[發明專利]基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法、探針組、試劑盒和系統

在審

• 申請號: 202210108512.4
• 申請日: 2022-01-28
• 公開（公告）號: CN114400045A
• 公開（公告）日: 2022-04-26
• 發明（設計）人: 劉星宇;王偉偉;張利利;田埂
• 申請（專利權）人: 元碼基因科技（北京）股份有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 北京北匯律師事務所 11711
• 代理人: 李英杰

本發明公開一種基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法、探針組、試劑盒和系統，該方法包括：取選定人群的全基因組的序列數據，拼接組成對應于各染色體的多個連續序列；以固定長度為單位將多個連續序列分別平均劃分為若干大小相同的區間，得到對應區間的候選SNP位點組成候選位點集；改變固定長度，進一步得到多個候選位點集；進行各候選位點集的性能模擬驗證，計算對應各候選位點集的HRD得分；和選取作為檢測同源重組修復缺陷的最優位點集。本發明的方法省去了驗證步驟中不同panel探針的合成成本，同時具有更好的準確性以及分辨率，從而顯著降低同源重組修復缺陷檢測成本。

技術領域

本發明涉及分子檢測領域，具體地涉及基于二代測序技術對同源重組修復缺陷SNP位點進行篩選及驗證的方法，以及對基因組不穩定性進行打分的方法。

背景技術

DNA在人體內不斷被破壞和自我修復，DNA損傷有多種修復途徑。DNA雙鏈斷裂(double strand break，DSB)的首選修復方式為同源重組修復(homologousrecombination repair，HRR)。同源重組修復缺陷(homologous recombinationdeficiency，HRD)是指細胞水平上的HRR功能障礙狀態。HRD已成為晚期卵巢癌患者臨床應用聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP)抑制劑的新型生物標志物，對乳腺癌、前列腺癌等腫瘤的PARP抑制劑和鉑類藥物的臨床用藥具有指導價值。

HRD由HRR基因胚系或體細胞突變以及表觀遺傳改變等諸多因素導致，并且可以產生可量化的、特定且穩定的基因組改變。在卵巢癌中若僅檢測HRR基因(含BRCA1/2)，受益人群比例為31％，但若進行基因組HRD評分(含BRCA1/2檢測)，受益人群比例可提高至50％。

目前，基因組HRD評分通常需要大量不相連的SNP位點組成panel，SNP位點數量常在3萬至5萬個點。例如，中國專利申請公布CN112226495A公開了一種DNA同源重組異常的檢測方法，包括：(1)SNP位點篩選；(2)為篩選到的SNP位點設計捕獲探針；(3)基因組DNA提取和文庫構建；(4)文庫靶向富集；(5)高通量測序并分析測序數據，判斷HRD狀態時使用Kolmogorov Smirnov檢驗或者scarHRD。

上述方法不論是SNP位點確定后的panel性能驗證，還是臨床樣本的檢測均需要較高成本。目前PARP抑制劑藥物已應用于乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌及前列腺癌中，如何經濟、準確地篩選出能夠使用PARP抑制劑藥物的HRD陽性患者是需要解決的重要問題。

背景技術中的信息僅僅在于說明本發明的總體背景，不應視為承認或以任何形式暗示這些信息構成本領域一般技術人員所公知的現有技術。

發明內容

為解決現有技術中的技術問題，本發明提供一種基于二代測序技術對同源重組修復缺陷SNP位點進行篩選及驗證的方法，以及對基因組不穩定性進行打分的方法。具體地，本發明包括以下內容。

本發明的第一方面，提供一種基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法，其包括以下步驟：

(1)取選定人群的全基因組的序列數據，將所述序列數據拼接為對應于不同染色體的多個連續序列；

(2)以固定長度為單位將所述多個連續序列分別平均劃分為若干大小相同的區間，在各區間內選取標準參考位置，取距離所述標準參考位置最近的SNP位點作為對應區間的候選SNP位點，由所述多個候選SNP位點組成候選位點集；

(3)改變作為單位的固定長度，重復步驟(2)得到多個候選位點集，所述多個候選位點集中SNP位點的個數因固定長度不同而不同；

(4)利用正常人群樣本和患者樣本的原始數據進行各候選位點集的性能模擬驗證，計算對應各候選位點集的HRD得分；和

(5)選取性能最優且SNP位點數最少的候選位點集作為檢測同源重組修復缺陷的最優位點集。