[發(fā)明專利]直接RNA測序的多組學分析方法、系統(tǒng)、設備及存儲介質

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202111595287.3
• 申請日: 2021-12-24
• 公開（公告）號: CN114464254A
• 公開（公告）日: 2022-05-10
• 發(fā)明（設計）人: 楊學敏;張德營
• 申請（專利權）人: 廣州表觀生物科技有限公司
• 主分類號: G16B20/30
• 分類號: G16B20/30;G16B30/10;G16B40/00
• 代理公司: 北京超凡宏宇專利代理事務所(特殊普通合伙) 11463
• 代理人: 宋南

1.一種直接RNA測序的多組學分析方法，其特征在于，包括：

獲取直接RNA測序的測序數(shù)據(jù)；

將所述測序數(shù)據(jù)與參考基因組比對，獲得測序比對數(shù)據(jù)；

根據(jù)所述測序比對數(shù)據(jù)進行全長轉錄本鑒定，獲得全長轉錄本序列數(shù)據(jù)；

基于所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)對所述測序數(shù)據(jù)進行轉錄本定量處理，獲得轉錄本定量數(shù)據(jù)；

根據(jù)甲基化修飾預測模型處理所述測序數(shù)據(jù)，獲得甲基化修飾數(shù)據(jù)；

根據(jù)新生mRNA預測模型處理所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)，獲得新生mRNA數(shù)據(jù)；

根據(jù)所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)、所述轉錄本定量數(shù)據(jù)、所述甲基化修飾數(shù)據(jù)和所述新生mRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)性分析，獲得直接RNA測序多維度信息。

2.根據(jù)權利要求1所述的直接RNA測序的多組學分析方法，其特征在于，所述根據(jù)所述測序比對數(shù)據(jù)進行全長轉錄本鑒定，獲得全長轉錄本序列數(shù)據(jù)的步驟，包括：

對所述測序比對數(shù)據(jù)進行矯正，獲得校正后的測序比對數(shù)據(jù)；

對所述校正后的測序比對數(shù)據(jù)進行聚類處理，獲得所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)。

3.根據(jù)權利要求2所述的直接RNA測序的多組學分析方法，其特征在于，所述基于所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)對所述測序數(shù)據(jù)進行轉錄本定量處理，獲得轉錄本定量數(shù)據(jù)的步驟，包括：

將所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)作為定量轉錄本的參考序列，基于所述參考序列將所述測序數(shù)據(jù)進行轉錄本定量，獲得所述轉錄本定量數(shù)據(jù)。

4.根據(jù)權利要求1所述的直接RNA測序的多組學分析方法，其特征在于，所述根據(jù)甲基化修飾預測模型處理所述測序數(shù)據(jù)，獲得甲基化修飾數(shù)據(jù)的步驟，包括：

根據(jù)所述測序數(shù)據(jù)，獲取原始讀長；

對所述原始讀長的電信號進行重新計算，獲取甲基化修飾引起的電信號變化信息；

根據(jù)原始讀長和所述電信號變化信息進行甲基化修飾鑒定，獲得甲基化修飾位點數(shù)據(jù)；

過濾所述甲基化修飾位點數(shù)據(jù)，獲得所述甲基化修飾數(shù)據(jù)。

5.根據(jù)權利要求1所述的直接RNA測序的多組學分析方法，其特征在于，所述根據(jù)新生mRNA預測模型處理所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)，獲得新生mRNA數(shù)據(jù)的步驟，包括：

對加入5EU孵育的RNA直接測序讀長和未加入5EU孵育的RNA直接測序讀長序列進行處理，得到多個特征信息；

建立隨機森林模型；

根據(jù)所述隨機森林模型對所述多個特征信息進行訓練，獲得訓練模型；

將所述測序數(shù)據(jù)輸入所述訓練模型，獲得所述新生mRNA數(shù)據(jù)。

6.根據(jù)權利要求1所述的直接RNA測序的多組學分析方法，其特征在于，所述直接RNA測序多維度信息包括第一關聯(lián)信息、第二關聯(lián)信息和第三關聯(lián)信息，所述根據(jù)所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)、所述轉錄本定量數(shù)據(jù)、所述甲基化修飾數(shù)據(jù)和所述新生mRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)性分析，獲得直接RNA測序多維度信息的步驟，包括：

將所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)與所述轉錄本定量數(shù)據(jù)進行關聯(lián)分析，獲得所述第一關聯(lián)信息；

將所述轉錄本定量數(shù)據(jù)和所述甲基化修飾數(shù)據(jù)進行關聯(lián)性分析，獲得所述第二關聯(lián)信息；

將所述甲基化修飾數(shù)據(jù)和所述新生mRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)分析，獲得所述第三關聯(lián)信息。

7.一種直接RNA測序的多組學分析系統(tǒng)，其特征在于，包括：

獲取模塊，用于獲取直接RNA測序的測序數(shù)據(jù)；

測序比對模塊，用于將所述測序數(shù)據(jù)與參考基因組比對，獲得測序比對數(shù)據(jù)；

全長轉錄本模塊，用于根據(jù)所述測序比對數(shù)據(jù)進行全長轉錄本鑒定，獲得全長轉錄本序列數(shù)據(jù)；

定量模塊，用于基于所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)對所述測序數(shù)據(jù)進行轉錄本定量處理，獲得轉錄本定量數(shù)據(jù)；

甲基化修飾模塊，用于根據(jù)甲基化修飾預測模型處理所述測序數(shù)據(jù)，獲得甲基化修飾數(shù)據(jù)；

新生mRNA模塊，用于根據(jù)新生mRNA預測模型處理所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)，獲得新生mRNA數(shù)據(jù)；

關聯(lián)分析模塊，用于根據(jù)所述全長轉錄本序列數(shù)據(jù)、所述轉錄本定量數(shù)據(jù)、所述甲基化修飾數(shù)據(jù)和所述新生mRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)性分析，獲得直接RNA測序多維度信息。