[發明專利]一種芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法

在審

• 申請號: 202210104006.8
• 申請日: 2022-01-28
• 公開（公告）號: CN114350774A
• 公開（公告）日: 2022-04-15
• 發明（設計）人: 康力;孫文婷;趙玉蘭
• 申請（專利權）人: 賽納生物科技(北京)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 北京嘉途睿知識產權代理事務所(普通合伙) 11793
• 代理人: 李鵬

1.一種芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：

(1)將與固載在芯片上的引物互補的模板雜交到芯片上；所述引物上含有可被剪切的位點；所述模板在引物的3’端延伸出n nt，以供引物延伸，所述n為大于等于2的整數；

(2)芯片表面進行熒光發生測序，使每條引物上只延伸一個堿基，得到平均熒光增值int1；

(3)用剪切液處理芯片，解旋；

(4)上述剪切反應處理后的芯片，再次與所述模板雜交，進行熒光發生測序，加入的底物中含有A、C、G、T四種堿基，得到平均熒光增值int2；

(5)剪切效率由以下公式計算得到：

2.根據權利要求1所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述可被剪切的位點為特殊修飾的堿基。

3.根據權利要求2所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述特殊修飾的堿基選自dU堿基，8-氧代脫氧鳥苷，四氫呋喃修飾的堿基。

4.根據權利要求3所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：若特殊修飾的堿基是dU堿基，則選擇USER酶混合液為剪切液；若特殊修飾的堿基是8-氧代脫氧鳥苷，則選擇含有Fpg的酶溶液為剪切液；若特殊修飾的堿基是四氫呋喃修飾的堿基，則選擇含有Endonuclease Ⅳ(Nfo)的酶溶液為剪切液。

5.根據權利要求4所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述USER酶混合液剪切液的組分為：

USER酶4μL，CutSmart緩沖液40μL，水356μL，總體積400μL；

或：USER酶2.8μL，CutSmart緩沖液40μL，水357.2μL，總體積400μL；

或：USER酶20μL，CutSmart緩沖液40μL，甘油160μL，水180μL，總體積400μL。

6.根據權利要求1所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述引物的長度為20～45nt。

7.根據權利要求1所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述n為大于等于2的整數，優選10～20。

8.根據權利要求1所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述使每條引物只延伸一個堿基的具體方式為：測序反應時，加入的底物中僅含一種堿基，且該堿基為引物所延伸的第一個堿基。

9.根據權利要求1所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述芯片表面固載有微球，微球上連接有引物。

10.根據權利要求9所述的芯片表面固相引物剪切效率的檢測方法，其特征在于：所述微球表面預先連接有兩種擴增引物，至少一種擴增引物上含有可被剪切的位點。