[發(fā)明專利]向?qū)NA作用靶點(diǎn)的篩選方法、計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)及電子設(shè)備

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111257801.2
• 申請(qǐng)日: 2021-10-27
• 公開（公告）號(hào): CN113990394B
• 公開（公告）日: 2023-01-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 胡楊俊;韓永紅;許曉靜
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 云舟生物科技（廣州）股份有限公司
• 主分類號(hào): G16B30/10
• 分類號(hào): G16B30/10;G16B20/30
• 代理公司: 廣州國(guó)鵬知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 44511
• 代理人: 葛紅

本發(fā)明提供了一種向?qū)NA作用靶點(diǎn)的篩選方法、計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)及電子設(shè)備，方法包括以下步驟：S1、從基因序列庫(kù)中獲取PAM序列；S2、將PAM序列的NGG以及PAM序列的前n個(gè)堿基取出，生成向?qū)NA；S3、將向?qū)NA與基因序列庫(kù)比對(duì)，判斷向?qū)NA的基因在基因序列庫(kù)中的位置；S4、獲取向?qū)NA中每個(gè)基因上游的m個(gè)堿基，以及對(duì)應(yīng)基因的堿基區(qū)域的向?qū)NA，在含有基因的向?qū)NA進(jìn)行打靶，剔除沒有基因的向?qū)NA；S5、剔除含有連續(xù)a個(gè)T的向?qū)NA；S6、剔除沒有在轉(zhuǎn)錄本外顯子上的向?qū)NA；S7、獲取未被剔除的向?qū)NA，篩選含有設(shè)定前綴的轉(zhuǎn)錄本的向?qū)NA；S8、獲取步驟S7得到的向?qū)NA的基因，形成具有設(shè)定前綴的轉(zhuǎn)錄本序列；S9、截取轉(zhuǎn)錄本序列中預(yù)定長(zhǎng)度的序列。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因編輯領(lǐng)域，更具體地，涉及一種向?qū)NA作用靶點(diǎn)的篩選方法、計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)及電子設(shè)備。

背景技術(shù)

隨著DNA測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，眾多生物的基因組序列信息已被公布，隨后科研人員把轉(zhuǎn)向?qū)蚬δ苄畔⑼诰蜃鳛檠芯恐攸c(diǎn)。基因敲除動(dòng)物模型一直以來(lái)是在活體動(dòng)物上從事基因功能研究、尋找合適藥物作用靶點(diǎn)的重要工具。但是傳統(tǒng)的基因敲除方法需要通過(guò)復(fù)雜的打靶載體構(gòu)建、胚胎干細(xì)胞(ES細(xì)胞)的篩選、嵌合體繁育等一系列步驟，不僅操作流程繁瑣，對(duì)實(shí)驗(yàn)人員的技術(shù)要求很高，而且成本高，耗時(shí)長(zhǎng)，效率低。

例如，現(xiàn)有工具Cas-Designer所存在的缺陷為：需要一個(gè)基因一個(gè)基因的處理，耗時(shí)長(zhǎng)，更不盡人意的是，基因必須根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)獲取基因組序列，然后判斷序列長(zhǎng)度，小于或者等于1kb才可以進(jìn)行篩選。假如序列的長(zhǎng)度5kb，需要分5次進(jìn)行篩選，該序列假如進(jìn)行第二次篩選，也同樣需要分成5次，比較繁瑣，耗時(shí)長(zhǎng)。

發(fā)明內(nèi)容

為解決上述技術(shù)問(wèn)題，一方面，本發(fā)明提供一種向?qū)NA作用靶點(diǎn)的篩選方法。

根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的向?qū)NA作用靶點(diǎn)的篩選方法，包括以下步驟：

S1、從基因序列庫(kù)中獲取PAM序列；

S2、將所述PAM序列的NGG以及所述PAM序列的前n個(gè)堿基取出，生成向?qū)NA，其中n為自然數(shù)；

S3、將所述向?qū)NA與所述基因序列庫(kù)比對(duì)，判斷所述向?qū)NA的基因在所述基因序列庫(kù)中的位置；

S4、獲取所述向?qū)NA中每個(gè)基因上游的m個(gè)堿基，以及對(duì)應(yīng)基因的堿基區(qū)域的所述向?qū)NA，在含有基因的所述向?qū)NA進(jìn)行打靶，剔除沒有基因的所述向?qū)NA；

S5、剔除含有連續(xù)a個(gè)T的所述向?qū)NA；

S6、剔除沒有在轉(zhuǎn)錄本外顯子上的所述向?qū)NA；

S7、獲取未被剔除的所述向?qū)NA，篩選含有設(shè)定前綴的轉(zhuǎn)錄本的所述向?qū)NA；

S8、獲取步驟S7得到的所述向?qū)NA的基因，并將外顯子組合，形成具有所述設(shè)定前綴的轉(zhuǎn)錄本序列；

S9、截取所述轉(zhuǎn)錄本序列中預(yù)定長(zhǎng)度的序列。

根據(jù)本發(fā)明實(shí)施例的向?qū)NA作用靶點(diǎn)的篩選方法，篩選方法更嚴(yán)謹(jǐn)，能夠得到更有價(jià)值的序列庫(kù)。根據(jù)基因ID可以批量篩選作用靶點(diǎn)，質(zhì)量更高，速度快，客戶使用更方便。

根據(jù)本發(fā)明的一些實(shí)施例，所述基因序列庫(kù)為NCBI，所述PAM序列為所述基因庫(kù)序列中的序列正鏈和序列負(fù)鏈。

根據(jù)本發(fā)明的一些實(shí)施例，n＝20，m＝20。

根據(jù)本發(fā)明的一些實(shí)施例，步驟S4包括：將有打靶的位置按照順序生成唯一的ID號(hào)，最終生成沒有篩選的向?qū)NA背景庫(kù)。

根據(jù)本發(fā)明的一些實(shí)施例，a≥4。