[發明專利]基于秋石斛轉錄組序列開發的EST-SSR標記及應用

有效

• 申請號: 202111383204.4
• 申請日: 2021-11-22
• 公開（公告）號: CN113981128B
• 公開（公告）日: 2023-10-20
• 發明（設計）人: 易雙雙;陸順教;黃明忠;廖易;李崇暉;羅小燕;張志群
• 申請（專利權）人: 中國熱帶農業科學院熱帶作物品種資源研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 海口翔翔專利事務有限公司 46001
• 代理人: 張耀婷

本發明屬于分子標記技術開發及應用領域，具體涉及基于秋石斛轉錄組序列開發的EST?SSR標記及應用，微衛星標記編號為：Den2、Den7、Den12、Den17、Den18、Den19、Den24、Den27、Den38、Den46、Den47、Den51、Den57、Den60、Den63、Den72、Den75、Den82、Den94和Den95；其核苷酸序列分別如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.20所示。本發明主要利用秋石斛轉錄組數據進行SSR標記開發獲得較高頻率的SSR位點，確定了20對引物，這些引物具有擴增穩定、電泳條帶清晰、多態性豐富等優點，可有效用于秋石斛乃至石斛屬種質資源遺傳多樣性分析、高密度圖譜的構建、品種純度和真實性鑒定、分子標記輔助育種等研究領域。

技術領域

本發明屬于分子標記領域，具體涉及秋石斛轉錄組序列開發的EST-SSR標記、引物及其應用。

背景技術

秋石斛(Dendrobiumhybrida)是指以原產于熱帶地區的常綠石斛為親本，經過雜交選育出來的一大類石斛優良品種，是石斛蘭中最具觀賞價值的種群之一，因其花型花姿優美、色彩豐富艷麗、花期及瓶插期較長，深受人們喜愛，是觀賞蘭花中的重要切花和盆花。近年來深受消費者的喜愛，已成為蘭花市場中新興的、具發展潛力的蘭花新種類，市場前景廣闊。目前，有關秋石斛的研究主要集中在組織培養技術、栽培技術、花期調控等方面，對于秋石斛遺傳多樣性、遺傳圖譜構建、基因定位等方面的研究還很少。秋石斛中用于以上研究的分子標記僅為一些通用引物如RAPD，SRAP等，這大大限制了秋石斛分子育種的進程。

表達序列標簽微衛星(EST-SSR)是一種基于表達序列標簽的簡單序列重復設計的新型分子標記，具多態性高、共顯性遺傳、重復性好、開發成本低等優點，且其來自基因組的編碼區，與功能基因緊密連鎖，更容易獲得基因表達的信息。隨著EST數據庫不斷豐富和高通量測序技術發展，EST-SSR在植物上被大量開發和應用，但有關EST-SSR在秋石斛中的應用研究還未見報道。

因此，建立一種基于秋石斛花序轉錄組篩選EST-SSR引物方法，篩選出雜交蘭EST-SSR引物，對秋石斛植物的種質資源遺傳多樣性進行分析、遺傳圖譜構建和標記輔助育種是本領域技術人員亟需解決的問題。

發明內容

本發明的目的在于提供一種基于秋石斛轉錄組序列開發的EST-SSR標記，20對EST-SSR標記引物來自于秋石斛花芽轉錄組序列，引物的多態性豐富、擴增穩定、擴增條帶易于鑒定，是穩定存在的新標記，填補了秋石斛基于轉錄組開發SSR引物的空白。

為了實現上述目的，本發明的技術方案為：提供一種基于秋石斛轉錄組序列開發的EST-SSR標記，微衛星標記編號為：Den2、Den7、Den12、Den17、Den18、Den19、Den24、Den27、Den38、Den46、Den47、Den51、Den57、Den60、Den63、Den72、Den75、Den82、Den94和Den95；其核苷酸序列分別如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.20所示。