[發明專利]同時檢測HBA1/2、HBB和HBD基因位點多種突變的方法和試劑盒

在審

• 申請號: 202111125878.4
• 申請日: 2021-09-26
• 公開（公告）號: CN113564248A
• 公開（公告）日: 2021-10-29
• 發明（設計）人: 李佳琪;盧玉林;謝田田;毛愛平;任志林
• 申請（專利權）人: 北京貝瑞和康生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京市金杜律師事務所 11256
• 代理人: 孟凡宏;袁森

本發明涉及一種同時檢測HBA1/2、HBB和HBD基因位點多種突變的引物組、試劑盒和方法。其中所述試劑盒包括以下試劑：（1）用于多重PCR擴增的試劑；和（2）用于構建三代測序文庫的試劑。其中所述方法包括以下步驟：（1）制備受試者樣本；（2）多重PCR同時擴增所述樣本中HBA1/2、HBB和HBD基因片段；（3）構建三代測序文庫；（4）測序并分析HBA1/2、HBB和HBD基因突變類型。

技術領域

本發明涉及一種利用三代長讀長測序平臺同時檢測HBA1/2、HBB和HBD基因多種突變的引物組合和方法，以及適用于此方法的試劑盒。

背景技術

α-珠蛋白或β-珠蛋白的合成缺失或不足會導致珠蛋白生成障礙性貧血，又稱地中海貧血（簡稱地貧）。地貧主要分為α-地貧和β-地貧，是世界上最常見的單基因遺傳病，屬常染色體隱性遺傳，高發地區包括中國南方、東南亞、地中海地區、印度、中東和非洲等地區^1,2,3。

人源α-珠蛋白基因簇位于16號染色體，共包含7個基因位點：5’-HBZ-HBZps-HBM-HBA1ps-HBA2(α1)-HBA1(α1)-HBQ-3’。其中只有HBA1和 HBA2兩個基因在胚胎和成年人中都具有編碼珠蛋白的能力。HBA1和HBA2基因的突變包括缺失型突變和非缺失型突變。我國最常見的缺失型HBA1和HBA2基因的突變為-α3.7，-α4.2，和--SEA，非缺失型突變為HBA2:c.369CG，HBA2: c.377TC，HBA2: c.427TC。這六種基因突變占中國人群α-地貧總數的98%，因此現有的臨床常規分子診斷主要針對上述突變^3,4,5。隨著α-地貧致病機制的不斷闡明，越來越多的突變類型被發現。綜合Ithanet，HbVar，LOVD和LOVD-China地貧數據庫，目前在世界范圍已經發現約50種α-珠蛋白基因簇區域的缺失，和超過900種HBA1和HBA2基因的非缺失型突變可導致α-珠蛋白表達的減低或缺失。除此之外還有些罕見的結構變異，如αααanti3.7，αααanti4.2，HKαα和antiHKαα等。傳統的Gap-PCR方法難以檢測罕見的結構變異，且無法區分HKαα和-α3.7，也無法區分antiHKαα和-α4.2，在篩選時會導致誤診⁶。而準確區分這些基因型需要借助不同的PCR體系，無法在同一體系內實現同時檢測。這些說明α-地貧有較廣的基因突變譜，增加目前α-地貧基因缺陷的篩查范圍，將會有效避免異常基因型的漏檢。