[發明專利]向導RNA作用靶點的篩選方法、計算機存儲介質及電子設備

有效

• 申請號: 202111257801.2
• 申請日: 2021-10-27
• 公開（公告）號: CN113990394B
• 公開（公告）日: 2023-01-24
• 發明（設計）人: 胡楊俊;韓永紅;許曉靜
• 申請（專利權）人: 云舟生物科技（廣州）股份有限公司
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B20/30
• 代理公司: 廣州國鵬知識產權代理事務所(普通合伙) 44511
• 代理人: 葛紅

1.一種向導RNA作用靶點的篩選方法，其特征在于，包括以下步驟：

S1、從基因序列庫中獲取PAM序列；

S2、將所述PAM序列的NGG以及所述PAM序列的前n個堿基取出，生成向導RNA，其中n為自然數；

S3、將所述向導RNA與所述基因序列庫比對，判斷所述向導RNA的基因在所述基因序列庫中的位置；

S4、獲取所述向導RNA中每個基因上游的m個堿基，以及對應基因的堿基區域的所述向導RNA，在含有基因的所述向導RNA進行打靶，剔除沒有基因的所述向導RNA，其中m為自然數；

S5、剔除含有連續a個T的所述向導RNA，其中a為自然數；

S6、剔除沒有在轉錄本外顯子上的所述向導RNA；

S7、獲取未被剔除的所述向導RNA，篩選含有設定前綴的轉錄本的所述向導RNA，篩選含NM和NR前綴的轉錄本的gRNA序列，前綴包括NCBI庫的轉錄本公開的前綴標識NM、XM、NR、XR；

S8、獲取步驟S7得到的所述向導RNA的基因，并將外顯子組合，形成具有所述設定前綴的轉錄本序列；

S9、截取所述轉錄本序列中預定長度的序列，

其中，步驟S7包括：給每個所述向導RNA賦值，同時增加靶轉錄本SNP標識，生成數據庫，給每個所述向導RNA賦值的方法為：

所述向導RNA的序列中GC含量與分值成反比；

所述向導RNA的序列中連續堿基數量與分值成反比；

所述向導RNA的脫靶率與分值成反比。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述基因序列庫為NCBI，所述PAM序列為所述基因庫序列中的序列正鏈和序列負鏈。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，n=20，m=20。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟S4包括：將有打靶的位置按照順序生成唯一的ID號，最終生成沒有篩選的向導RNA背景庫。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，a≥4。

6.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟S9中，截取所述轉錄本序列中10%-65%之間的序列長度。

7.一種計算機存儲介質，其特征在于，包括一條或多條計算機指令，所述一條或多條計算機指令在執行時實現如權利要求1-6中任一項所述的方法。

8.一種電子設備，包括存儲器和處理器，其特征在于，

所述存儲器用于存儲一條或多條計算機指令；

所述處理器用于調用并執行所述一條或多條計算機指令，從而實現如權利要求1-6中任一項所述的方法。