[發明專利]一種新抗原鑒定和療效預測方法

在審

• 申請號: 202111495947.0
• 申請日: 2021-12-08
• 公開（公告）號: CN116287158A
• 公開（公告）日: 2023-06-23
• 發明（設計）人: 王飛;吳松;李宇清
• 申請（專利權）人: 初源海生物科技（深圳）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6886;G01N33/569;G01N33/68;A61K39/00;A61P35/00;G01N15/14
• 代理公司: 深圳市中科創為專利代理有限公司 44384
• 代理人: 徐方星;譚雪婷

本發明公開一種新抗原鑒定和療效預測方法，先篩選出候選新抗原，然后將候選新抗原與淋巴細胞共同培養，找出淋巴細胞對新抗原有較好反應的新抗原，為有效新抗原，通過分析淋巴細胞的功能和亞型預測靶向新抗原的免疫治療方案的療效。該有效新抗原在制備針對腫瘤的治療性疫苗、預防腫瘤復發疫苗以及治療腫瘤的免疫細胞療法有極大的應用前景。本方法能夠提升找到有效新抗原的效率，方便應用。本發明可以快速準確的鑒定腫瘤新抗原，并篩選預測療效好的新抗原用于制備腫瘤多肽/mRNA疫苗，隨后向受試者施用有效劑量的新抗原多肽或mRNA疫苗；體外培養或篩選新抗原特異性T細胞用于新抗原特異性T細胞免疫治療。

技術領域

本發明涉及腫瘤新抗原鑒定和靶向腫瘤新抗原的免疫治療療效預測技術領域，尤其涉及一種新抗原鑒定和療效預測方法。

背景技術

腫瘤細胞具有異于正常細胞基因組的特征，其中一小部分異常基因組編碼的氨基酸序列可以被免疫細胞識別，這部分被免疫細胞識別的氨基酸序列(通常為8-15個核心氨基酸長度)就是新抗原。新抗原僅存在于腫瘤細胞，而在正常細胞中不存在；靶向新抗原的免疫療法對正常細胞無殺傷作用，僅特異性識別和殺傷腫瘤細胞，因此在治療過程無明顯毒副作用且療效顯著，是腫瘤免疫治療最理想的治療靶標。新抗原是免疫細胞特異性識別腫瘤細胞基礎，也是哺乳動物依靠自身免疫系統清除腫瘤細胞的關鍵所在。

現有的新抗原鑒定方法通過二代測序將腫瘤細胞異于正常細胞的點突變或異常基因找出來，隨后通過免疫學方法鑒定能夠引起免疫反應的異常基因編碼的新抗原，例如中國專利CN103180730。實際上，能夠引起免疫反應的新抗原不足測序檢測到異常基因總數量的1％，體內能夠對新抗原有反應的免疫細胞數量也不足1％，新抗原的成功鑒定需要更多的檢測標志物。現有新抗原的檢測的標志物方法容易受免疫細胞非特異性激活的干擾，有假陽性的現象；因為不同新抗原的療效不同，靶向新抗原的免疫治療有效性缺少準確性高的預測方案，新抗原鑒定和療效預測技術都需要改進。

因此，現有技術存在缺陷，需要改進。

發明內容

本發明要解決的技術問題是：提供一種新抗原鑒定和療效預測方法，提升對新抗原鑒定和療效預測的準確性，方便應用。

本發明的技術方案如下：提供一種新抗原鑒定和療效預測方法，包括以下步驟。

S1：取腫瘤組織和正常細胞開展全外顯子測序和/或轉錄組測序和/或單細胞轉錄組測序，確定腫瘤組織異于正常細胞的非同義點突變和突變所在基因表達水平；取外周血或穿刺脾細胞或淋巴結或腫瘤組織浸潤性淋巴細胞，使用人淋巴細胞分離液分離獲得淋巴細胞，PBS緩沖溶液清洗后用無血清淋巴細胞培養基重懸置，37℃培養箱培養備用。

S2：以突變位點為中心，向前后各截取X個氨基酸序列，獲得候選抗原序列，X為MHC分子類型最大可遞呈的核心氨基酸數量；若突變位點距離起始密碼子或終止密碼子距離小于X個氨基酸時候，向前截取到起始密碼子，向后截取到終止密碼子；同時，獲取候選抗原序列對應的未突變野生型序列。

S3：根據步驟S2中的獲取得候選抗原序列，合成對應的抗原型多肽序列或抗原型mRNA序列或抗原型DNA序列；根據未突變野生型序列，合成野生型多肽序列或野生型mRNA序列或野生型DNA序列。

S4：將抗原型多肽序列或抗原型mRNA序列或抗原型DNA序列跟步驟S1中獲得的淋巴細胞共同培養1-6天，為候選抗原組；將野生型多肽序列或野生型mRNA序列或野生型DNA序列跟步驟S1獲得的淋巴細胞共培養1-6天，為野生型對照組。

S5：采用流式抗體標記淋巴細胞CD11b和/或CD83和/或MHC-II和/或CD62L和/或4-1BBL表達情況，候選抗原組中的CD11b和/或CD83和/或MHC-II和/或CD62L和/或4-1BBL表達情況為陽性的細胞數/細胞亞群比例/抗體所帶熒光強度/基因表達水平高于野生型對照時，鑒定結果即為陽性，此該候選抗原組種的候選抗原即鑒定為新抗原。