[發明專利]一種檢測NAB2-STAT6融合基因分型的探針組、試劑盒和檢測方法

在審

• 申請號: 202111512260.3
• 申請日: 2021-12-08
• 公開（公告）號: CN114231629A
• 公開（公告）日: 2022-03-25
• 發明（設計）人: 許明炎;黃探霄;劉明;陳實富;楊博;廖雯婷
• 申請（專利權）人: 深圳市海普洛斯生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6827;C40B40/06;C12N15/11;G16B25/20;G16B30/10
• 代理公司: 北京方圓嘉禾知識產權代理有限公司 11385
• 代理人: 戴嵩瑋

本發明提供了一種檢測NAB2?STAT6融合基因分型的探針組、試劑盒和檢測方法，涉及生物信息學技術領域。本發明所述探針組和包含所述探針組的試劑盒，可基于探針捕獲的二代測序檢測NAB2?STAT6融合并分型。本發明所述探針組只針對NAB2進行疊瓦式設計，不對STAT6設計探針，不僅可以以節約探針，還方便后續能夠更好的區分融合陽性數據。本發明所述檢測方法，從探針設計到檢出并分型，以及計算融合突變豐度，設計了一整套流程和方法，填補了本領域的空白。

技術領域

本發明屬于生物信息學技術領域，具體涉及一種檢測NAB2-STAT6融合基因分型的探針組、試劑盒和檢測方法。

背景技術

孤立性纖維瘤(solitary fibrous tumor，SFT)屬于纖維母細胞/肌纖維母細胞來源腫瘤的中間型(偶爾有轉移)，是一種罕見的軟組織腫瘤。一般認為，孤立性纖維瘤是少見的梭形細胞軟組織腫瘤，可能起源于樹突狀間質細胞。

WHO 2002年軟組織腫瘤分類中，將SFT歸為纖維母細胞/肌纖維母細胞來源腫瘤，屬于部分可轉移的中間型。90％以上的孤立性纖維性腫瘤具有 NAB2-STAT6基因融合(PMID:30431144)。一項研究顯示，所有孤立性纖維腫瘤病例均檢測到NAB2-STAT6融合；最常見的基因型NAB2 exon 4–STAT6 exon 2在18例中出現，與侵襲性較低有關。相反，具有NAB2 exon 6–STAT6 exon 16/18的腫瘤表現出侵襲性表型(PMID:25582503)。準確靈敏的檢出NAB2-STAT6融合并分型對肉瘤患者具有重要的意義。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的在于提供一種檢測NAB2-STAT6融合基因分型的探針組、試劑盒和檢測方法，可準確靈敏的檢出NAB2-STAT6融合并分型。

為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：

本發明提供了一種檢測NAB2-STAT6融合基因分型的探針組，所述探針組包括針對NAB2基因疊瓦式設計得到的探針；

所述NAB2基因的登錄號為ENST00000300131.3。

優選的，所述NAB2基因不包含全部外顯子。

優選的，所述探針組包括基于所述NAB2基因的 57483138bp～57484907bp、57485782～57486230bp、57486365～57486699bp、 57486752～57486845bp、57486979～57487189bp和57487382～57488394bp疊瓦式設計得到的探針。

優選的，針對57483138bp～57484907bp設計的探針核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，針對57485782～57486230bp設計的探針核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，針對57486365～57486699bp設計的探針核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，針對57486752～57486845bp設計的探針核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示，針對57486979～57487189bp設計的探針核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，針對57487382～57488394bp設計的探針核苷酸序列如SEQ IDNO.6所示。

本發明還提供了一種檢測NAB2-STAT6融合基因分型的試劑盒，所述試劑盒包括上述的探針組。

本發明還提供了一種非診斷和治療目的的檢測NAB2-STAT6融合基因分型的方法，包括以下步驟：(1)提取FFPE樣本的DNA，片段化后連接接頭序列，制備DNA文庫，利用上述的探針組對insertDNA進行目標篩選，進行酶鏈聚合反應獲得雜交文庫；

(2)將人基因組中NAB2和STAT6的位置信息制作成輸入sft.csv文件，將所述輸入sft.csv文件與步驟(1)所述雜交文庫經測序生成的fastq文件，共同導入到GeneFuse中進行分析，輸出結果；