[發(fā)明專利]一種通過簡并測序對目標樣品定性分析或定量分析的方法

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• 申請日: 2022-01-28
• 公開（公告）號: CN114561453A
• 公開（公告）日: 2022-05-31
• 發(fā)明（設計）人: 周文雄;喬朔;陳子天;康力
• 申請（專利權）人: 賽納生物科技(北京)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 北京嘉途睿知識產權代理事務所(普通合伙) 11793
• 代理人: 李鵬

1.一種通過簡并測序對目標樣品定性分析或定量分析的方法，其特征在于，包括：

從目標樣品中獲得待測序核酸分子；對所述核酸分子構建的文庫進行簡并測序，得到初始序列；對所述初始序列和相應的參考序列用相同的編碼方式分別進行編碼，得到對應的編碼后序列；將所述編碼后序列進行比對得到比對結果；對所述比對結果利用生物信息學分析，得到目標樣品的定性結果或定量結果；所述簡并測序指的是3’端不封閉的測序反應；簡并測序中，包括兩種不同的測序試劑：第一測序試劑和第二測序試劑；兩種測序試劑循環(huán)加入；其中所述第一測序試劑包含具有可檢測標記的至少兩種不同的核苷酸單體；所述第二測序試劑包含具有可檢測標記的一種或多種核苷酸單體，且所述一種或多種核苷酸單體中的至少一種不同于所述第一測序試劑中存在的所述核苷酸單體，并且其中所述第二測序試劑是在提供了所述第一測序試劑隨后提供的，將所述核苷酸單體摻入所述多核苷酸之后檢測所述可檢測標記生成的信號。

2.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述獲得待測序核酸分子包括，RNA提取獲得待測RNA分子、染色質免疫共沉淀技術獲得待測DNA分子、染色質轉座酶可接近性實驗獲得待測DNA分子、RNA免疫共沉淀獲得待測RNA分子、染色體構象捕獲技術獲得的DNA分子、微生物核酸成分的樣品中提取的核酸分子、人外周血和/或胚胎培養(yǎng)液中提取獲得的游離DNA分子、DNA編碼化合物庫篩選后提取的DNA分子、核酸適配體體外篩選實驗獲得待測核酸分子等。

3.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，在測序之前對所述核酸分子構建的文庫進行擴增，所述擴增是PCR或恒溫擴增的一種。

4.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述簡并測序是2+2測序，指的是簡并測序中，包括兩種不同的測序試劑：第一測序試劑和第二測序試劑；兩種測序試劑循環(huán)加入；其中所述第一測序試劑包含具有可檢測標記的兩種不同的核苷酸單體；所述第二測序試劑包含具有可檢測標記的兩種核苷酸單體，且所述兩種核苷酸單體不同于所述第一測序試劑中存在的所述核苷酸單體，并且其中所述第二測序試劑是在提供了所述第一測序試劑隨后提供的，將所述核苷酸單體摻入所述多核苷酸之后檢測所述可檢測標記生成的信號。

5.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述簡并測序是1+3測序，指的是簡并測序中，包括兩種不同的測序試劑：第一測序試劑和第二測序試劑；兩種測序試劑循環(huán)加入；其中所述第一測序試劑包含具有可檢測標記的三種不同的核苷酸單體；所述第二測序試劑包含具有可檢測標記的一種核苷酸單體，且所述一種核苷酸單體不同于所述第一測序試劑中存在的所述核苷酸單體，并且其中所述第二測序試劑是在提供了所述第一測序試劑隨后提供的，將所述核苷酸單體摻入所述多核苷酸之后檢測所述可檢測標記生成的信號。

6.根據(jù)權利要求4或5所述的方法，其特征在于，所述兩種測序試劑中的核苷酸單體5’多磷酸末端或中間磷酸修飾有熒光切換性質的熒光團；所述的熒光切換性質指的是測序后熒光信號相比測序反應前有明顯改變。

7.根據(jù)權利要求4或5所述的方法，其特征在于，所述的初始序列可以是使用M、K、R、Y、W、S、B、D、H、V字母表示的簡并堿基序列。

8.根據(jù)權利要求4或5所述的方法，其特征在于，所述的初始序列可以是使用M、K、R、Y、W、S、B、D、H、V字母表示的簡并堿基序列和完整堿基序列的結合，所述的完整堿基序列指的是以A、G、T、C為編碼的核酸序列信息，或者以A、G、U、C為編碼的核酸序列信息；其中，堿基可以是甲基化的堿基。

9.根據(jù)權利要求7或8所述的方法，其特征在于，所述編碼指的是將測序獲得的初始序列，改寫成其可能的堿基序列信息中的一種。

10.根據(jù)權利要求1所述的方法，其特征在于，所述參考序列是基因組或轉錄組或基因組的一個子集或轉錄組的一個子集。