[發明專利]用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的探針組、系統、檢測方法及其應用

在審

• 申請號: 202210062950.1
• 申請日: 2022-01-20
• 公開（公告）號: CN114085912A
• 公開（公告）日: 2022-02-25
• 發明（設計）人: 孫雪;趙穎;王偉偉;楊洲;張吉娜;田埂
• 申請（專利權）人: 元碼基因科技（北京）股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京北匯律師事務所 11711
• 代理人: 李英杰

1.一種用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的方法，其特征在于，其包括以下步驟：

(1) 選擇至少一個微衛星位點作為靶標；

(2) 設計針對靶標的探針組，其中，所述探針組包括針對至少一個微衛星位點的側翼探針，所述側翼探針覆蓋所述至少一個微衛星位點序列的側翼序列；

(3) 利用所述探針組捕獲目標序列。

2.根據權利要求1所述的用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的方法，其特征在于，所述側翼序列包括微衛星位點序列的5’端序列，且與所述微衛星位點序列的距離為0-20 bp；和/或所述側翼序列包括微衛星位點序列的3’端序列，且與所述微衛星位點序列的距離為0-20 bp。

3.根據權利要求1所述的用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的方法，其特征在于，所述探針組進一步包括野生型探針，所述野生型探針覆蓋對應微衛星位點的序列且與之完全匹配。

4.根據權利要求3所述的用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的方法，其特征在于，針對各微衛星位點的探針由一條野生型探針和兩條側翼探針組成，且兩條側翼探針分別覆蓋對應微衛星位點的5’端和3’端之一。

5.根據權利要求1所述的用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的方法，其特征在于，進一步包括優化探針，其為當候選側翼探針的特異性差時在所述候選側翼探針的基礎上向所述微衛星位點移動從而使探針覆蓋微衛星位點中小于10個堿基而形成的探針。

6.用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的系統，其特征在于，其包括：

獲取測序數據單元，所述測序數據含有與權利要求1中所述的微衛星位點對應的測序讀段；

數據處理單元，所述數據處理單元通過數據處理得到用于微衛星不穩定性多態性分析的有效數據；

微衛星不穩定性多態性分析單元，基于所述有效數據，確定重復單元的改變，并輸出微衛星不穩定性狀態。

7.一種用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的探針組，其特征在于，所述探針組包括針對至少一個微衛星位點的側翼探針，所述側翼探針覆蓋所述至少一個微衛星位點序列的側翼序列。

8.根據權利要求7所述的用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的探針組，其特征在于，所述至少一個微衛星位點選自由表2所示的微衛星位點所組成的組。

9.一種用于二代測序微衛星不穩定位點檢測的試劑盒，其特征在于，包括根據權利要求7或8任一項所述的探針組和說明書，其中，所述說明書包括如何使用所述探針組進行微衛星不穩定位點的檢測以及微衛星不穩定的判斷標準。

10.根據權利要求7或8任一項所述的探針組或根據權利要求9所述的試劑盒在癌癥相關的微衛星不穩定位點檢測中的用途，其特征在于，所述癌癥包括胃癌、結直腸癌、食管癌、子宮內膜癌、肝細胞癌、乳腺癌和卵巢癌。