[發明專利]一種真菌微生物組作為胃癌診斷的標志物的應用

在審

• 申請號: 202210422671.1
• 申請日: 2022-04-21
• 公開（公告）號: CN114807417A
• 公開（公告）日: 2022-07-29
• 發明（設計）人: 楊平;李智洋;徐志鵬
• 申請（專利權）人: 南京鼓樓醫院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6886;C12N15/11;C12R1/645
• 代理公司: 南京禾祁專利代理事務所(普通合伙) 32462
• 代理人: 黃天天

1.一種真菌微生物組作為胃癌診斷的標志物的應用，其特征在于，所述真菌微生物組包含Cystobasidium,Cutaneotrichosporon,Apodus,Apiotrichum,Simplicillium,Lecanactis,Rhizopus,Rhodotorula,Exophiala和Sarocladium中的任意一種或幾種的組合，其中，真菌微生物為真菌中門水平、屬水平以及種水平中的一種或以上。

2.權利要求1所述的標志物的應用，其特征在于，所述真菌微生物的篩選方法為：通過提取組織中的DNA，進行ITS測序和讀數分類學注釋，判斷胃癌患者與健康對照之間的所述真菌微生物的差異度和/或相似性，得到真菌微生物標志物。

3.根據權利要求2所述的應用，其特征在于，所述組織包括胃癌組織、癌旁組織和健康胃組織。

4.根據權利要求2所述的應用，其特征在于，所述ITS測序的過程為：

(1)提取組織中的DNA；

(2)使用ITS引物進行建庫和PCR擴增；

(3)使用NanoDrop 2000紫外分光光度計和1％的瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產物的濃度和純度；

(4)利用Illumina MiSeqPE 300測序儀進行測序。

5.根據權利要求4所述的應用，其特征在于，步驟(2)中的ITS引物為：

上游引物ITS3F：GCATCGATGAAGAACGCAGC，

下游引物ITS4R：TCCTCCGCTTATTGATATGC。

6.根據權利要4所述的應用，其特征在于，所述的讀數分類學注釋過程為：

(1)刪除錯配、缺失和重復的序列，只允許2個核苷酸錯配；

(2)使用UPARSE.7將相似性97％以上的分類單元(OTU)聚集為相同OTU；

(3)使用QIIME計算α多樣性，包括chao1、物種和PD_whole_tree；

(4)使用LefSe方法對GC和HC組差異表達的真菌進行分析。

7.根據權利要求6所述的應用，其特征在于，使用受試者工作曲線ROC分析真菌標志物，分析工具為Excel和Graphpad 8.0。

8.一種用于胃癌診斷的試劑盒，其特征在于，包含能夠檢測出權利要求1所述的標志物所屬真菌的試劑。