[發明專利]用于結直腸癌易感基因SNP檢測的引物、檢測方法和試劑盒

在審

• 申請號: 202111451110.6
• 申請日: 2021-12-01
• 公開（公告）號: CN114107505A
• 公開（公告）日: 2022-03-01
• 發明（設計）人: 張怡然;張騰龍;楊春燕;段小紅;馬云;王東亮
• 申請（專利權）人: 求臻醫學科技（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 重慶百潤洪知識產權代理有限公司 50219
• 代理人: 陳付玉

本發明涉及分子生物技術領域，特別涉及用于結直腸癌易感基因SNP檢測的引物、檢測方法和試劑盒，引物包括與結直腸癌高度相關的9對特異性引物及9個延伸引物。與現有技術相比，本發明通過對3′aQTL與結直腸癌疾病風險關聯分析，得到9個與結直腸癌高度相關的SNP位點，并針對9個SNP位點設計9對特異性引物及9個延伸引物，利用9對特異性引物及9個延伸引物對基因樣本進行PCR擴增及單堿基延伸后，一次檢測可得到9個位點全部的SNP信息，可用于腫瘤的風險預測和早期篩查。

技術領域

本發明涉及分子生物技術領域，特別涉及用于結直腸癌易感基因SNP檢測的引物、檢測方法和試劑盒。

背景技術

我國大多數群眾缺乏癌癥早期篩查的意識，由于疾病早期癥狀不明顯，發現明顯癥狀后才到醫院進行檢查，至被確診為結直腸癌時，癌細胞已經擴散，錯失最佳的治療時間。中晚期患者所需治療費用高、療效差、五年生存率低。如果能夠在早期發現結直腸癌，不僅治療費用降低，還能極大提升治愈幾率。目前腸鏡檢查是結直腸癌檢查金標準，但由于其需要侵入檢測，普遍接受度低、依從性差，造成腸癌患者的漏檢、漏篩。亟需一種腸癌高風險人群劃分手段，提升高風險人群腸鏡受檢比例。

選擇性多聚腺苷酸化(APA)是一種重要的前體RNA加工機制，它廣泛存在于所有真核生物中。通過在RNA 3’UTR不同位置上添加polyA尾巴，可以選擇性地調節3’UTR的長短。由于3′UTR含有多種順式調控元件，因此，APA可以通過調控3′UTR的長度，影響基因表達與定位調控。非編碼區APA數量性狀位點 (3′aQTL)是一種特殊的SNP，它以APA作為分子表型，與多種人類復雜疾病相關。通過3′aQTL與結直腸癌疾病風險關聯分析，我們篩選到9個與結直腸癌高度相關的SNP位點。

核酸質譜系統基于飛行質譜技術進行四種核苷酸分型，可以一次平行檢測 50多個SNP位點，具有高通量、高精度、高自動化、高性價比的檢測優勢。

發明內容

針對以上述背景技術的不足，本發明提供一種用于結直腸癌易感基因SNP檢測的引物、試劑盒及應用，解決了因結直腸癌早期篩查需要侵入檢測，普遍接受度低、依從性差，而造成腸癌患者的漏檢、漏篩的問題。

一方面，本發明提供用于結直腸癌易感基因SNP檢測的引物，關鍵在于：包括與結直腸癌高度相關的9對特異性引物及9個延伸引物；其中所述9對特異性引物的序列如下：

Seq ID NO.1：F-CTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGT，

Seq ID NO.2：R-ATCACTTCAGGTCAGGAGTTCAAAACCA；

Seq ID NO.3：F-CAGTGTGGTGCAGTGGTTAGAGCAT，

Seq ID NO.4：R-ACTTTATATCCAAGGAGGCCTGACACA；

Seq ID NO.5：F-TGCAGCACTTAACGCAGTGTCCTC，

Seq ID NO.6：R-AATCGATAGTGGGTATGTATAAAGTGCGTA；

Seq ID NO.7：F-TGTGTAACAGACGTCACCTTCAGC，

Seq ID NO.8：R-GGTTTCTCTGTATCCCTATGTAAAGGACT；

Seq ID NO.9：F-GATAGAGAGTTTCTAATCCTTTGGTGA，

Seq ID NO.10：R-CTACATTTGGATATCTGTGAACCTT；

Seq ID NO.11：F-TCTGGTGCTCATTTCCTTCCAGTGGGACA，