[發(fā)明專利]檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法及其應(yīng)用

在審

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• 申請日: 2021-12-10
• 公開（公告）號: CN114107519A
• 公開（公告）日: 2022-03-01
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 劉梅;楊龍;程杰;陳鈺焓;鄧秋純;龍江松;藍賢勇;陳宏
• 申請（專利權(quán)）人: 湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;C12Q1/6851
• 代理公司: 北京國坤專利代理事務(wù)所(普通合伙) 11491
• 代理人: 王峰剛

1.一種檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法，其特征在于，所述檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法包括以下步驟：

步驟一，以西農(nóng)薩能奶山羊的血液以及耳組織全基因組DNA為模板，以引物對P1以及引物對P2為引物，分別通過QPCR擴增DGAT1基因的CNV區(qū)域；

步驟二，將MC1R基因作為參照，根據(jù)2^-ΔΔCt法將西農(nóng)薩能奶山羊結(jié)果分為插入型、缺失型和正常型；

步驟三，根據(jù)定量結(jié)果鑒定西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因的拷貝數(shù)變異。

2.如權(quán)利要求1所述的檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法，其特征在于，步驟一中，所述引物對P1的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，所述引物對P2的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。

3.如權(quán)利要求1所述的檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法，其特征在于，步驟一中，所述基于引物對P1擴增的PCR產(chǎn)物片段大小為157bp，基于引物對P2擴增的PCR產(chǎn)物片段大小為267bp。

4.如權(quán)利要求1所述的檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法，其特征在于，步驟一中，所述QPCR所用的擴增體系包括：50ng/μL模板DNA1μL、10pM的引物對P1或引物對P2所對應(yīng)的上、下游引物各1μL以及2×SYBR Green QPCR Mix 10μL。

5.如權(quán)利要求1所述的檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法，其特征在于，步驟一中，所述QPCR所用的反應(yīng)程序為：(1)預(yù)變性：95℃，30s；(2)擴增反應(yīng)：95℃變性10s，60℃退火30s，39個循環(huán)。

6.如權(quán)利要求1所述的檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法，其特征在于，步驟一中，所述DGAT1基因的CNV區(qū)域位于DGAT1基因參考基因組序列MC1R，包含于CNVR9。

7.如權(quán)利要求1所述的檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法，其特征在于，步驟二中，所述的拷貝數(shù)變異是根據(jù)2^-ΔΔCt將定量結(jié)果分為三類：插入型，2^-ΔΔCt2；缺失型，2^-ΔΔCt2；正常型，2^-ΔΔCt＝2。

8.一種如權(quán)利要求1所述檢測西農(nóng)薩能奶山羊DGAT1基因CNV標記的方法在西農(nóng)薩能奶山羊分子標記輔助選擇育種中的應(yīng)用。

9.如權(quán)利要求8所述的在西農(nóng)薩能奶山羊分子標記輔助選擇育種中的應(yīng)用，其特征在于，所述具有缺失型拷貝數(shù)變異類型的個體在產(chǎn)奶質(zhì)量上較優(yōu)。

10.如權(quán)利要求8所述的在西農(nóng)薩能奶山羊分子標記輔助選擇育種中的應(yīng)用，其特征在于，所述產(chǎn)奶質(zhì)量指標，包括乳脂含量、蛋白質(zhì)含量、乳糖含量、總固體含量、總固體酸度、乳固體非脂肪含量、凝固點降低和乳密度。