[發明專利]一種與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記及其應用

在審

• 申請號: 202210028226.7
• 申請日: 2022-01-11
• 公開（公告）號: CN114438221A
• 公開（公告）日: 2022-05-06
• 發明（設計）人: 張志偉;林志杰;張志勇;衛明亮;祝斐;賈超峰;孟乾;徐大鳳;陳淑吟;張曹進
• 申請（專利權）人: 江蘇省海洋水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 南京業騰知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 32321
• 代理人: 周姍姍

1.一種與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記，其特征在于，所述SNP分子標記為位于adenylate kinase 2基因的SNP分子標記、位于cytochrome P450 3A基因的SNP分子標記或位于complement component 4基因的SNP分子標記中的一種或幾種，所述位于adenylatekinase 2基因的SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，該序列的第276位堿基為T或C；

所述位于cytochrome P450 3A基因的SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，該序列的第364位堿基為A或C；

所述位于complement component 4基因的SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，該序列的第6070位堿基為A或T。

2.權利要求1所述的與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記在篩選快速生長的黑鯛方面的應用，所述位于adenylate kinase 2基因的SNP分子標記的TT基因型個體生長速度顯著高于CC和TC基因型個體；所述位于cytochrome P450 3A基因的SNP分子標記的AA基因型個體生長速度顯著高于CC和AC基因型個體；所述位于complement component 4基因的SNP分子標記的TT基因型個體生長速度顯著高于AA和AT基因型個體。

3.用于檢測權利要求1所述與黑鯛生長性狀相關的SNP分子標記的引物組，其特征在于，所述引物組包括用于檢測位于adenylate kinase 2基因的SNP分子標記的引物對、用于檢測位于cytochrome P450 3A基因的SNP分子標記的引物對和用于檢測位于complementcomponent 4基因的SNP分子標記的引物對，所述用于檢測位于adenylate kinase 2基因的SNP分子標記的引物對包括正向引物、反向引物和延伸引物，序列如SEQ ID NO.4、SEQ IDNO.5和SEQ ID NO.6所示；所述用于檢測位于cytochrome P450 3A基因的SNP分子標記的引物對包括正向引物、反向引物和延伸引物，序列如SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8和SEQ IDNO.9所示；所述用于檢測位于complement component 4基因的SNP分子標記的引物對包括正向引物、反向引物和延伸引物，序列如SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示。

4.權利要求3所述引物組在篩選快速生長的黑鯛方面的應用。

5.一種用于篩選快速生長的黑鯛的試劑盒，其特征在于，包括用于檢測位于adenylatekinase 2基因的SNP分子標記的引物對、用于檢測位于cytochrome P450 3A基因的SNP分子標記的引物對和用于檢測位于complement component 4基因的SNP分子標記的引物對；所述用于檢測位于adenylate kinase 2基因的SNP分子標記的引物對包括正向引物、反向引物和延伸引物，序列如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示；所述用于檢測位于cytochrome P450 3A基因的SNP分子標記的引物對包括正向引物、反向引物和延伸引物，序列如SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.9所示；所述用于檢測位于complementcomponent 4基因的SNP分子標記的引物對包括正向引物、反向引物和延伸引物，序列如SEQID NO.10、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示。

6.一種篩選快速生長的黑鯛的方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)提取待檢測黑鯛的基因組DNA；

(2)以提取得到的DNA為模板，利用權利要求3所述引物組進行PCR擴增，得到PCR產物；

(3)采用SAP(shrimp alikaiine phosphtase蝦堿性硫酸酶)對PCR擴增產物進行堿性磷酸酶處理；

(4)以處理后的PCR擴增產物為模板，利用權利要求3所述引物組進行延伸反應；

(5)對延伸反應產物進行飛行時間質譜檢測，根據檢測結果確定樣品的SNP分子標記的基因型，位于adenylate kinase 2基因的SNP分子標記的TT基因型個體、位于cytochromeP450 3A基因的SNP分子標記的AA基因型個體或位于complement component 4基因的SNP分子標記的TT基因型個體為快速生長的黑鯛個體。