[發(fā)明專(zhuān)利]一種ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)系統(tǒng)和方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111314976.2
• 申請(qǐng)日: 2021-11-08
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN114093428B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-04-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 邵陽(yáng);吳雪;常志力;包華;劉睿;徐秀秀;劉思思;汪笑男
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 南京世和基因生物技術(shù)股份有限公司;南京世和醫(yī)療器械有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): G16B40/20
• 分類(lèi)號(hào): G16B40/20;G16B20/50
• 代理公司: 南京新慧恒誠(chéng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 32424
• 代理人: 鄧唯

1.一種ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)方法，其特征在于，包括如下步驟：

步驟1，對(duì)待測(cè)樣本進(jìn)行高通量測(cè)序并獲得下機(jī)數(shù)據(jù)；

步驟2，對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)中的讀段數(shù)據(jù)進(jìn)行校驗(yàn)后，計(jì)算出各個(gè)突變的豐度；

步驟3，獲得對(duì)照樣本中各個(gè)位點(diǎn)上存在的突變，使用R包pscl的zeroinfl功能，在對(duì)對(duì)照樣本數(shù)據(jù)集中每個(gè)位點(diǎn)的是否發(fā)生突變的情況進(jìn)行零膨脹矯正后，計(jì)算出每個(gè)位點(diǎn)上的零膨脹矯正后預(yù)期平均突變豐度；

步驟4，將待測(cè)樣本的突變豐度與零膨脹矯正后預(yù)期平均突變豐度進(jìn)行比較，進(jìn)行差異顯著性判定；

所述的步驟3中，還包括：獲得對(duì)照樣本上的各個(gè)位點(diǎn)的突變?nèi)藬?shù)發(fā)生百分比；并且在步驟4中，若突變?nèi)藬?shù)發(fā)生百分比小于設(shè)定閾值時(shí)，將待測(cè)樣本的突變豐度與零膨脹矯正后預(yù)期平均突變豐度進(jìn)行單側(cè)檢驗(yàn)對(duì)比，若大于設(shè)定閾值時(shí)，進(jìn)行累計(jì)分布頻數(shù)檢驗(yàn)；所述的設(shè)定閾值是1-10％；

所述的超高測(cè)序深度是指30000倍測(cè)序深度。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)方法，其特征在于，所述的步驟1中，對(duì)待測(cè)樣本進(jìn)行高通量測(cè)序時(shí)，通過(guò)帶有樣本標(biāo)簽和分子標(biāo)簽的接頭進(jìn)行建庫(kù)；接頭包括第一接頭以及第二接頭；所述的第一接頭以及第二接頭都為Y型接頭，每個(gè)Y型接頭包括兩條鏈，其中包括互補(bǔ)段和非互補(bǔ)段；在所述的互補(bǔ)段中包括分子標(biāo)簽，在非互補(bǔ)段中包括樣本標(biāo)簽。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)方法，其特征在于，所述的步驟2中，對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行校驗(yàn)分析的過(guò)程包括如下步驟：S1，根據(jù)樣本標(biāo)簽對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行合并；S2，對(duì)于含有相同的樣本標(biāo)簽的數(shù)據(jù)，根據(jù)分子標(biāo)簽進(jìn)行歸類(lèi)；對(duì)于含有相同的分子標(biāo)簽的讀段，再根據(jù)讀段的序列進(jìn)行聚類(lèi)，在一類(lèi)中的讀段中，只有當(dāng)全部的讀段的堿基完全一致時(shí)，則將該類(lèi)的讀段數(shù)據(jù)標(biāo)記為真實(shí)數(shù)據(jù)；S3，對(duì)于S2中得到的真實(shí)數(shù)據(jù)結(jié)果，選取含有相互互補(bǔ)的分子標(biāo)簽的兩類(lèi)讀段數(shù)據(jù)，若讀段數(shù)據(jù)也在兩類(lèi)中相互互補(bǔ)，則標(biāo)記為正確讀段數(shù)據(jù)。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)方法，其特征在于，所述的第一接頭以及第二接頭中的樣本標(biāo)簽相互構(gòu)成一個(gè)特異性組合。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)方法，其特征在于，所述的樣本標(biāo)簽的長(zhǎng)度為6-20bp；分子標(biāo)簽的長(zhǎng)度為3-10bp。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)方法，其特征在于，步驟2中，還包括對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋的步驟，注釋軟件是Annover，VEP，GATKFuncotator，SnpEff軟件的一種或多種聯(lián)合使用。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的ctDNA超高測(cè)序深度下低豐度突變的檢測(cè)方法，其特征在于，步驟2中，各個(gè)突變是通過(guò)GATKMutact2、VarScan2、Strelka、Vardict、SomaticSniper或者Samtools軟件中的一種或多種聯(lián)合使用而得到；步驟2中，還包括通過(guò)比對(duì)于數(shù)據(jù)庫(kù)過(guò)濾常見(jiàn)突變的步驟；所述的數(shù)據(jù)庫(kù)是公共數(shù)據(jù)庫(kù)或者自建數(shù)據(jù)庫(kù)；所述的公共數(shù)據(jù)庫(kù)是dbSNP、gnomAD或者ExAC。

8.一種計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，其特征在于，其記載有可以運(yùn)行權(quán)利要求1-7任一項(xiàng)所述的檢測(cè)方法的計(jì)算機(jī)程序。