[發明專利]一種用于富集mRNA的磁珠復合物及其應用

在審

• 申請號: 202210550512.X
• 申請日: 2022-05-18
• 公開（公告）號: CN114854827A
• 公開（公告）日: 2022-08-05
• 發明（設計）人: 雍軍;范靜彥;包仁艷
• 申請（專利權）人: 蘇州極客基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京三聚陽光知識產權代理有限公司 11250
• 代理人: 周淑歌

本發明涉及一種用于富集mRNA的磁珠復合物及其應用，屬于生物技術領域。本發明提供了一種用于富集mRNA的磁珠復合物，包括磁珠、間臂、引物以及oligodT，其中，引物通過間臂偶聯在磁珠上，oligodT通過引物與間臂相連，間臂為C鏈和/或堿基T，引物用于擴增目標mRNA經過反轉錄后結合在磁珠上的cDNA，oligodT能夠與目標mRNA特異性結合；所述用于富集mRNA的磁珠復合物在引物和磁珠之間設置了間臂，一方面，可以減少原位cDNA預擴增時的位阻效應，增強擴增的效率，另一方面，間臂使得利用所述磁珠復合物進行mRNA富集時，可以在有磁珠的情況下做反轉錄，同時也可以進行PCR擴增的反應。

技術領域

本發明涉及一種用于富集mRNA的磁珠復合物及其應用，屬于生物技術領域。

背景技術

單細胞轉錄組測序(scRNA seq)是近幾年興起的，以二代高通量測序平臺以及生物信息學為基礎的新生測序技術手段。相對于傳統的轉錄組測序(bulk RNA-seq)，其技術優勢是可以在單細胞水平上，研究不同的細胞之間基因組、轉錄組以及表觀遺傳學的差異。轉錄組分析是將基因型與細胞表型聯系起來的一種強有力的策略。

隨著分子生物學技術的飛速發展，人們對轉錄組學的研究不再局限于群體細胞水平，而是精確到單細胞水平。眾所周知，生物組織所具有的普遍特征是細胞異質性。常規的多細胞水平的轉錄組學的研究需要大量細胞，并且其研究結果反應的是群體細胞基因表達的平均值，而這個平均值掩蓋了數量較少的細胞亞群的表達信息，因而難以區分群體細胞中不同細胞亞群的轉錄特征。

傳統的bulk RNAseq在進行細胞研究時，通常需要數十萬到數百萬細胞當量的RNA作為模板進行測序(100ng～5μg)。單細胞中的RNA含量較低，通常僅10～20pg，大約合10⁵～10⁶個RNA分子，捕獲、擴增和建庫方法的技術難度也較傳統組織樣本的RNA建庫要大得多。因此，單細胞轉錄組測序技術的創新和開發，在基礎研究和臨床應用都將會有巨大的研發價值。而在單細胞轉錄組測序時，獲得高質量的mRNA，是進行后續反轉錄擴增建庫實驗步驟的前提，也是獲得良好生物信息分析結果的基礎。

發明內容

為解決上述問題，本發明提供了一種用于富集mRNA的磁珠復合物，所述用于富集mRNA的磁珠復合物包括磁珠、間臂、引物以及oligodT；所述引物通過間臂偶聯在磁珠上；所述oligodT通過引物與間臂相連；所述間臂為C鏈和/或堿基T；所述引物用于擴增目標mRNA經過反轉錄后結合在磁珠上的cDNA；所述oligodT能夠與目標mRNA特異性結合。

在本發明的一種實施方式中，所述目標mRNA是指單細胞/少量細胞轉錄組。

在本發明的一種實施方式中，所述富集是指對單細胞/少量細胞轉錄組進行捕獲和擴增。

在本發明的一種實施方式中，所述間臂為長度2～30的碳鏈C和/或長度2～30的堿基T。

在本發明的一種實施方式中，所述間臂為長度6～12的碳鏈C或長度4～10的堿基T。

在本發明的一種實施方式中，所述磁珠為羧基磁珠。

在本發明的一種實施方式中，所述間臂通過末端修飾的NH₂偶聯到磁珠上。

在本發明的一種實施方式中，所述引物的長度為12～70個堿基。

在本發明的一種實施方式中，所述引物的長度為18～35個堿基。

在本發明的一種實施方式中，所述oligodT的長度為12～70個堿基T。

在本發明的一種實施方式中，所述oligodT的長度為15～35個堿基T。