[發(fā)明專利]一種黃瓜耐寒基因LTT緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111512071.6
• 申請(qǐng)日: 2021-12-07
• 公開（公告）號(hào): CN114015803B
• 公開（公告）日: 2023-07-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 顧興芳;張圣平;苗晗;李彩霞;董邵云;劉小萍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京高沃律師事務(wù)所 11569
• 代理人: 薛紅凡

本發(fā)明提供了一種黃瓜耐寒基因LTT緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，屬于分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域。一種黃瓜耐寒基因LTT緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，核苷酸序列如SEQ?ID?NO:1所示，所述SEQ?ID?NO:1的第45位堿基存在C/G多態(tài)性。以幼苗耐寒自交系CG104和幼苗低溫敏感自交系CG37為材料開發(fā)SNP標(biāo)記，所述SNP在123份Fsubgt;2/subgt;群體材料中有102份材料的帶型與田間調(diào)查結(jié)果一致，正確率為83.0％，同時(shí)對(duì)68份自然群體材料的基因型數(shù)據(jù)與表型數(shù)據(jù)進(jìn)行驗(yàn)證，獲得較高的鑒定正確率。通過本發(fā)明提供的SNP分子標(biāo)記可以在黃瓜候選材料對(duì)其進(jìn)行耐寒的篩選，具有高效、限制少、準(zhǔn)確的優(yōu)點(diǎn)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種黃瓜耐寒基因LTT緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

黃瓜(Cucumis?sativus?L.)是重要的經(jīng)濟(jì)作物，我國(guó)是世界上黃瓜栽培面積最大的國(guó)家。黃瓜起源于喜馬拉雅山南麓的熱帶雨林地區(qū)，喜溫暖但不耐寒冷，屬典型的冷敏感型植物(安志信等，2006)。黃瓜發(fā)芽的適宜溫度為15℃～35℃(WEHNER，1982；1984)；黃瓜生長(zhǎng)的適宜溫度為25～30℃/18～20℃(白天/夜間)(李會(huì)敏，2016)。但我國(guó)北方地區(qū)冬春季黃瓜栽培中普遍存在長(zhǎng)期偏低溫(＜20℃/8～12℃，白天/夜間)和短期臨界低溫(15℃/4～8℃，白天/夜間)的問題(王永健等，2005)。黃瓜各器官組織均對(duì)低溫敏感(CABRERA?etal.，1992)，低溫脅迫對(duì)黃瓜不同發(fā)育階段都會(huì)產(chǎn)生不同程度的危害，如種子發(fā)芽遲緩、發(fā)芽率降低，苗期葉片邊緣黃化、枯死和內(nèi)卷，開花期受精率下降，結(jié)果期坐果率下降，化瓜、畸形瓜嚴(yán)重，貯藏和運(yùn)輸期果實(shí)易發(fā)生腐爛，品質(zhì)下降等(郝敬虹等，2009；王紅飛等，2016)，低溫脅迫已成為制約黃瓜生產(chǎn)的重要逆境因素，研究黃瓜耐寒性狀有助于推動(dòng)抗逆育種。因此，挖掘黃瓜耐寒基因，培育耐寒品種成為當(dāng)前育種家的主要任務(wù)。

關(guān)于控制黃瓜幼苗耐寒基因定位的相關(guān)研究，前人有少量報(bào)道。李恒松等(2015)以0839(黃瓜耐冷型品系)和B52(低溫敏感型品系)為親本，構(gòu)建六世代群體，通過對(duì)F₂群體集群分離分析(BSA)，將黃瓜幼苗耐冷主效位點(diǎn)定位于遺傳圖譜第6連鎖群上，與分子標(biāo)記SSR07248的遺傳距離為32.6cM。王紅飛(2014)以QT193(幼苗期低溫敏感型)和JD32(幼苗耐寒型)為親本，構(gòu)建F₂遺傳群體，以75對(duì)分子標(biāo)記構(gòu)建連鎖遺傳圖譜，共檢測(cè)到4個(gè)與幼苗耐寒相關(guān)的位點(diǎn)，其中3個(gè)與冷害指數(shù)相關(guān)的位點(diǎn)(qCT-3-1、qCT-3-2、qCT-3-3)位于3號(hào)染色體，1個(gè)與恢復(fù)指數(shù)相關(guān)的位點(diǎn)(qCT-7-1)位于7號(hào)染色體。DONG等(2019)以CG104(耐寒)和CG37(低溫敏感)為親本，構(gòu)建F_2:3家系，利用in?silico?BSA方法檢測(cè)到Csa6G445210(生長(zhǎng)素響應(yīng)因子)和Csa6G445230(乙烯響應(yīng)蛋白)為可能的候選基因。到目前為止，黃瓜幼苗耐寒基因(LTT)連鎖的SNP標(biāo)記尚未見報(bào)道。

發(fā)明內(nèi)容

有鑒于此，本發(fā)明的目的在于提供一種黃瓜幼苗耐寒基因LTT緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，能夠用于黃瓜幼苗耐寒種質(zhì)資源的鑒定與選育中。

本發(fā)明提供了一種黃瓜耐寒基因LTT緊密連鎖的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO：1所示，所述SEQ?ID?NO：1的第45位堿基存在C/G多態(tài)性。

本發(fā)明提供了一種用于擴(kuò)增所述SNP分子標(biāo)記的引物對(duì)，所述引物對(duì)包括核苷酸序列如SEQ?ID?NO：2所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ?ID?NO：3所示的反向引物。

本發(fā)明提供了一種用于鑒定黃瓜幼苗耐寒性狀的檢測(cè)試劑盒，包括所述引物對(duì)。

優(yōu)選的，還包括PCR擴(kuò)增用試劑。

優(yōu)選的，還包括HinfI酶切用試劑；

所述HinfI酶切用試劑為HinfI內(nèi)切酶和Cutsmart。