[發明專利]用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的探針組、系統、檢測方法及其應用

在審

• 申請號: 202210062950.1
• 申請日: 2022-01-20
• 公開（公告）號: CN114085912A
• 公開（公告）日: 2022-02-25
• 發明（設計）人: 孫雪;趙穎;王偉偉;楊洲;張吉娜;田埂
• 申請（專利權）人: 元碼基因科技（北京）股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京北匯律師事務所 11711
• 代理人: 李英杰

本發明公開用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的探針組、系統、檢測方法及其應用，該方法包括：選擇至少一個微衛星位點作為靶標；設計針對靶標的探針組，該探針組包括針對至少一個微衛星位點的側翼探針，側翼探針覆蓋至少一個微衛星位點序列的側翼序列；利用探針組捕獲目標序列。本發明的側翼探針與常規野生型探針相比不僅能夠有效避開GC異常的區域，而且能夠有效彌補丟失的有效測序讀段，進而顯著提高微衛星位點的覆蓋度。此外，本發明獨特的探針設計能夠大大提高靶點的捕獲效率，提高探針的特異性和GC均一性。因此，本發明的探針組、系統、檢測方法在癌癥相關微衛星檢測中具有較高的檢測價值以及臨床價值和廣闊的應用前景。

技術領域

本發明涉及基因檢測領域，具體地涉及用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的探針組、系統、檢測方法及其應用。

背景技術

微衛星不穩定性(Microsatellite Instability, MSI)，是指由于在DNA復制時插入或缺失突變引起的微衛星(Microsatellite, MS)序列長度改變的現象。MSI在結直腸癌，在子宮內膜癌、胃癌、肝細胞癌、乳腺癌等實體瘤中均有發生。

臨床研究證實，MSI與結直腸癌的預后有著密切的關系。MSI-H結直腸癌患者相比MSS患者具有顯著的生存優勢，臨床表現較差，但預后更好。研究證實，針對Ⅱ/Ⅲ期結直腸癌患者，MSI-H患者的總生存期及無病生存期明顯延長。美國國家綜合癌癥網絡(NationalComprehensive Cancer Network, NCCN)發布的結直腸癌指南，建議MSI檢測應在所有結直腸癌史的病人中進行。

目前檢測癌細胞中的MSI時，既可以通過檢測MMR基因缺失來確定是否發生MSI，如依賴于免疫組化技術的蛋白水平檢測，也可以直接檢測MSI的序列變化。具體包括：

(一) 免疫組化方法(Immunohistochemistry, IHC)

常見的方法為采用免疫組織化學方法檢測腫瘤組織中錯配修復基因MLH1、MSH2、MSH6及PMS2的表達。此方法檢測MSI相對較簡單，成本較低。但存在一些問題，如使用抗體的不一致、病理醫生的閱片標準不一致等。

(二) 分子水平的檢測

1. 聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction, PCR)技術

目前主要采用多重熒光PCR結合毛細管電泳的方法。通過PCR方法檢測特異的微衛星重復序列擴增判定MSI狀態，比較腫瘤患者的標本組織與正常組織的位點突變情況。大量的實驗證實，MMR免疫組化檢測結果與MS的PCR檢測結果有高度關聯性，靈敏度92%，特異性可達100%。

該方法目前是檢測MSI的方法學“金標準”，但操作過程復雜，花費較高，且在結果判斷中會碰到以下問題，如熒光的過強或過少、非特異性峰、不顯著的峰大小改變，雜合性缺失等。

2. 新一代測序方法(Next Generation Sequencing, NGS)

NGS又稱為第二代測序技術，是一種高通量測序技術，能一次性對幾十萬到幾百萬條基因分子進行序列測定。目前NGS方法已經成為檢測MSI的新工具，其最大優勢是可以實現多位點高通量檢測。實驗證明，NGS方法較MSI-PCR方法具有更高的敏感性。

目前仍亟需一種基于第二代測序技術實現微衛星不穩定位點的方便、高效、準確檢測的探針組、檢測方法及系統。

背景技術中的信息僅僅在于說明本發明的總體背景，不應視為承認或以任何形式暗示這些信息構成本領域一般技術人員所公知的現有技術。

發明內容