[發明專利]與牛血小板生成相關的SNP標記位點與應用

在審

• 申請號: 202210026013.0
• 申請日: 2022-01-11
• 公開（公告）號: CN114606325A
• 公開（公告）日: 2022-06-10
• 發明（設計）人: 茍瀟;孔小艷;楊舒黎;朱莉;展亞楠;唐琳;張曉燕;張光榮;李昕鵬
• 申請（專利權）人: 佛山科學技術學院;云南農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京隆達恒晟知識產權代理有限公司 11899
• 代理人: 李寧

本發明涉及與牛血小板生成相關的SNP標記位點及其應用，屬于基因工程領域。該SNP標記位于牛第1號染色體THPO基因第4內含子1316 bp處，G1316T位點（chr1：83431707），堿基變異信息為TG；GG基因型個體血小板數（PLT）極顯著高于GT和TT基因型個體（P0.01），其余指標差異不顯著，表明GG基因型可增加血小板數；GG基因型個體的低氧耐受和高原適應能力顯著高于GT或TT基因型個體。本發明提供的與牛血小板生成和低氧耐受相關的THPO基因上的SNP位點可作為牛低氧耐受和或選育耐高原低氧環境牛的分子標記，同時對牛特色基因的保存和利用也具有重要意義。

技術領域

本發明屬于基因工程領域，具體的說，涉及與牛血小板生成相關的SNP標記位點及其應用。

背景技術

THPO是調節血小板生成的主要細胞因子。該因子控制巨核系祖細胞的增殖和分化，對于產生和維持正常水平的血小板生成是必不可少的。THPO產生的主要來源是肝臟(在肝細胞中)、腎臟(在曲管細胞中)、骨髓(在基質細胞中)和脾臟，在骨骼肌、卵巢和睪丸中也檢測到THPO基因的表達。此外，可能受到局部限制，這種細胞因子也在中樞神經系統(CNS)中產生。THPO基因位于染色體3q2上，編碼一個由353個氨基酸組成的糖蛋白，分子量為30kDa，從結構上看，成熟的THPO呈現兩個結構域(Fosteret al.1994)。人THPO功能區(hTHPO(163))的晶體結構由N端163個氨基酸組成，有一個氨基末端的四股螺旋束結構域(殘基1-152)，它具有受體結合能力、信號活性和支持細胞增殖的作用；此外，還有一個羧基末端結構域(殘基153-335)，它與任何已知的蛋白質沒有同源性，雖然它的缺失不會影響蛋白質的體外活性，但它可以促進分子的分泌，并控制THPO經腸外給藥后的生物利用度，且THPO表達失調與心血管疾病和血液疾病有關。

牦牛和藏黃牛是分布于青藏高原及其毗鄰地區的土著畜種，是牛屬動物中能適應高寒、高海拔氣候的珍稀遺傳資源。與低地黃牛相比，牦牛和藏黃牛能很好的適應青藏高原極度缺氧等惡劣的自然環境，并在生理、生化和形態學上形成了穩定的適應高原低氧的獨特特征和機制，被認為是研究哺乳動物高原適應性的典型動物。近幾年，通過對高原土著居民和高原動物的研究，已發掘了許多低氧適應相關基因，但目前國內對THPO基因在動物低氧適應上的作用未見相關報道。

發明內容

基于現有技術背景，本發明提供了與牛血小板生成相關的SNP標記位點及其及其特異性引物與應用。

為實現上述目的，本發明是通過如下技術方案實現的：

本發明提供了與牛血小板生成相關的SNP標記位點，該SNP標記位點位于牛第1號染色體THPO基因第4內含子1316bp處，G1316T位點(chr1：83431707)，堿基變異信息為TG；該位點GG基因型個體血小板數(PLT)極顯著高于GT或TT基因型個體，GG基因型個體的低氧耐受和高原適應能力顯著高于GT或TT基因型個體。

上述SNP標記位點在檢測牛高原適應能力或選育耐高原低氧環境的牛中的應用。

上述SNP標記位點在制備檢測牛高原低氧環境適應性或選育耐高原低氧環境牛的試劑盒中的應用。

本發明還提供了一種檢測牛低氧環境適應性的方法：以待測牛的全基因組DNA為模板，檢測上述SNP 標記位點；若該位點為GG基因型，則待測牛的低氧耐受和高原適應能力較好，判定為低氧耐受優勢型；若該位點為GT或TT基因型，則待測牛的低氧耐受和高原適應能力較弱，判定為低氧耐受劣勢型。

本發明還提供了一種選育耐高原低氧環境牛的方法，通過檢測上述SNP標記位點，選擇THPO基因 G1316T位點基因型為GG型的個體作為育種親本。