[發明專利]一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針及方法

在審

• 申請號: 202210542888.6
• 申請日: 2022-05-18
• 公開（公告）號: CN115094163A
• 公開（公告）日: 2022-09-23
• 發明（設計）人: 羅志丹;許恒皓;王欣竹;張新亞;盧辰;張建;吳芳
• 申請（專利權）人: 江蘇省海洋資源開發研究院（連云港）
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6858;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 北京和聯順知識產權代理有限公司 11621
• 代理人: 胡楊

1.一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針，包括檢測新冠病毒S基因N679K突變的鎖式探針PLP-1，超分支滾環擴增引物組RCA-F和RCA-R以及檢測擴增產物所用sgRNA，其特征在于，所述檢測新冠病毒S基因N679K突變的鎖式探針PLP-1，超分支滾環擴增引物組RCA-F和RCA-R均為單鏈DNA；所述鎖式探針PLP-1的核苷酸堿基序列為SEQ ID No.1所示，其中5’端具備磷酸化修飾；所述超分支滾環擴增引物組包含2條引物，核苷酸堿基序列分別為為SEQ ID No.2和SEQ ID No.3。

2.根據權利要求1所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針，其特征在于：所述檢測擴增產物所用sgRNA的核苷酸堿基序列為SEQ ID No.4。

3.一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：具體步驟如下：

步驟一：獲取病毒RNA；

步驟二：以步驟一獲取的RNA為模板，加入鎖式探針PLP-1和連接酶，配制連接反應混合液，進行連接反應；

步驟三：使用超分支滾環擴增引物組RCA-F和RCA-R和具備鏈置換活性的DNA聚合酶對步驟二的反應產物進行滾環擴增反應；

步驟四：檢測擴增產物。

4.根據權利要求3所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：所述步驟二中的連接反應中，所用的連接酶是Splint R ligase。

5.根據權利要求3所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：所述步驟三中的滾環擴增反應中，所用的DNA聚合酶是Bst DNA聚合酶。

6.根據權利要求3所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：所述步驟四中檢測擴增產物是利用CRISPR/Cas技術檢測擴增產物，所用Cas核酸酶是Cas12b。

7.根據權利要求3所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：所述步驟二中的連接反應混合液，包括DNA連接酶、RNA模板、鎖式探針、反應緩沖液和去離子水。

8.根據權利要求3所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：所述步驟三中滾環擴增反應的混合液，包括DNA聚合酶、步驟二所得的產物、擴增引物對、反應緩沖液和去離子水。

9.根據權利要求3所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：所述步驟二中的連接反應混合液中，引物的工作濃度是0.5-10nmol/L；所述步驟二中的連接反應條件為25℃，15-60min。

10.根據權利要求3所述的一組快速檢測新冠病毒S基因點突變的核酸探針的方法，其特征在于：所述步驟三中的滾環擴增反應條件為50-65℃，15-60min。