[發(fā)明專利]小麥最大根長(zhǎng)QTL QMrl.sau-3D連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202210657907.X
• 申請(qǐng)日: 2022-06-10
• 公開（公告）號(hào): CN114807429B
• 公開（公告）日: 2023-02-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 馬建;陳黃鑫;周界光;玄其京;曾照勇;唐華蘋;江千濤;蔣云峰;魏育明;鄭有良;蘭秀錦
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6851;C12N15/11
• 代理公司: 北京東方盛凡知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11562
• 代理人: 菅士騰

本發(fā)明公開了小麥最大根長(zhǎng)QTLQMrl.sau?3D連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，涉及小麥分子遺傳育種領(lǐng)域。該SNP分子標(biāo)記與QMrl.sau?3D共定位于小麥基因組的3D染色體長(zhǎng)臂上，所述SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQIDNO.16所示，所述SNP分子標(biāo)記的36bp處存在C/T突變。本發(fā)明提供的SNP分子標(biāo)記KASP?Mrl?sau1與小麥最大根長(zhǎng)QTLQMrl.sau?3D緊密連鎖，能準(zhǔn)確跟蹤所述小麥最大根長(zhǎng)QTLQMrl.sau?3D，預(yù)測(cè)小麥的最大根長(zhǎng)特性，能夠顯著提升對(duì)小麥最大根長(zhǎng)的選擇鑒定效率，能夠迅速篩選出具有較長(zhǎng)根長(zhǎng)的小麥品種或品系，加快小麥分子遺傳育種的進(jìn)程。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及小麥分子遺傳育種領(lǐng)域，特別是涉及小麥最大根長(zhǎng)QTL QMrl.sau-3D連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

普通小麥(Triticum aestivum L.)是最早馴化的谷物之一，因其具有更好的環(huán)境適應(yīng)性、更豐富的營(yíng)養(yǎng)和更高的產(chǎn)量潛力，被列為“三大”谷類作物，在世界各地廣泛種植。由于人口增長(zhǎng)和耕地面積的持續(xù)減少，小麥產(chǎn)量亟待提高，對(duì)小麥進(jìn)行遺傳改良是增產(chǎn)的主要手段之一。

根系是植物最重要的器官之一，在調(diào)節(jié)植物吸收水分和營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，以及植物體內(nèi)物質(zhì)的轉(zhuǎn)化和運(yùn)輸中發(fā)揮關(guān)鍵作用。在根系相關(guān)性狀的研究中，最大根長(zhǎng)對(duì)于地上部的貢獻(xiàn)是不可忽視的。最大根長(zhǎng)的遺傳改良可以促進(jìn)小麥攝取土壤深層水分和養(yǎng)分的能力，從而增強(qiáng)小麥對(duì)干旱環(huán)境等逆境的適應(yīng)性，進(jìn)而獲得最佳的籽粒產(chǎn)量。因此，鑒定控制小麥最大根長(zhǎng)的遺傳位點(diǎn)對(duì)于小麥分子遺傳育種極其重要。

單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)標(biāo)記指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，具有數(shù)量多、分布廣泛、在單個(gè)基因和整個(gè)基因組中分布不均勻以及SNP等位基因頻率容易估計(jì)的優(yōu)點(diǎn)，是當(dāng)前遺傳標(biāo)記研究中最多，也是最有前景的分子標(biāo)記。其中，55K SNP芯片、90K SNP芯片和660K SNP 等芯片在小麥中已被廣泛運(yùn)用。

競(jìng)爭(zhēng)性等位基因特異性PCR技術(shù)(KompetitiveAllele Specific PCR，KASP)是由LGC公司(Laboratory ofthe Government Chemist)研發(fā)的具有低成本、高通量特點(diǎn)的新型基因分型技術(shù)，通過引物末端堿基的特異匹配來對(duì)SNP以及In Del位點(diǎn)進(jìn)行精準(zhǔn)的雙等位基因分型，在水稻、小麥、大豆等作物的分子標(biāo)記輔助選擇中得到廣泛應(yīng)用。

近年來，在小麥的不同染色體上已經(jīng)報(bào)道了許多與最大根長(zhǎng)相關(guān)的QTL，但運(yùn)用于實(shí)際的分子標(biāo)記輔助育種卻并不多。因此進(jìn)一步鑒定到更具實(shí)用價(jià)值的最大根長(zhǎng) QTL或基因，利用分子生物學(xué)技術(shù)，選擇適宜根系長(zhǎng)度的小麥株系，最終達(dá)到選育增產(chǎn)小麥新品種的目的，在小麥育種工作中意義重大。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供小麥最大根長(zhǎng)QTL QMrl.sau-3D連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，以解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問題，本發(fā)明提供的SNP分子標(biāo)記KASP-Mrl-sau1與小麥最大根長(zhǎng)QTL QMrl.sau-3D緊密連鎖，能準(zhǔn)確跟蹤所述小麥最大根長(zhǎng)QTL QMrl.sau-3D，預(yù)測(cè)小麥的最大根長(zhǎng)特性，能夠顯著提升對(duì)小麥最大根長(zhǎng)的選擇鑒定效率，能夠迅速篩選出具有較長(zhǎng)根長(zhǎng)的小麥品種或品系用于育種，加快小麥分子遺傳育種的進(jìn)程。

為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明提供了如下方案：

本發(fā)明提供一種與小麥最大根長(zhǎng)QTL QMrl.sau-3D連鎖的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記與QMrl.sau-3D共定位于小麥基因組的3D染色體長(zhǎng)臂上，所述SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示，所述SNP分子標(biāo)記的36bp處存在C/T突變。

本發(fā)明還提供一種擴(kuò)增上述的SNP分子標(biāo)記的引物組合，所述引物組合包括如SEQ ID NO.1-2所示的兩條特異性上游引物和如SEQ ID NO.3所示的一條通用下游引物。