[發明專利]一種肝癌多結節相關驅動基因的篩選方法及其應用

在審

• 申請號: 202210724296.6
• 申請日: 2022-06-23
• 公開（公告）號: CN115044677A
• 公開（公告）日: 2022-09-13
• 發明（設計）人: 劉軍杰;陳潔;羅濤
• 申請（專利權）人: 廣西醫科大學附屬腫瘤醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6806;C12N15/11;G06F16/9035;G16B30/10;G16B50/00
• 代理公司: 北京鑫瑞森知識產權代理有限公司 11961
• 代理人: 王立普

本發明公開了一種肝癌多結節相關驅動基因的篩選方法及其應用，屬于醫學技術領域。該方法包括以下步驟：(1)收集肝癌組織標本及對照癌旁標本；(2)提取樣本DNA進行全外顯子組測序；(3)生物信息學分析；(4)結合樣本的病理學信息特征進行個性化分析，得到與肝癌多結節發生密切相關的驅動基因并進行功能富集。本發明篩選得到了多個與人類肝癌發生有關的驅動基因，如：MTOR、CDKN1A、MACF1、CHD8和KDM6B等。因此，本發明為多結節肝癌的精準醫療提供了科學依據。

技術領域

本發明屬于醫學技術領域，尤其涉及一種肝癌多結節相關驅動基因的篩選方法及其應用。

背景技術

原發性肝癌是常見的惡性腫瘤之一，其發病率在全球范圍內呈上升趨勢。而在中國，肝癌發病率已位居惡性腫瘤第4，并且是第2位腫瘤致死病因。肝細胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)是最常見的肝癌類型，約占病例總數的90％。目前，肝癌的外科治療包括肝切除術和肝移植術仍是肝癌病人獲得長期生存最重要的手段。但手術切除治療后面臨的轉移和高復發率問題是制約肝癌患者術后生存率的一大難題。

研究表明，腫瘤數目可作為影響肝癌患者術后早期復發的獨立危險因素，對預后判斷有價值。但以往的研究主要通過癌結節間的影像學特征和病理組織學表現來區分不同的轉移灶，該方法不適用于早期轉移或中低分化水平的肝癌患者，不能有效的闡明肝癌結節間的異質性。因此，尋找新的分子標記，更好的評估肝癌患者的轉移潛能和預后進而指導臨床決策，及時采取有效的個體化防治方案是提高肝癌療效的關鍵。

全外顯子組測序技術能夠有效識別蛋白質編碼區中的基因突變，是精準醫學背景下用于檢測致病突變基因和易感基因位點的常用技術。應用該技術，研究人員發現了多個與人類肝癌發生有關的驅動基因，如：TP53、ARID1A、CTNNB1、CDKN2A和PTEN等。因此，本研究選取了具有單個和多個肝癌結節背景的肝癌病人樣本進行外顯子組測序，以期揭示多結節肝癌發生發展中的體細胞突變圖譜和可能的調控模式，為多結節肝癌的精準醫療提供科學依據。

發明內容

本發明一方面提供一種肝癌多結節相關驅動基因的篩選方法，所述方法包括以下步驟：

(1)收集肝癌組織標本及對照癌旁標本；

(2)提取樣本DNA進行全外顯子組測序；

(3)生物信息學分析。

優選地，所述步驟(2)的具體操作為：采取Covaris技術將檢測合格的DNA樣品打斷成180-220bp的片段，采用Roche NimbleGen SeqCap EZ Exome V3/Agilent SureSelectHuman All Exon V6外顯子捕獲試劑盒構建文庫，經Illumina Nova Seq6000系列測序儀完成雙端測序。

更優選地，所述步驟(3)的具體操作為：原始下機數據進行過濾后得到高質量數據，將之與參考基因組序列進行比對，后再完成生物信息學分析。

更優選地，還包括步驟(4)結合樣本的病理學信息特征進行個性化分析，得到與肝癌多結節發生密切相關的驅動基因并進行功能富集。

更優選地，篩選得到的肝癌結節相關驅動基因包括MTOR、CDKN1A、MACF1、CHD8和KDM6B 等。

本發明的另一方面提供上述篩選方法在肝癌多結節相關驅動基因篩選中的應用。

與現有技術相比，本發明具有如下有益效果：

本發明篩選得到了多個與人類肝癌結節發生發展有關的驅動基因，如：MTOR、CDKN1A、 MACF1、CHD8和KDM6B等。因此，本發明為多結節肝癌的精準醫療提供了科學依據。

附圖說明

圖1為實施例1中單結節組和多結節組體細胞SNV在基因組不同區域的分布情況圖。