[發(fā)明專利]一種與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記及其應用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202210028226.7
• 申請日: 2022-01-11
• 公開（公告）號: CN114438221A
• 公開（公告）日: 2022-05-06
• 發(fā)明（設計）人: 張志偉;林志杰;張志勇;衛(wèi)明亮;祝斐;賈超峰;孟乾;徐大鳳;陳淑吟;張曹進
• 申請（專利權）人: 江蘇省海洋水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 南京業(yè)騰知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 32321
• 代理人: 周姍姍

本發(fā)明公開了一種與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記，所述SNP分子標記的序列如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.3所示。所述SEQ ID NO.1自5’端起第276位堿基為T或C，基因型為TT的個體生長速度顯著高于CC和TC個體；所述SEQ ID NO.2自5’端起第364位堿基為A或C，基因型為AA的個體生長速度顯著高于CC和AC個體；所述SEQ ID NO.3自5’端起第6070位堿基為A或T，基因型為TT的個體生長速度顯著高于AA和AT個體。本發(fā)明所發(fā)現(xiàn)的3個SNP分子標記可快速獲得生長速度快且遺傳穩(wěn)定的黑鯛個體，可應用于選育出具有快速生長的黑鯛品種。

技術領域

本發(fā)明屬于分子生物學技術領域，具體涉及一種與黑鯛生長性狀相關的SNP 分子標記及其應用。

背景技術

黑鯛(Acanthopagrus schlegelii)又稱黑加吉、黑立、海鮒等，屬鱸形目(Perciformes)、鯛科(Sparidae)、棘鯛屬(Acanthopagrus)，是一種廣溫、廣鹽性戀礁魚類。主要生活在西太平洋沿岸地區(qū)，在我國南北海區(qū)均有分布，具有抗逆性強，生長速度快等優(yōu)點，是我國重要的海水養(yǎng)殖品種之一。目前我國養(yǎng)殖的黑鯛是由野生種家養(yǎng)馴化而成的，缺少定向選育，未形成具有優(yōu)良生長速率的黑鯛品系。由于目前黑鯛養(yǎng)殖病害相對較少，市場價格穩(wěn)定，利潤空間較大，隨著需求量日益增加，養(yǎng)殖規(guī)模增長速度較快。生長速率關系到黑鯛產量的高低和養(yǎng)殖效益的大小，養(yǎng)殖黑鯛生長速度慢、產量低直接影響黑鯛養(yǎng)殖業(yè)的健康發(fā)展。因此，從分子遺傳學角度對黑鯛進行快速生長品系的選育，提高黑鯛生長性能的工作是推進黑鯛養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展不可忽視的部分。

挑選優(yōu)質親魚是提高養(yǎng)殖魚類生長速度的主要方法之一，其目的是為了改變養(yǎng)殖群體的遺傳結構，使后代獲得更快的生長速度、更好的抗病能力的遺傳特點。在生產中，其傳統(tǒng)方法是挑選個體較大、身體健壯的魚作為留種親本，即根據(jù)表型來決定親魚是否留種。這種方法方便、快捷、簡單，但受人為因素影響很大，加上黑鯛屬于肉食性為主的魚類，掠食性強，餌料不足是會互相殘食，致使其生長懸殊較大。因此，僅從表型判斷黑鯛親本質量往往達不到理想的效果。

隨著分子生物學和遺傳學的發(fā)展，已涌現(xiàn)出很多種遺傳標記，如第一代分子標記AFLP和RAPD，第二代分子標記SSR，以及第三代分子標記SNP等。相比于前兩代分子標記技術，SNP具有十分突出的優(yōu)勢，SNP代表了單個堿基的變異，因為容錯率非常低，點突變率通常在10^-9左右，相較于微衛(wèi)星可能帶來更加穩(wěn)定的遺傳性狀分析。SNP因分布廣泛，適宜高通量自動化分析，遺傳穩(wěn)定，隨著高通量測序技術及SNP分型技術的不斷發(fā)展和創(chuàng)新，日益成為遺傳育種研究中首選的遺傳標記。若這些遺傳標記能與生產性狀相關聯(lián)在一起，即可實現(xiàn)從DNA水平上進行選擇育種，克服了傳統(tǒng)方法受人為因素影響大的不利因素，提高了選擇的準確性，并且可實現(xiàn)在早期鑒定出具有優(yōu)良性狀的個體，篩選出優(yōu)良的后備親本，從而縮短育種周期，加快育種進程。

發(fā)明內容

本發(fā)明的目的在于解決上述不足，提供一種與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記。

本發(fā)明所采取的技術方案是：

一種與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記，所述SNP分子標記為位于 adenylatekinase 2基因的SNP分子標記、位于cytochrome P4503A基因的SNP 分子標記或位于complement component 4基因的SNP分子標記中的一種或幾種，所述位于adenylatekinase 2基因的SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1 所示，該序列的第276位堿基為T或C；

所述位于cytochrome P4503A基因的SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，該序列的第364位堿基為A或C；

所述位于complement component 4基因的SNP分子標記的核苷酸序列如 SEQ IDNO.3所示，該序列的第6070位堿基為A或T。