[發明專利]用于基于兩個或更多個基因組突變和/或基因表達相關參數的值來估計腫瘤的異質性的方法以及對應的設備

在審

• 申請號: 202180054537.4
• 申請日: 2021-08-26
• 公開（公告）號: CN116018648A
• 公開（公告）日: 2023-04-25
• 發明（設計）人: M·阿爾維斯德因達;A·范德斯托爾佩;J·W·比克爾
• 申請（專利權）人: 皇家飛利浦有限公司
• 主分類號: G16H20/10
• 分類號: G16H20/10
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司 72002
• 代理人: 李光穎

1.一種用于基于針對樣本中的至少兩個空間區分區域的兩個或更多個基因組突變和/或基因表達相關參數的值來估計腫瘤的異質性的方法，所述樣本是腫瘤的組織樣本或從具有所述腫瘤的對象獲得的液體樣本，所述方法包括以下步驟：

基于針對所述至少兩個空間區分區域的每個測量值的變異性來確定針對所述樣本的所述異質性的樣本異質性評分；

通過將針對所述樣本的所述異質性的所述評分外推到所述腫瘤來估計所述腫瘤的所述異質性，從而提供腫瘤異質性評分，其中，確定所述樣本異質性評分的步驟包括以下步驟：執行主成分分析PCA以將所述兩個或更多個基因組突變和/或基因表達相關參數轉換成主成分，從而減小所述兩個或更多個基因組突變和/或基因表達相關參數之間的相關性，

其中，確定所述樣本異質性評分的步驟包括以下步驟：

計算針對所述主成分中的每個主成分的標準差并基于所計算的標準差來確定針對所述樣本的所述異質性的所述樣本異質性評分；

其中，估計針對所述樣本的所述異質性的所述樣本異質性評分的所述步驟包括以下各項中的任一項：

將針對所述至少兩個空間區分區域的每個測量值的所述變異性中的每個變異性彼此相乘，以及

對針對所述至少兩個空間區分區域的每個測量值的所述變異性中的每個變異性進行求和；并且

其中，所述方法還包括以下步驟：

提供根據來自多個對象的腫瘤的不同區域的樣本構建的堿基變換矩陣M。

2.根據權利要求1所述的方法，其中，所述方法是計算機實施的方法。

3.根據權利要求1所述的方法，其中，所述方法還包括以下步驟：提供從對象獲得的所述樣本并確定所述樣本中的兩個或更多個基因組突變和/或基因表達相關參數的值。

4.根據權利要求所述的方法，其中，執行所述PCA的步驟包括：

基于所述測量值來確定所述兩個或更多個基因組突變和/或基因表達相關參數中的每個基因組突變和/或基因表達相關參數的平均值；

從所述測量值中的每個測量值減去所述每個測量值的對應的基因組突變和/或基因表達相關參數的平均值。

5.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中，所述方法還包括從以下各項中選擇的一個或多個步驟：

至少部分基于所述腫瘤異質性評分來決定針對所述對象的處置策略；

至少部分基于所述腫瘤異質性評分來預測針對所述對象的處置結果；

至少部分基于所述腫瘤異質性評分來預測針對所述對象的生存概率；

預測對治療的抵抗性；

決定在異質性分析之前施用的治療的效果；

決定在異質性分析之前施用的治療的抵抗性。

6.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中，所述基因表達相關參數是從包括以下各項的組中選擇的一個或多個細胞信號轉導途徑中的每個細胞信號轉導途徑的三種或更多種靶基因的基因表達水平：ER、AR、HH、PI3K-FOXO、WNT、TGFβ、NFkB、JAK-STAT1/2、JAK-STAT3、Notch、PR和MAPK-AP1，優選地，其中，所述基因表達相關參數是基于針對所述細胞信號轉導途徑的所述三種或更多種靶基因的表達水平的細胞信號轉導途徑活躍性，更優選地，其中，所述細胞信號轉導途徑活躍性是從包括以下各項的組中選擇的：ER、AR、HH、PI3K-FOXO、WNT、TGFβ、NFkB、JAK-STAT1/2、JAK-STAT3、Notch、PR和MAPK-AP1細胞信號轉導途徑活躍性。

7.根據前述權利要求中的任一項所述的方法，其中，估計所述腫瘤的所述異質性的所述步驟包括：

將針對所述腫瘤異質性評分的上限設置為所述樣本異質性評分。

8.一種包括處理器的裝置，所述處理器被配置為執行根據權利要求1至7中的任一項所述的方法。