[發明專利]一種通過簡并測序對目標樣品定性分析或定量分析的方法

在審

• 申請號: 202210104038.8
• 申請日: 2022-01-28
• 公開（公告）號: CN114561453A
• 公開（公告）日: 2022-05-31
• 發明（設計）人: 周文雄;喬朔;陳子天;康力
• 申請（專利權）人: 賽納生物科技(北京)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 北京嘉途睿知識產權代理事務所(普通合伙) 11793
• 代理人: 李鵬

本發明提供一種通過簡并測序對目標樣品定性分析或定量分析的方法，包括從目標樣品中獲得待測序核酸分子；對待測序核酸分子構建的文庫進行簡并測序，得到初始序列；再對初始序列和相應的參考序列用相同的編碼方式分別進行編碼，得到對應的編碼后序列；將編碼后序列進行比對得到比對結果；對比對結果利用生物信息學分析，得到目標樣品的定性結果或定量結果。所述方法可以只進行單輪簡并測序，所得的序列信息足夠用于比對，無需進行兩輪或更多輪簡并測序，節省了大量時間。

技術領域

本發明涉及一種通過簡并測序對目標樣品定性分析或定量分析的方法，屬于基因測序技術領域。

背景技術

目前，高通量測序技術廣泛應用于對核酸分子的定性和/或定量分析，例如RNA-seq、ChIP-seq、CLIP-seq、ATAC-seq等，通過對測序結果的分析得到目標核酸分子的有無或數量等信息。但是現有的方法必須先通過測序獲得完整的堿基序列，再經過序列比對，以及生物信息學分析，最終得到目標核酸的信息。本發明提供一種方法，不需要先得到待測核酸的完整堿基序列信息，即可實現對目標樣品的定性分析和/或定量分析。

發明內容

本發明公開一種通過簡并測序對目標樣品定性分析或定量分析的方法，其特征在于，包括：

從目標樣品中獲得待測序核酸分子；對所述核酸分子構建的文庫進行簡并測序，得到初始序列；對所述初始序列和相應的參考序列用相同的編碼方式分別進行編碼，得到對應的編碼后序列；將所述編碼后序列進行比對得到比對結果；對所述比對結果利用生物信息學分析，得到目標樣品的定性結果或定量結果；所述簡并測序指的是3’端不封閉的測序反應；簡并測序中，包括兩種不同的測序試劑：第一測序試劑和第二測序試劑；兩種測序試劑循環加入；其中所述第一測序試劑包含具有可檢測標記的至少兩種不同的核苷酸單體；所述第二測序試劑包含具有可檢測標記的一種或多種核苷酸單體，且所述一種或多種核苷酸單體中的至少一種不同于所述第一測序試劑中存在的所述核苷酸單體，并且其中所述第二測序試劑是在提供了所述第一測序試劑隨后提供的，將所述核苷酸單體摻入所述多核苷酸之后檢測所述可檢測標記生成的信號。

根據優選的實施方式，所述獲得待測序核酸分子包括，RNA提取獲得待測RNA分子、染色質免疫共沉淀技術獲得待測DNA分子、染色質轉座酶可接近性實驗獲得待測DNA、RNA免疫共沉淀獲得待測RNA分子、染色體構象捕獲技術獲得的DNA分子、微生物核酸成分的樣品中提取的核酸分子、人外周血和/或胚胎培養液中提取獲得的游離DNA分子、DNA編碼化合物庫篩選后提取的DNA、核酸適配體體外篩選實驗獲得待測核酸分子等。

根據優選的實施方式，所述待測序核酸分子是DNA分子或RNA分子。

根據優選的實施方式，當待測序核酸分子為RNA分子時，在構建文庫前將RNA逆轉錄為DNA。

根據優選的實施方式，在測序之前對待測序核酸分子構建的文庫進行擴增，所述擴增是PCR或恒溫擴增的一種。

根據優選的實施方式，所述簡并測序是2+2測序，指的是簡并測序中，包括兩種不同的測序試劑：第一測序試劑和第二測序試劑；兩種測序試劑循環加入；其中所述第一測序試劑包含具有可檢測標記的兩種不同的核苷酸單體；所述第二測序試劑包含具有可檢測標記的兩種核苷酸單體，且所述兩種核苷酸單體不同于所述第一測序試劑中存在的所述核苷酸單體，并且其中所述第二測序試劑是在提供了所述第一測序試劑隨后提供的，將所述核苷酸單體摻入所述多核苷酸之后檢測所述可檢測標記生成的信號。

根據優選的實施方式，所述簡并測序是1+3測序，指的是簡并測序中，包括兩種不同的測序試劑：第一測序試劑和第二測序試劑；兩種測序試劑循環加入；其中所述第一測序試劑包含具有可檢測標記的三種不同的核苷酸單體；所述第二測序試劑包含具有可檢測標記的一種核苷酸單體，且所述一種核苷酸單體不同于所述第一測序試劑中存在的所述核苷酸單體，并且其中所述第二測序試劑是在提供了所述第一測序試劑隨后提供的，將所述核苷酸單體摻入所述多核苷酸之后檢測所述可檢測標記生成的信號。