[發明專利]一種凡納濱對蝦抗副溶血弧菌感染性狀相關SNP標記及其應用

在審

• 申請號: 202210293025.X
• 申請日: 2022-03-23
• 公開（公告）號: CN114540509A
• 公開（公告）日: 2022-05-27
• 發明（設計）人: 胡超群;張鑫;陳廷;任春華;羅鵬;王艷紅;江曉
• 申請（專利權）人: 中國科學院南海海洋研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 廣州科粵專利商標代理有限公司 44001
• 代理人: 朱聰聰;劉明星

本發明公開了一種凡納濱對蝦抗副溶血弧菌感染性狀相關SNP標記及其應用，屬于水產養殖生物技術領域。本發明提供了一種與凡納濱對蝦抗副溶血弧菌感染性狀相關的SNP分子標記，其特征在于，其位于凡納濱對蝦C型凝集素基因序列編碼區(SEQIDNO.2)的416bp位點處，突變類型為T/T純合型、T/A雜合型和A/A純合型；當變異位點為A/A時，凡納濱對蝦對副溶血弧菌的抗性能力更強。同時提供SNP位點擴增引物，建立凡納濱對蝦抗弧菌性狀優良品種分子標記輔助選育體系，能夠加快選育抗菌性狀優良品種的選育進程。

技術領域

本發明屬于水產養殖生物技術領域，具體涉及一種凡納濱對蝦抗副溶血弧菌感染性狀相關SNP標記及其應用。

背景技術

凡納濱對蝦(Litopenaeus vannamei)俗稱南美白對蝦，是世界第一養殖對蝦品種。在我國，2020年我國凡納濱對蝦養殖產量186萬多噸，占全國對蝦年產量的86％，蝦苗生產量 15000多億尾，市場對良種的需求巨大。除北京、吉林、西藏以及青海等地區沒有養殖以外，其他省市均有養殖。從種質層面入手，深入發掘和利用凡納濱對蝦的抗菌種質，對于凡納濱對蝦養殖業的健康發展具有重要意義。

近年來，凡納濱對蝦病害的暴發較為頻繁，其中弧菌病是對蝦養殖過程中最為常見、危害最大的病害。由副溶血弧菌感染引起的“急性肝胰腺壞死綜合癥(AHPND)”對凡納濱對蝦的養殖造成巨大的損失。AHPND致病質粒具備垂直傳播和水平傳播的能力，使得凡納濱對蝦AHPND高流行和高暴發。凡納濱對蝦 AHPND從感染到病害暴發迅速，1～3天內病死率達到100％，給養殖生產造成了極大的損失。

C-型凝集素在無脊椎動物先天免疫系統中能夠識別入侵病原微生物，激起免疫應答。凝集素可以對病原微生物進行結合、凝集并抑制其生長；同時凝集素也可以與吞噬細胞上的受體結合，增強其吞噬作用。有研究表明，C-型凝集素在凡納濱對蝦中是重要的免疫相關功能基因。

發明內容

為解決上述問題，本發明提供一種與凡納濱對蝦抗副溶血弧菌感染性狀相關的SNP標記、擴增引物及其應用，用于凡納濱對蝦抗菌性狀優良品種的輔助選育，從而加快凡納濱對蝦抗菌性狀優良品種的選育進程。

本發明以副溶血弧菌抗性和易感對蝦的基因組為模板，通過PCR擴增和測序來檢測凡納濱對蝦C型凝集素基因上的SNP位點的基因型。通過關聯分析確定與凡納濱對蝦抗弧菌性狀相關的SNP標記，并提供SNP位點擴增引物，建立凡納濱對蝦抗弧菌性狀優良品種分子標記輔助選育體系。

本發明第一個目的是提供一種與凡納濱對蝦抗副溶血弧菌感染性狀相關的SNP分子標記，其位于凡納濱對蝦C型凝集素基因序列編碼區的416bp位點處，該堿基為T或A，突變類型為T/T純合型、T/A雜合型和A/A純合型，所述凡納濱對蝦C型凝集素基因序列編碼區的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

本發明第二個目的是提供一種凡納濱對蝦抗副溶血弧菌性狀相關的SNP標記的檢測引物，包括以下引物：

LvCTL-SNP-F：5’-GTGAGGTCTTGCGCAAATATC-3’，

LvCTL-SNP-R：5’-CCTCGTGTATCTGAATAAGGGC-3’。

本發明第三個目的是提供一種含有上述檢測引物的試劑盒。

本發明第四個目的是提供上述的SNP分子標記、檢測引物或試劑盒在鑒定或選育抗副溶血弧菌凡納濱對蝦中的應用。

優選地，所述的選育抗副溶血弧菌凡納濱對蝦，包括以下步驟：

a.從凡納濱對蝦親蝦游泳足提取基因組DNA；

b.利用LvCTL-SNP-F和LvCTL-SNP-R引物對分別PCR擴增凡納濱對蝦個體的DNA；