[發明專利]一種新抗原鑒定和療效預測方法

在審

• 申請號: 202111495947.0
• 申請日: 2021-12-08
• 公開（公告）號: CN116287158A
• 公開（公告）日: 2023-06-23
• 發明（設計）人: 王飛;吳松;李宇清
• 申請（專利權）人: 初源海生物科技（深圳）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6886;G01N33/569;G01N33/68;A61K39/00;A61P35/00;G01N15/14
• 代理公司: 深圳市中科創為專利代理有限公司 44384
• 代理人: 徐方星;譚雪婷

1.一種新抗原鑒定和療效預測方法，其特征在于，包括以下步驟：

S1：取腫瘤組織和正常細胞開展全外顯子測序和/或轉錄組測序和/或單細胞轉錄組測序，確定腫瘤組織異于正常細胞的非同義點突變和突變所在基因表達水平；取外周血或穿刺脾細胞或淋巴結或腫瘤組織浸潤性淋巴細胞，使用人淋巴細胞分離液對外周血或穿刺脾細胞或淋巴結分離獲得淋巴細胞，PBS緩沖溶液清洗后用無血清淋巴細胞培養基重懸置，37℃培養箱培養備用；

S2：以突變位點為中心，向前后各截取X個氨基酸序列，獲得候選抗原序列，X為MHC分子類型最大可遞呈的核心氨基酸數量；若突變位點距離起始密碼子或終止密碼子距離小于X個氨基酸時候，向前截取到起始密碼子，向后截取到終止密碼子；同時，獲取候選抗原序列對應的未突變野生型序列；

S3：根據步驟S2中的獲取得候選抗原序列，合成對應的抗原型多肽序列或抗原型mRNA序列或抗原型DNA序列；根據未突變野生型序列，合成野生型多肽序列或野生型mRNA序列或野生型DNA序列；

S4：將抗原型多肽序列或抗原型mRNA序列或抗原型DNA序列跟步驟S1中獲得的淋巴細胞共同培養1-6天，為候選抗原組；將野生型多肽序列或野生型mRNA序列或野生型DNA序列跟步驟S1獲得的淋巴細胞共培養1-6天，為野生型對照組；

S5：采用流式抗體標記淋巴細胞CD11b和/或CD83和/或MHC-II和/或CD62L和/或4-1BBL表達情況，候選抗原組中的CD11b和/或CD83和/或MHC-II和/或CD62L和/或4-1BBL表達情況為陽性的細胞數/細胞亞群比例/抗體所帶熒光強度/基因表達水平高于野生型對照時，鑒定結果即為陽性，此該候選抗原組種的候選抗原即鑒定為新抗原；

或者通過Elisa和/或Elispot和/或流式細胞檢測術檢測野生型對照組和候選抗原組的培養上清的IL-1α細胞因子釋放情況，若候選抗原組的IL-1α細胞因子的表達水平高于野生型組即為陽性，此候選抗原鑒定為新抗原；

S6：對步驟S5鑒定出的新抗原進行CD25和/或IL7Rα和/或CD44表達檢測；新抗原同淋巴細胞共孵育后對比孵育前淋巴細胞，新抗原同淋巴細胞共孵育后的淋巴細胞的CD25和/或IL7Rα、和/或CD44陽性的細胞數/細胞亞群比例/抗體所帶熒光強度/基因表達水平比孵育前淋巴細胞沒有顯著上調，預測步驟S5鑒定的新抗原療效較好，反之預測為療效較差；

或者，通過Elisa或Elispot或流式細胞檢測術檢測野生型組和新抗原組培養上清的IL12p70細胞因子釋放情況，若IL12p70在新抗原組表達水平高于野生型組即為陽性，預測步驟S5鑒定的新抗原療效較好，反之預測為療效較差；

或者，對步驟S5中鑒定的新抗原的基因序列在腫瘤細胞中的表達和新抗原對應正常基因序列在正常細胞表達情況，若新抗原的基因序列在腫瘤細胞的mRNA或蛋白表達水平相較新抗原對應正常基因序列在正常細胞中的表達情況有升高，預測步驟S5鑒定的新抗原療效較好，反之預測為療效較差。

2.根據權利要求1所述的一種新抗原鑒定和療效預測方法，其特征在于，在步驟S4中，還包括對抗原型多肽序列或抗原型mRNA序列或抗原型DNA序列、野生型多肽序列或野生型mRNA序列或野生型DNA序列進行電擊一次，電擊的工作電壓150V，電擊15ms。

3.根據權利要求1所述的一種新抗原鑒定和療效預測方法，其特征在于，在步驟S6中，基因序列在細胞的mRNA表達水平采用轉錄組測序或RT-Real?time?PCR檢測實現，基因序列在細胞的蛋白表達水平采用蛋白質譜或Western?blot檢測實現。

4.根據權利要求1所述的一種新抗原鑒定和療效預測方法，其特征在于，用于對哺乳動物的癌癥的新抗原進行鑒定和療效預測，哺乳動物的癌癥包括：B細胞淋巴瘤、T細胞淋巴瘤、蕈樣真菌病、霍奇金氏病、髓細胞性白血病、膀胱癌、腦癌、神經系統癌癥、頭頸癌、頭頸部鱗狀細胞癌、肺癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、神經母細胞瘤、膠質母細胞瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、皮膚癌、黑色素瘤、基底細胞癌、鱗狀細胞癌、肝癌、口腔、咽喉、喉部和肺的鱗狀細胞癌、宮頸癌、乳腺癌、腎癌、泌尿生殖系統癌癥、肺癌、食管癌、頭頸癌、大腸癌、造血系統癌癥；睪丸癌；結直腸癌、前列腺癌、AIDS相關的淋巴瘤或AIDS相關的肉瘤的任意一種。