[發明專利]基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法、探針組、試劑盒和系統

在審

• 申請號: 202210108512.4
• 申請日: 2022-01-28
• 公開（公告）號: CN114400045A
• 公開（公告）日: 2022-04-26
• 發明（設計）人: 劉星宇;王偉偉;張利利;田埂
• 申請（專利權）人: 元碼基因科技（北京）股份有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 北京北匯律師事務所 11711
• 代理人: 李英杰

1.一種基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法，其特征在于，包括以下步驟：

(1)取選定人群的全基因組的序列數據，將所述序列數據拼接為對應于不同染色體的多個連續序列；

(2)以固定長度為單位將所述多個連續序列分別劃分為若干大小相同的區間，在各區間內選取標準參考位置，取距離所述標準參考位置最近的SNP位點作為對應區間的候選SNP位點，由所述多個候選SNP位點組成候選位點集；

(3)改變作為單位的固定長度，重復步驟(2)得到多個候選位點集，所述多個候選位點集中SNP位點的個數因固定長度不同而不同；

(4)利用正常人群樣本和患者樣本的原始數據進行各候選位點集的性能模擬驗證，計算對應各候選位點集的HRD得分；

(5)選取性能最優且SNP位點數最少的候選位點集作為檢測同源重組修復缺陷的最優位點集。

2.根據權利要求1所述的基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法，其特征在于，所述染色體不包括Y染色體。

3.根據權利要求1所述的基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法，其特征在于，所述HRD得分包括基因組雜合性缺失、端粒等位基因不平衡和大片段遷移評分之和。

4.根據權利要求3所述的基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法，其特征在于，所述基因組雜合性缺失為不跨越整個染色體的、超過15Mb的雜合性缺失區域；所述端粒等位基因不平衡為同源染色體上的兩個等位基因拷貝數不同并延伸至端粒，但未跨越端粒；所述大片段遷移為相鄰區域之間至少10Mb的染色體斷裂，且兩者的距離不超過3Mb。

5.根據權利要求1所述的基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法，其特征在于，根據與WGS結果的一致性確定各候選位點集的性能。

6.根據權利要求1所述的基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的方法，其特征在于，進一步包括利用探針組捕獲樣本中目標序列的步驟，其中所述目標序列包含最優位點集內的至少一個SNP位點，所述探針組的探針設計為在嚴格雜交條件下能夠與含有最優位點集內的至少一個SNP的目標序列互補結合。

7.一種基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的探針組，其特征在于，所述探針組在嚴格雜交條件下能夠與目標序列結合，所述目標序列包含根據權利要求1所述方法得到的最優位點集中的至少一個SNP位點。

8.一種基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的試劑盒，其特征在于，其包含根據權利要求7所述的探針組。

9.根據權利要求8所述的基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的試劑盒，其特征在于，其進一步包含用于擴增目標序列的引物，所述目標序列包含根據權利要求1所述方法得到的最優位點集中的至少一個SNP位點。

10.一種基于二代測序檢測同源重組修復缺陷的系統，其特征在于，包括：

(a)數據獲取模塊，其用于獲取選定人群的全基因組的序列數據；

(b)數據處理模塊，其用于將所述序列數據拼接為對應不同染色體的多個連續序列，然后以固定長度為單位將所述多個連續序列分別劃分為若干大小相同的區間，在各區間內選取標準參考位置，取距離所述標準參考位置最近的SNP位點作為對應區間的候選SNP位點，由所述多個候選SNP位點構建組成候選位點集；改變作為單位的固定長度，重復構建候選位點集的步驟，得到多個候選位點集，所述多個候選位點集中SNP位點的個數因固定長度不同而不同；

(c)模擬驗證模塊，其用于利用正常人群樣本和患者樣本的原始數據進行各候選位點集的性能模擬驗證，計算對應各候選位點集的HRD得分，并將HRD得分與WGS結果一致性最優的候選位點集作為最優位點集；和

(d)檢測模塊，其用于以最優位點集檢測待測樣本的同源重組修復缺陷。