[發明專利]評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集、篩選方法、預后生存風險評分模型

在審

• 申請號: 202210638728.1
• 申請日: 2022-06-08
• 公開（公告）號: CN116230217A
• 公開（公告）日: 2023-06-06
• 發明（設計）人: 曲儀慶;李銳;劉瀟;江應瀟;曲佳佳
• 申請（專利權）人: 山東大學;山東大學齊魯醫院
• 主分類號: G16H50/30
• 分類號: G16H50/30;G16B20/10;G16B25/00;G16B35/20;G16B40/00
• 代理公司: 北京睿智保誠專利代理事務所(普通合伙) 11732
• 代理人: 周新楣

本發明提供了一組評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集及其篩選方法、預后風險評估模型；屬于癌癥預后風險評估技術領域；所述評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集，包括以下基因：S100A10、IGFBP1、SLC52A1、KREMEN2、SCPEP1、COL4A3、GSTM2、STRAP、PCDH7、PAK2、CYP4B1、MTUS1、ESPL1、PRRX2、TTK、COL4A4、CCR7、NPC2和SKA1。本發明根據上述m6A簇差異基因集構建了生存風險評分模型，為預測NSCLC預后提供了新的見解。

技術領域

本發明屬于腫瘤預后評估技術領域，尤其涉及一組評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集及其篩選方法、預后生存風險評分模型。

背景技術

肺癌是全球癌癥相關死亡的主要原因。非小細胞肺癌(NSCLC)約占肺癌總發病率的80～85％。盡管在癌癥研究中分子免疫療法和靶向療法已經很常見。但NSCLC患者的五年生存率仍然很低(18％)。因此，迫切需要提高NSCLC的預后和免疫治療效果預測。探索RNA修飾的技術表明，其中一些修飾存在于某些信使RNA(mRNA)。m6A修飾參與多種功能，包括腫瘤發生。在RNA修飾中，m6A修飾是最常見的，它參與多種生物學過程，例如癌癥干細胞的形成、腫瘤發生和細胞死亡。

但是目前尚沒有m6A修飾與非小細胞肺癌預后評估相關模型的報道。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的在于提供一組評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集及其篩選方法、預后生存風險評分模型。

本發明提供了一組評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集，其特征在于，包括以下基因：S100A10、IGFBP1、SLC52A1、KREMEN2、SCPEP1、COL4A3、GSTM2、STRAP、PCDH7、PAK2、CYP4B1、MTUS1、ESPL1、PRRX2、TTK、COL4A4、CCR7、NPC2和SKA1。

本發明提供了利用所述的評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集構建的非小細胞肺癌預后生存風險評分模型，所述模型為生存風險評分＝(0.1543)×S100A10的表達+(0.0926)×IGFBP1的表達水平+(-0.1585)×SLC52A1的表達水平+(0.0512)×KREMEN2的表達水平+(-0.0787)×SCPEP1的表達水平+(0.1195)×COL4A3的表達水平+(-0.0915)×GSTM2的表達水平+(0.1032)×STRAP的表達水平式+(0.0693)×PCDH7的表達水平+(0.1389)×PAK2的表達水平+(0.0437)×CYP4B1的表達水平+(-0.0950)×MTUS1的表達水平+(0.1204)×ESPL1的表達水平+(0.0690)×PRRX2的表達水平+(-0.1307)×TTK的表達水平+(-0.1181)×COL4A4的表達水平+(-0.0965)×CCR7的表達水平+(-0.0891)×NPC2的表達水平+(0.0806)×SKA1的表達水平。

本發明提供了檢測所述的評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集表達的試劑盒在制備非小細胞肺癌患者總體生存率診斷或輔助診斷產品中的應用。

本發明還提供了所述的評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集的篩選方法，包括以下步驟：

1)在數據庫中下載非小細胞肺癌患者的臨床數據及癌組織和癌旁正常組織的RNA-Seq轉錄組數據、體細胞突變數據和CNV數據；

2)從步驟(1)獲得的轉錄組數據中提取m6A相關調控因子，對提取的m6A相關調控因子進行無監聚類分析獲得m6A相關調控因子的分型；對分型后的m6A相關調控因子再次進行取交集后的基因分型；

3)分析不同分型的m6A相關調控因子在非小細胞肺癌患者的癌組織和癌旁正常組織的表達差異；