[發明專利]評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集、篩選方法、預后生存風險評分模型

在審

• 申請號: 202210638728.1
• 申請日: 2022-06-08
• 公開（公告）號: CN116230217A
• 公開（公告）日: 2023-06-06
• 發明（設計）人: 曲儀慶;李銳;劉瀟;江應瀟;曲佳佳
• 申請（專利權）人: 山東大學;山東大學齊魯醫院
• 主分類號: G16H50/30
• 分類號: G16H50/30;G16B20/10;G16B25/00;G16B35/20;G16B40/00
• 代理公司: 北京睿智保誠專利代理事務所(普通合伙) 11732
• 代理人: 周新楣

1.一組評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集，其特征在于，包括以下基因：S100A10、IGFBP1、SLC52A1、KREMEN2、SCPEP1、COL4A3、GSTM2、STRAP、PCDH7、PAK2、CYP4B1、MTUS1、ESPL1、PRRX2、TTK、COL4A4、CCR7、NPC2和SKA1。

2.利用權利要求1所述的評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集構建的非小細胞肺癌預后生存風險評分模型，其特征在于，所述模型為生存風險評分＝(0.1543)×S100A10的表達+(0.0926)×IGFBP1的表達水平+(-0.1585)×SLC52A1的表達水平+(0.0512)×KREMEN2的表達水平+(-0.0787)×SCPEP1的表達水平+(0.1195)×COL4A3的表達水平+(-0.0915)×GSTM2的表達水平+(0.1032)×STRAP的表達水平式+(0.0693)×PCDH7的表達水平+(0.1389)×PAK2的表達水平+(0.0437)×CYP4B1的表達水平+(-0.0950)×MTUS1的表達水平+(0.1204)×ESPL1的表達水平+(0.0690)×PRRX2的表達水平+(-0.1307)×TTK的表達水平+(-0.1181)×COL4A4的表達水平+(-0.0965)×CCR7的表達水平+(-0.0891)×NPC2的表達水平+(0.0806)×SKA1的表達水平。

3.檢測權利要求1所述的評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集表達的試劑盒在制備非小細胞肺癌患者總體生存率診斷或輔助診斷產品中的應用。

4.權利要求1所述的評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集的篩選方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)在數據庫中下載非小細胞肺癌患者的臨床數據及癌組織和癌旁正常組織的RNA-Seq轉錄組數據、體細胞突變數據和CNV數據；

2)從步驟(1)獲得的轉錄組數據中提取m6A相關調控因子，對提取的m6A相關調控因子進行無監聚類分析獲得m6A相關調控因子的分型；對分型后的m6A相關調控因子再次進行取交集后的基因分型；

3)分析不同基因分型的m6A相關調控因子在非小細胞肺癌患者的癌組織和癌旁正常組織的表達差異；

4)根據步驟3)確定的不同分型的m6A相關調控因子在非小細胞肺癌患者的癌組織和癌旁正常組織的表達差異以及和患者的完整生存信息數據進行單變量和多變量Cox回歸分析，獲得評估非小細胞肺癌預后生存風險的m6A簇差異基因集。

5.根據權利要求4所述的篩選方法，其特征在于，步驟1)所述數據庫為GEO數據庫、TCGA和UCSC-Xena；收集獲得2個NSCLC隊列：(GSE50081、GSE68465)和(TCGA-LUSC、TCGA-LUAD)。

6.根據權利要求5所述的篩選方法，其特征在于，步驟2)所述的無監聚類分析采用ConsensuClusterPlus包用于執行。

7.根據權利要求4所述的篩選方法，其特征在于，步驟3)中不同分型的m6A相關調控因子的表達差異采用“limma”包進行。