相芯片”的方法，其核心原理是通過對基因組目標區域進行靶向富集測序，來完成數千至數萬個位點的SNP基因分型。雖然該技術比傳統固相芯片在設計位點上更靈活，但由于基因組不同位置測序的靶向性存在極大差異，導致其分析和使用成本從原理上無法有效降低，限制了大規模的育種應用。

豬的背膘厚與其瘦肉率直接相關，是種豬遺傳育種和性能測定中的重要指標。隨著超聲波技術的發展，豬活體背膘厚的測量成為可能，這也使得研究人員累計了大量的豬背膘厚數據，針對背膘厚的遺傳學和基因組學研究也隨之大規模展開，目前已知多個基因與背膘厚相關，例如黑素皮質素受體基因MC4R、瘦素Leptin基因以及激素酶敏感脂肪酶HSL基因等，但整體而言，該性狀依然屬于典型的數量性狀，僅通過少部分分子標記直接有效地應用于育種產業的難度較大，依然需要通過基因組選擇技術來實現對背膘厚性狀的快速選育。此外，市場消費者對于瘦肉型豬的消費需求促使背膘厚的育種選擇也具有重要的經濟意義。

發明內容

針對現有技術中存在的缺陷，本發明的目的在于提供一種豬背膘厚性狀育種35KSNP測序分型芯片。本發明利用大規模低深度全基因組重測序技術得到的遺傳標記特異性篩選與豬背膘厚相關的功能標記信息，極大剔除了測序數據信息中的噪音位點，同時保留與背膘厚相關的功能位點，最終形成一種應用于豬背膘厚性狀育種的35K SNP測序分型芯片，降低分型成本的同時，極大地提升了背膘厚性狀的育種準確性。

為達到以上目的，本發明采取的技術方案是：

一種豬背膘厚性狀育種35K SNP測序分型芯片，其特征在于，包含36457個SNP位點。

上述測序分型芯片中SNP位點如下表所示：