[發(fā)明專利]一種真菌微生物組作為胃癌診斷的標(biāo)志物的應(yīng)用

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• 申請日: 2022-04-21
• 公開（公告）號: CN114807417A
• 公開（公告）日: 2022-07-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 楊平;李智洋;徐志鵬
• 申請（專利權(quán)）人: 南京鼓樓醫(yī)院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6886;C12N15/11;C12R1/645
• 代理公司: 南京禾祁專利代理事務(wù)所(普通合伙) 32462
• 代理人: 黃天天

本發(fā)明公開了一種真菌微生物組作為胃癌診斷的標(biāo)志物的應(yīng)用，所述的真菌微生物組選自真菌中門水平、屬水平以及種水平中的一種或以上。通過對GC組織、癌旁組織和健康(HC)胃組織進(jìn)行真菌DNA的ITS測序和讀數(shù)的分類學(xué)注釋，總共生成450萬個(gè)有效標(biāo)簽，分成了1631個(gè)分類單元(OTUs)，鑒定到了10個(gè)門水平和301個(gè)屬水平的真菌亞群。GC組中Basidiomycota與Ascomycota的比例增加，同時(shí)GC中高表達(dá)的Cystobasidium,Cutaneotrichosporon,Apodus,Apiotrichum,Simplicillium,Lecanactis,Rhizopus,Rhodotorula,Exophiala,Sarocladium可以作為胃癌診斷的真菌微生物組標(biāo)志物，并且與胃癌的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于微生物組或胃癌技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種真菌微生物組作為胃癌診斷的標(biāo)志物的應(yīng)用。

背景技術(shù)

胃癌(GC)是最常見的惡性腫瘤之一，GC在所有與癌癥相關(guān)的死亡病例中排名第二，是第五大最廣泛診斷的癌癥。GC的發(fā)展通常經(jīng)過萎縮性胃炎(AG)到腸化生(IM)，最終發(fā)展為GC的多個(gè)過程。雖然胃癌的病因和發(fā)病機(jī)制尚不清楚，但已證實(shí)暴露于環(huán)境致癌物質(zhì)(如有毒化學(xué)物質(zhì)和幽門螺桿菌)會(huì)增加癌癥風(fēng)險(xiǎn)，菌群也可通過改變其自身的組成和基因表達(dá)以應(yīng)對不斷變化的環(huán)境條件。胃一直被認(rèn)為是細(xì)菌的“敵對場所”，因?yàn)閺?qiáng)酸性的胃液不適合微生物生長。最近的證據(jù)表明，胃中微生物種群的改變與胃癌的發(fā)病和進(jìn)展有關(guān)。自20世紀(jì)80年代至今，幽門螺桿菌(H.pylori，HP)被發(fā)現(xiàn)是13年來最常見的胃癌致病細(xì)菌。然而所有感染HP的案例中，最終只有1-3％的患者會(huì)發(fā)展為GC；同時(shí)，有15％的HP患者通過藥物根除HP后仍然發(fā)展為GC，這表明其他微生物也可以寄生在胃中并在GC的發(fā)生和發(fā)展中發(fā)揮作用

高通量測序技術(shù)的進(jìn)步為探索健康人和胃癌患者胃中微生物組成和豐度差異提供了有力的技術(shù)保障。一項(xiàng)研究證明，口腔細(xì)菌更有可能聚集在胃癌樣本中，鏈球菌、奈瑟菌、嗜血桿菌和卟啉單胞菌是GC中最占優(yōu)勢的菌種。新出現(xiàn)或重新出現(xiàn)的真菌正在成為世界范圍內(nèi)與宿主的免疫調(diào)節(jié)密切相關(guān)的公共衛(wèi)生威脅。最近的研究證實(shí)了結(jié)直腸腺瘤組織、克羅恩病和潰瘍性結(jié)腸炎患者中真菌成分的改變，為發(fā)現(xiàn)宿主-真菌微生物組相互作用之間的新關(guān)系提供了機(jī)會(huì)。然而，理解胃真菌微生物群在GC中的功能作用的研究很少，特別是從真菌在GC篩查中的潛在診斷價(jià)值的角度。

我國是GC大國，目前GC的篩查仍依賴于胃鏡檢查：操作復(fù)雜，體驗(yàn)差，依從性低。GC的臨床血清標(biāo)志物主要有CA19-9、CEA和CA72-4等，然而這些血清標(biāo)志物對GC的敏感性和特異性不高。即血清學(xué)腫瘤指標(biāo)正常，但部分腫瘤患者已經(jīng)發(fā)展到較晚的階段，甚至患者出現(xiàn)腫瘤的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移，但腫瘤指標(biāo)仍維持在正常水平。因此，尋找新的靈敏度和特異性更高的標(biāo)志物是解決胃癌患者早期診斷并提供及時(shí)治療建議的有效途徑。

發(fā)明內(nèi)容

發(fā)明目的：本發(fā)明通過全面分析了GC組織、GC癌旁組織和健康胃組織中的真菌微生物組，對胃中真菌微生物組的變化與GC發(fā)生發(fā)展的關(guān)系做出了解釋。結(jié)果顯示，GC患者胃部菌群特別是Basidiomycota的豐度顯著高于HC組，GC組中10種高豐度的真菌屬可以作為GC預(yù)測和診斷的標(biāo)志物。進(jìn)一步的，首次提出了宿主真菌微生物群與GC發(fā)生發(fā)展的相互作用，為真菌在GC中的潛在作用提供了新的解釋。

基于上述發(fā)明目的，本發(fā)明公開了一種真菌微生物組作為胃癌診斷的標(biāo)志物的應(yīng)用，所述真菌微生物組包含Cystobasidium,Cutaneotrichosporon,Apodus,Apiotrichum,Simplicillium,Lecanactis,Rhizopus,Rhodotorula,Exophiala和Sarocladium中的任意一種或幾種的組合，其中，真菌微生物為真菌中門水平、屬水平以及種水平中的一種或以上。

其中，所述真菌微生物的篩選方法為：通過提取組織中的DNA，進(jìn)行ITS測序和讀數(shù)分類學(xué)注釋，判斷胃癌患者與健康對照之間的所述真菌微生物的差異度和/或相似性，得到真菌微生物標(biāo)志物。