[發(fā)明專利]水稻wx基因的檢測引物、檢測試劑盒及其應(yīng)用

在審

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• 申請日: 2022-04-26
• 公開（公告）號: CN115491429A
• 公開（公告）日: 2022-12-20
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 倪大虎;周燃;宋豐順;甘泉;林翠香
• 申請（專利權(quán)）人: 安徽省農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京思元知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11598
• 代理人: 余光軍;霍雪梅

本發(fā)明公開了水稻wx基因的檢測引物、檢測試劑盒及其應(yīng)用。本發(fā)明針對水稻wx基因功能區(qū)域，通過sanger雙脫氧測序技術(shù)，找出糯稻和非糯稻wx基因的序列差異確定糯性等位型特異性分子標(biāo)記并設(shè)計了兩對核苷酸序列為SEQ ID No.1?SEQ ID No.4所示的wx基因檢測引物，通過電泳檢測PCR產(chǎn)物的片段數(shù)量和大小，判斷被檢水稻樣品是否含有wx基因以及含有的wx基因為雜合或純合等位型，進而實現(xiàn)對wx基因的輔助選育、wx基因純合體和雜合體的快速判斷以及糯稻品種純度的鑒定。本發(fā)明顯著降低了檢測成本，對于糯稻新品種的培育，核心種質(zhì)的提純復(fù)壯以及生產(chǎn)用種的純度鑒定提供了技術(shù)支持。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及水稻wx基因的檢測引物以及檢測試劑盒，本發(fā)明進一步涉及所述水稻wx基因檢測引物在水稻wx基因的輔助選育、wx基因純合體和雜合體的快速判斷或糯稻品種純度的鑒定等方面的應(yīng)用，屬于水稻wx基因的分子標(biāo)記及檢測引物和應(yīng)用領(lǐng)域。

背景技術(shù)

水稻是中國重要的糧食作物之一，全國水稻種植面積約占糧食作物面積的30％，產(chǎn)量接近糧食總產(chǎn)量的一半。糯米因其具有良好的食用品質(zhì)，廣泛應(yīng)用于保健滋補食用、釀酒、制作糕點、冷飲和醫(yī)藥等方面，深受人民群眾喜愛。

由于糯性屬隱性性狀，生產(chǎn)中混雜、串粉等因素極易造成糯性喪失或退化，對種性保持來說往往更是致命的。為了保證常規(guī)品種專有的特異性、一致性和穩(wěn)定性，需要對品種進行提純復(fù)壯，以保持品種的優(yōu)良種性。通常的方法是株系循環(huán)法和“三年三圃”法，這兩種方法的核心是選擇“典型單株”或“典型單穗”，是基于經(jīng)驗的表型選擇，存在一定的盲目性。在糯稻選育過程中，分離世代由于糯性多處于雜合狀態(tài)，直鏈淀粉含量無法準(zhǔn)確反應(yīng)糯性性狀是否純合，需要株系穩(wěn)定后，才能進行準(zhǔn)確分析，極大增加了選育的工作量。

水稻中淀粉的合成受蠟質(zhì)基因(Wx)編碼結(jié)合在淀粉粒上的淀粉合成酶(granualebound starch synthase I，GBSS I)控制。Wx基因的等位變異造成了不同水稻品種中直鏈淀粉含量的差異。糯稻品種中直鏈淀粉含量一般低于2％，屬于Wx基因的隱性突變(wx)。前人研究表明，目前報導(dǎo)的糯稻是由于Wx基因第二外顯子區(qū)存在一處23bp的插入，導(dǎo)致Wx基因表達出現(xiàn)移碼突變。孫華欽、田志喜等學(xué)者曾針對這一位點差異設(shè)計功能性分子標(biāo)記對糯/非糯品種進行區(qū)分。但同時孫華欽等指出，由于wx基因功能區(qū)域堿基序列具有較高的GC含量，PCR反應(yīng)時應(yīng)選擇適用于GC rich結(jié)構(gòu)擴增的GC Buffer和高保真酶(LA Taq)，且需設(shè)置較高的退火溫度，檢測成本較高。田志喜等針對wx基因功能區(qū)域設(shè)計的標(biāo)記Wx M1在PCR反應(yīng)時選擇了58℃的退火溫度，電泳檢測時出現(xiàn)較多雜帶，結(jié)果判定難度大。

因此，針對針對水稻wx基因功能區(qū)域設(shè)計特異性強，靈敏度高，檢測成本低的檢測引物是亟待需要解決的技術(shù)問題。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的之一是提供水稻wx基因檢測引物；

本發(fā)明的目的之二是提供含有所述水稻wx基因檢測引物的檢測試劑盒。

本發(fā)明的目的之三是將所述的水稻wx基因檢測引物應(yīng)用于水稻wx基因的輔助選育、wx基因純合體和雜合體的快速判斷或糯稻品種純度的鑒定等方面。

本發(fā)明的上述目的是通過以下技術(shù)方案來實現(xiàn)的：

本發(fā)明首先提供了水稻wx基因檢測引物，選自引物對(1)或引物對(2)中的任何一對，其中，所述引物對(1)由核苷酸序列為SEQ ID No.1所示的引物和核苷酸序列為SEQ IDNo.2所示的引物組成；所述引物對(2)由核苷酸序列為SEQ ID No.3所示的引物和核苷酸序列為SEQ ID No.4所示的引物組成。